GgaINT0070619 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000010081 | SH3D19
Description
SH3 domain containing 19 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:30418]
Coordinates
chr4:32719400-32726347:-
Coord C1 exon
chr4:32726307-32726347
Coord A exon
chr4:32719443-32726306
Coord C2 exon
chr4:32719400-32719442
Length
6864 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GATGTAAGT
5' ss Score
9.11
3' ss Seq
TGTTTCTTTTATTTAAATAGCTT
3' ss Score
7.49
Exon sequences
Seq C1 exon
CCAAGGACCTTTGTCATCCATAAGAGCAGCAATCAAGAGAT
Seq A exon
GTAAGTCTGTTTTTCCTTCTTCTTGACAGTAATTGCATTATAAAATTGCTACATCTTCATTTTTAGTAACTGGATTAACTTGGTAAAAGAAAGTTGAACTGTCAAAGTTAACTTCGAAAAGGAAGTTGCTAACAGCCTTTGGGGGTGGGAGAGAGGGCTGTAATTACTTTTTTTTTTCCCCTTTGTATTATTCCCTCTTTATGTTTTGCTGATGATCTGTTCCTTTTTGCCAGTTACTAATGTTTTCTTATTTGAGCACCAGAGCATTTGTGCACAGATGTGATCCAACTCTGAAGACCTTGGGTTATGTATGCCCAATTCTTAGGTCATGTGACAGACTAGAAGCTTGTTTCATTTCAGGAGAAACCTACAGCACCTGTTTGTTGGCTATATTGGGGACAGGATTAGATGCATGCACATTATTCATTTCGGAAAGCAAGAAATTGTTTCTAAATCTTGAATGAAAGGGCAATCTCTTCTTCCCTATTTTTTTAACCTCTCTTTTCCTGCTCTTGATATTTCCAGACAATGAATTTCTTCAGCTGCGTCCTCTGAAGTATTTTATACTGTTTCTTTTTTCCCACTTTTCATTTGTATTTCATTTTTGTCCATGATTTCAATTTCATACTGAAGAAACAATGGGGAAAAAGTACATTAGTGTGTGTGCTACTGATCTGTTTCTTCTGAATCTATTAGTCAGGGGCTCGTTAGAATGGATTGGATTGGAGGTAGTGAAAGGAGATCATGAATGCTTCATTCAGGGCAAGTCTACATGATGCTGTAGTTAAAATGCAGCACTTCATCTGTGCTATTGCTGCCGTAAATAGGAAGCTGGAAAACAGAGCACCAGATCACAGAAGGCCTTTTGTCACTGAGTCAGGAATTGATAGAGACTTTATAAGCTCCGGTTCTCCTCTAGCTGATAAATGGTTTAAAAGACCATTAAGCAGTTGTCAAGTATGGTTTTGAAAATGCAGTAGCAAGTGATGCCTCATTTTGAGGCACAATCAATTAAAAAATACATCTAGTCAAGAAGCTGTGATTCCATATATGTTATAGCGTTATATTTAATGATACTAATATGTGAATAACCATAAAATCTAAATAATGTGTGAATTATCCACATGATAGAAAAAAGTCTCCATGCACTTATCAAGGCATTGTACAGGAAACCTTGGTCTTATATATGCCAGTAACCATACCTGTGGATGGATCTAAATGAAAAATTGAATTTGAATAATTCCTAACTCTGCTTGCCATTAATCTGGAAAAGTTGAAGTATTGTCTGGAAAAATAGTTCTCTCTAACAGCATTAGAAATCAGTTTTTATTCCCTAATCACAGCTTCTGCGGTCTACTTATCTCGAATTTTCAGGAAACCTGATAAGTATCTGCAGGGTATCAGTCTTCCAACCTGTGTATAGTGCTTAAGCTCACCTACTTAGACTTACTGGTAAGTCTCTTCCCATCACGTGGCCAAAGAAGGAGAGGACTTATTTTCCTTTCTGGCCGTGCTGACTACAACTCTGAGTGGAAAGATGGTGTCATTTTGTTTCAACTGTTTGATAGATCAAGCAATTGTTTGAAGAAATCAAGCATGTAATTGTGAGATGTGCTCAGGAGTCATTTTTTTCACCTGCACTCTTCAGAATTTACCTTTTATTTTTAATGACAATCTCAGCCAAGAGCATACCAGTAAAAACACCTCTCTCTGAAATTAGCAGAGCTATTTCCTTGGATGCTTGAGACAGAAACATGCCAAAGAAAGTAAAAAGAAGCTGAGTGCTGCAGTGGTGAGACAAAGGGAAATGGTGTTTTTGCTCACTACTCCACTCTTCCAGAACAGGCTGGCAGAAACAAGCCTACTGCCATAAAATGTTGGAAAAACCTACAAGCTTGTTCCATTCTCATTCTGTCCTAGGCAAATATGTGGCTGATTGAAGGATGTGTAACAGCTTGTACACACTTTGAGGCTATGTCTTCCCATTTGGCAGTTTTGCAGTCATTTTTGGCTGTGTATTTTGTTTGTTTTTCATTTTTGTTTCGTCTTGCTTTGGGGCTTCCTGGGTTCTTTTGGCTCCTACTTTTTCCCAACAAGATCAATTCTGTGATCTCATTCTCTCCCCATCTGCACAAACATTTGGGCTGGCATAATGTAGAGAATGGTGCAAAGGCAGGAGCACACAGCCCAAGGAAAGGTGTGGGAAGGAGTGAAGTGATTATAAATTTCTACTATCAAATTTGAGTGAAACCGCAGTCATGCTCTACCCGTGTAGTTGTAAGGTTTTTGTTCAGCCACAGTGCCAGCCTCTGTGGTGCCCAGCAGTGTGGTCAGCTGTGAGAAAGCATTTGACCTGGTGGCTTTTGTCCAGGTCAGACAGTAAAGTTGTACAAAGAAGAGCTGGAGAGGCAGGAAATACAGACCGCTGTTGGGGGTGGCACACTCCTTCCCCTCTGCTGCCAGTGGTCTGAGCCCAAAGTGTGAGCAGGATCAGAGAGATGAAGTGAACAAAAAACTGTACAGAAAGTGCTCAGGTTTTTTTTTTTGTATTTGATGTTCTGAACTCACTCCCTGTGGGGTCTTATGAGTGCTAATGTTGTTTCAAGAGGGGGGACCAAAGTTAGTCTTTGGAAGGGGAACTGGGCAGCCCTGTCTCTTTTAGCTGCATTCAAGCATCAAGTCAGCCTAACACCAATGTCAAACAACCTGATGTTTCCTGAGGTGCCTGGAAACAGAAATAGAAGAAAAGGAGCAAGACCTCCCCCTTGTGTCAAGAAACATGGTTCAGCTTTTATTTCAGAGACGTATGAAGATTTCTCATTAATTTGAAACTCCACTTTTTATGAATAGTATAATCACATCTTTGATTAAATTAGTTTTTTTTCTGGTTTTAGCTTGAAGAACCTGCTCATTTTAGCTCTCCCTGAAGAAAGCATTTCTGCAGCCATGTAACACCCTCAGTATTGCAAAAACCACAGATACGTCCTCTTACCTGGAATCAGCCTGTCAGCTCTTCTGTTGTATTAAGTAGTAGTTAAAGGAAGGAGCGTTTGCTCACAATTATGGCTCTCTCTGAGATACCGTAATGAATAACCTTCGTCCTCCGTAGGCAGCTATTCAGTGAGAAGGATAACTTCTCAGTCTAATAGTCTGTATGTGTCACATTATCCATGGCAGAAAATTGTAGCCCAGGGTTGGGAAAGCATTGAAAGAAACTGTATTTTTAGATAGTAGCACGCTTGCTTGTTGTAGAGATTATTACTTTAAAACCCACTGATAATAGTTAATTTGAATTAACTGAAATAGTTAATCGGAAGGATCACATTTACTCCTAGCTGCTGGAAGGAACGATAGATAAAAGTCATCAGAAAAATTCAAAGCTCAATTTCCCCCAAGGTTTGGGTTATTTGAGGTTATGGTTCTAATCTTCAGTGGAAGATGAAACTTCCTTTTAAAACAGTCTGCGGTGACAAAACTGTTCAGTATTTCATATAGTTTACTAATGGAAATGCACAGATTATTTTGTAGCGTTTCTATTGTGGAAGCACTCAGCATGCACAGCAGGAGGGAATCTGAGCAGATCCCTGAATGAACTTGATATTGCCGAAAAAAGTTGCCTGGGAGACTGAATTCTAGCTCAGGTCTCTTTAAAAGACTCAAAAATGCATGTCAGACTGCTGTTGTCACCAGCTCATCTGTATCATCGCAATTTATGAGTTTGTCATATAATGGTTGTTAGAAAGTATATTTTTACAGGCATCTTGGGCTCAAAGCTTAAATTGCCTCCTGCCCCATTATCCATATGTGTTTCAAATATAAATGAACTACCAAATTAGCTTGAAAAATATAACCTAGAGTAGAAACTGTAGTGGAAAAACCCATTAAAACGTAACTGTGCAGCACAAACACTACTCTTTCCCACTCACTATGCATTCCAGAAATAATTGGCTAAAGCCACTAAATACTGCTTGTAAGAAGTATGTACCAAGAATGAATCTGTAAGTCACTCGTCTCTTTTCTGTTTACAGAATTACTATTAATCCTTTACTTGATTAAAATATACTTTCACAGATGAAACACATTTGGGTGCCTCATTGACATTAACAGAAATACATACTTGTATTTCTAGTGACAACATTATGGATTGGTTTGATGTTGTTTCTTTCTCTCAAGATCAGTAGAATTATAAGAAGGAAAGGTGTGGAGTTTGTGCATTGGATTTTCCTCTCCTACCCCTTCTTCAACCACTTTACTTACCCTTTATTTAGAAACCACTGTATGTGTGCTGTGGATATATCAACACTTATCACCCAGATCATTTCTTAATGTGAGAGTGGAGGGATTTGTGCAAAATCAGCACTGAAATACTTTTTTATTGACTCTCCTGGTGGAGAAAATGTTGTTTTTTTAAGTTTAAAGATGCCATAGTTTGAAATCTGGAGAAAGATGAATAGTGTGCTTTCTCAAGGCAATTCACAAACAGAGGGAAAAAAAGCGTATGAAAAGACCACATGGCCAGAAAAATGGTTGTGGTTTTTTGTTGTTTTTAAATGAAGTATGTGCTATGCTTCAAAAATTCATGTCTTCTCATACGCTTTTTAATTTAAATTCACTTTGAACAGTAAAGGAATAAAAGCTGTGCCAGTCCAGAGACAAGGATTACTTAGAAAGTTTATATTTTCTTTACTTTAGTGTTTGTGGAACTCCAAGGAATACCTGAGAGCAGAAGATGCAATAGTTTTCACCTCTGCCCTAATGTGAATTTCAGAGCTTCCAAAACAAACGATGCTCTGAAAGTGTGGATGTAACAAAAACAGGAAAGCAAAAAGAGGGAAGCAAGTGATGGAAGGAGGAAAGAATTCTGTCGAAGTCCTTAAAAAAATAAATGTTTATATTAAATATGGAAAATGTTTATATTAAAAATTCATGGAAGGAGCTCGACTCCAGAAGTTCCTGGGAGGTTTTGTTTCAAGCAACAGAATGGACACATTTGAAAATAT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Seq C2 exon
CTTCTCGGACTTCTAGCCATAGTGAACAGCAGAGGGATAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000010081:ENSGALT00000016385:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]