HsaINT0084355 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000140015 | KCNH5
Description
potassium voltage-gated channel, subfamily H (eag-related), member 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:6254]
Coordinates
chr14:63269047-63316570:-
Coord C1 exon
chr14:63316371-63316570
Coord A exon
chr14:63269300-63316370
Coord C2 exon
chr14:63269047-63269299
Length
47071 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGG
5' ss Score
9.26
3' ss Seq
TCATCTCTCACCTTCTTTAGGTC
3' ss Score
10.54
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCTTCTTTATGCAACTATTTTTGGAAATGTTACAACAATTTTCCAGCAAATGTATGCCAACACCAACCGATACCATGAGATGCTGAATAATGTACGGGACTTCCTAAAACTCTATCAGGTCCCAAAAGGCCTTAGTGAGCGAGTCATGGATTATATTGTCTCAACATGGTCCATGTCAAAAGGCATTGATACAGAAAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000140015-KCNH5:NM_139318:8
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
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Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
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A:
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C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)