GgaINT0070619 @ galGal3
Intron Retention
Description
NA
Coordinates
chr4:34406068-34413015:-
Coord C1 exon
chr4:34412975-34413015
Coord A exon
chr4:34406111-34412974
Coord C2 exon
chr4:34406068-34406110
Length
6864 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GATGTAAGT
5' ss Score
9.11
3' ss Seq
TGTTTCTTTTATTTAAATAGCTT
3' ss Score
7.49
Exon sequences
Seq C1 exon
CCAAGGACCTTTGTCATCCATAAGAGCAGCAATCAAGAGAT
Seq A exon
GTAAGTCTGTTTTTCCTTCTTCTTGACAGTAATTGCATTATAAAATTGCTACATCTTCATTTTTAGTAACTGGATTAACTTGGTAAAAGAAAGTTGAACTGTCAAAGTTAACTTCGAAAAGGAAGTTGCTAACAGCCTTTGGGGGTGGGAGAGAGGGCTGTAATTACTTTTTTTTTTCCCCTTTGTATTATTCCCTCTTTATGTTTTGCTGATGATCTGTTCCTTTTTGCCAGTTACTAATGTTTTCTTATTTGAGCACCAGAGCATTTGTGCACAGATGTGATCCAACTCTGAAGACCTTGGGTTATGTATGCCCAATTCTTAGGTCATGTGACAGACTAGAAGCTTGTTTCATTTCAGGAGAAACCTACAGCACCTGTTTGTTGGCTATATTGGGGACAGGATTAGATGCATGCACATTATTCATTTCGGAAAGCAAGAAATTGTTTCTAAATCTTGAATGAAAGGGCAATCTCTTCTTCCCTATTTTTTTAACCTCTCTTTTCCTGCTCTTGATATTTCCAGACAATGAATTTCTTCAGCTGCGTCCTCTGAAGTATTTTATACTGTTTCTTTTTTCCCACTTTTCATTTGTATTTCATTTTTGTCCATGATTTCAATTTCATACTGAAGAAACAATGGGGAAAAAGTACATTAGTGTGTGTGCTACTGATCTGTTTCTTCTGAATCTATTAGTCAGGGGCTCGTTAGAATGGATTGGATTGGAGGTAGTGAAAGGAGATCATGAATGCTTCATTCAGGGCAAGTCTACATGATGCTGTAGTTAAAATGCAGCACTTCATCTGTGCTATTGCTGCCGTAAATAGGAAGCTGGAAAACAGAGCACCAGATCACAGAAGGCCTTTTGTCACTGAGTCAGGAATTGATAGAGACTTTATAAGCTCCGGTTCTCCTCTAGCTGATAAATGGTTTAAAAGACCATTAAGCAGTTGTCAAGTATGGTTTTGAAAATGCAGTAGCAAGTGATGCCTCATTTTGAGGCACAATCAATTAAAAAATACATCTAGTCAAGAAGCTGTGATTCCATATATGTTATAGCGTTATATTTAATGATACTAATATGTGAATAACCATAAAATCTAAATAATGTGTGAATTATCCACATGATAGAAAAAAGTCTCCATGCACTTATCAAGGCATTGTACAGGAAACCTTGGTCTTATATATGCCAGTAACCATACCTGTGGATGGATCTAAATGAAAAATTGAATTTGAATAATTCCTAACTCTGCTTGCCATTAATCTGGAAAAGTTGAAGTATTGTCTGGAAAAATAGTTCTCTCTAACAGCATTAGAAATCAGTTTTTATTCCCTAATCACAGCTTCTGCGGTCTACTTATCTCGAATTTTCAGGAAACCTGATAAGTATCTGCAGGGTATCAGTCTTCCAACCTGTGTATAGTGCTTAAGCTCACCTACTTAGACTTACTGGTAAGTCTCTTCCCATCACGTGGCCAAAGAAGGAGAGGACTTATTTTCCTTTCTGGCCGTGCTGACTACAACTCTGAGTGGAAAGATGGTGTCATTTTGTTTCAACTGTTTGATAGATCAAGCAATTGTTTGAAGAAATCAAGCATGTAATTGTGAGATGTGCTCAGGAGTCATTTTTTTCACCTGCACTCTTCAGAATTTACCTTTTATTTTTAATGACAATCTCAGCCAAGAGCATACCAGTAAAAACACCTCTCTCTGAAATTAGCAGAGCTATTTCCTTGGATGCTTGAGACAGAAACATGCCAAAGAAAGTAAAAAGAAGCTGAGTGCTGCAGTGGTGAGACAAAGGGAAATGGTGTTTTTGCTCACTACTCCACTCTTCCAGAACAGGCTGGCAGAAACAAGCCTACTGCCATAAAATGTTGGAAAAACCTACAAGCTTGTTCCATTCTCATTCTGTCCTAGGCAAATATGTGGCTGATTGAAGGATGTGTAACAGCTTGTACACACTTTGAGGCTATGTCTTCCCATTTGGCAGTTTTGCAGTCATTTTTGGCTGTGTATTTTGTTTGTTTTTCATTTTTGTTTCGTCTTGCTTTGGGGCTTCCTGGGTTCTTTTGGCTCCTACTTTTTCCCAACAAGATCAATTCTGTGATCTCATTCTCTCCCCATCTGCACAAACATTTGGGCTGGCATAATGTAGAGAATGGTGCAAAGGCAGGAGCACACAGCCCAAGGAAAGGTGTGGGAAGGAGTGAAGTGATTATAAATTTCTACTATCAAATTTGAGTGAAACCGCAGTCATGCTCTACCCGTGTAGTTGTAAGGTTTTTGTTCAGCCACAGTGCCAGCCTCTGTGGTGCCCAGCAGTGTGGTCAGCTGTGAGAAAGCATTTGACCTGGTGGCTTTTGTCCAGGTCAGACAGTAAAGTTGTACAAAGAAGAGCTGGAGAGGCAGGAAATACAGACCGCTGTTGGGGGTGGCACACTCCTTCCCCTCTGCTGCCAGTGGTCTGAGCCCAAAGTGTGAGCAGGATCAGAGAGATGAAGTGAACAAAAAACTGTACAGAAAGTGCTCAGGTTTTTTTTTTTGTATTTGATGTTCTGAACTCACTCCCTGTGGGGTCTTATGAGTGCTAATGTTGTTTCAAGAGGGGGGACCAAAGTTAGTCTTTGGAAGGGGAACTGGGCAGCCCTGTCTCTTTTAGCTGCATTCAAGCATCAAGTCAGCCTAACACCAATGTCAAACAACCTGATGTTTCCTGAGGTGCCTGGAAACAGAAATAGAAGAAAAGGAGCAAGACCTCCCCCTTGTGTCAAGAAACATGGTTCAGCTTTTATTTCAGAGACGTATGAAGATTTCTCATTAATTTGAAACTCCACTTTTTATGAATAGTATAATCACATCTTTGATTAAATTAGTTTTTTTTCTGGTTTTAGCTTGAAGAACCTGCTCATTTTAGCTCTCCCTGAAGAAAGCATTTCTGCAGCCATGTAACACCCTCAGTATTGCAAAAACCACAGATACGTCCTCTTACCTGGAATCAGCCTGTCAGCTCTTCTGTTGTATTAAGTAGTAGTTAAAGGAAGGAGCGTTTGCTCACAATTATGGCTCTCTCTGAGATACCGTAATGAATAACCTTCGTCCTCCGTAGGCAGCTATTCAGTGAGAAGGATAACTTCTCAGTCTAATAGTCTGTATGTGTCACATTATCCATGGCAGAAAATTGTAGCCCAGGGTTGGGAAAGCATTGAAAGAAACTGTATTTTTAGATAGTAGCACGCTTGCTTGTTGTAGAGATTATTACTTTAAAACCCACTGATAATAGTTAATTTGAATTAACTGAAATAGTTAATCGGAAGGATCACATTTACTCCTAGCTGCTGGAAGGAACGATAGATAAAAGTCATCAGAAAAATTCAAAGCTCAATTTCCCCCAAGGTTTGGGTTATTTGAGGTTATGGTTCTAATCTTCAGTGGAAGATGAAACTTCCTTTTAAAACAGTCTGCGGTGACAAAACTGTTCAGTATTTCATATAGTTTACTAATGGAAATGCACAGATTATTTTGTAGCGTTTCTATTGTGGAAGCACTCAGCATGCACAGCAGGAGGGAATCTGAGCAGATCCCTGAATGAACTTGATATTGCCGAAAAAAGTTGCCTGGGAGACTGAATTCTAGCTCAGGTCTCTTTAAAAGACTCAAAAATGCATGTCAGACTGCTGTTGTCACCAGCTCATCTGTATCATCGCAATTTATGAGTTTGTCATATAATGGTTGTTAGAAAGTATATTTTTACAGGCATCTTGGGCTCAAAGCTTAAATTGCCTCCTGCCCCATTATCCATATGTGTTTCAAATATAAATGAACTACCAAATTAGCTTGAAAAATATAACCTAGAGTAGAAACTGTAGTGGAAAAACCCATTAAAACGTAACTGTGCAGCACAAACACTACTCTTTCCCACTCACTATGCATTCCAGAAATAATTGGCTAAAGCCACTAAATACTGCTTGTAAGAAGTATGTACCAAGAATGAATCTGTAAGTCACTCGTCTCTTTTCTGTTTACAGAATTACTATTAATCCTTTACTTGATTAAAATATACTTTCACAGATGAAACACATTTGGGTGCCTCATTGACATTAACAGAAATACATACTTGTATTTCTAGTGACAACATTATGGATTGGTTTGATGTTGTTTCTTTCTCTCAAGATCAGTAGAATTATAAGAAGGAAAGGTGTGGAGTTTGTGCATTGGATTTTCCTCTCCTACCCCTTCTTCAACCACTTTACTTACCCTTTATTTAGAAACCACTGTATGTGTGCTGTGGATATATCAACACTTATCACCCAGATCATTTCTTAATGTGAGAGTGGAGGGATTTGTGCAAAATCAGCACTGAAATACTTTTTTATTGACTCTCCTGGTGGAGAAAATGTTGTTTTTTTAAGTTTAAAGATGCCATAGTTTGAAATCTGGAGAAAGATGAATAGTGTGCTTTCTCAAGGCAATTCACAAACAGAGGGAAAAAAAGCGTATGAAAAGACCACATGGCCAGAAAAATGGTTGTGGTTTTTTGTTGTTTTTAAATGAAGTATGTGCTATGCTTCAAAAATTCATGTCTTCTCATACGCTTTTTAATTTAAATTCACTTTGAACAGTAAAGGAATAAAAGCTGTGCCAGTCCAGAGACAAGGATTACTTAGAAAGTTTATATTTTCTTTACTTTAGTGTTTGTGGAACTCCAAGGAATACCTGAGAGCAGAAGATGCAATAGTTTTCACCTCTGCCCTAATGTGAATTTCAGAGCTTCCAAAACAAACGATGCTCTGAAAGTGTGGATGTAACAAAAACAGGAAAGCAAAAAGAGGGAAGCAAGTGATGGAAGGAGGAAAGAATTCTGTCGAAGTCCTTAAAAAAATAAATGTTTATATTAAATATGGAAAATGTTTATATTAAAAATTCATGGAAGGAGCTCGACTCCAGAAGTTCCTGGGAGGTTTTGTTTCAAGCAACAGAATGGACACATTTGAAAATAT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Seq C2 exon
CTTCTCGGACTTCTAGCCATAGTGAACAGCAGAGGGATAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000023360:ENSGALT00000038482:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.756 A=NA C2=0.667
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]