GgaINT0072860 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000013606 | FGL1
Description
Gallus gallus fibrinogen-like 1 (FGL1), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001277819]
Coordinates
chr4:62476188-62480683:+
Coord C1 exon
chr4:62476188-62476375
Coord A exon
chr4:62476376-62480170
Coord C2 exon
chr4:62480171-62480683
Length
3795 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATTT
5' ss Score
7.51
3' ss Seq
TTCCTTTATTTTTCCACCAGGTG
3' ss Score
10.95
Exon sequences
Seq C1 exon
CACTCCTATCAGATGAGCTGTGGTGAATACTCTGGTACAGCTGGTGATTCCCTAACTGGGGGATTTCATCCTGAAGTAAAATGGTGGGCTGATCATTGCGGAATGAAATTCAGTACTAGAGACAGGGACAATGACAACTATGAAGGCAACTGTGCTGAAGAGGAAAAGGCTGGCTGGTGGTTTAACAG
Seq A exon
GTATTTTGATTTTTATATCTGCATTGTCTTGCTACTTCACATGTATTTGTACAATAATAGTATCTGCTAGAAGATAAGCAGGCATAATTTATTACATTTGGAATCTGTCCTTGACCCCTAGCAGAGATTTCAGTGCTGTTAGGACCAAGATTCACTTACTGCCCTGGCTAAGCTTATCTGTGAAATGGTATCTGTCATAGGCTTCGGTCATTTCTGTTATCAGACATTAAGAAGTAGACAATTCTGTCCCTTTAAGGTAACTAGCATTTACATAAATAGGTCATGCAGACGTCTTCCTGTTGTACTTCATTCTTGTATTTCTCTTGTGTTTCACTAGACCAGATGTGGCAGTACTGCTGAATATCTGATGAGTTAAGCTAGTGCTGGGTTAACAAGCCATAGATTTCTATCTCAGTTCACAGCATTTCATTCTTGTTATTCCTTCTATATCAAGATGGGAATGTGCTCACTCAATTTGTCAGTGCACATGACTGGACTGAGAGGAAAATAATTTTAAATAGGGTTCATTAAAAGAAATTTAAAACCTTACCTACCTATACAATAGCAGTTATAAAAGGAAGAGGAAAACTGATAATGTTAGCACCATATATACAGGCAGCTCTGTTGTTTCACATACTTCACATACTAAGTATAGACATGAACAGAAATGATGCGATATATCTGGGTAATAGACCGCTCTAAAATACAGCTCAGAAAAGCACACTACTCTCTCATTCTGATCTCAGTTCACTGGGCAAGAGCTGCCAGGCTGAATCAACTCCATTGTTTCTCTCTCTGTCATCCTTTGTTCCTGTTTTTTAACTCCTTATTTTCCAAATTCTTTTTCCATAATTTGTCTGTGACCAGCTTAGCTGATATGAAGTAGCTCCTAGCTCAGTGTTTCACAACTAACAGTTTTAATACATTTCAGCAGTGGTAGGTTGGCAGAGTGTTGAGGCGTACAGAAAATATTCACGTGTAGACAAATGTTCTTGCAGTTTCTGTGAAAGATGAGATATAAAAAAAGGGAAAATAAATAGTGGGAGATACTTTTCCCATGAAATCTGAACTTTTGTAGATTTAGAGGAATGTCTACACCTTGATTAGTATAAAACTGTGATACCACAACATGTGATTTATTAACAGTGAATAATCACTCACTTAAATGACATTGTTTTTGTCTTTTAAAAACTTAATTTTTTTAATACTGGATTGGCCTGTACAGAAGAATGACCTCTCTGCAAAAGTAGCTCTACAGCAGAACTTGACAGTTATTAATACCTTGTAGTTGGTGCTACATAACTACTAAAGATAGCTGACTCCTACCAGGCTAGTTCCTATTATGGATGTGTATCAGACATTGTTAAAGTGACAGTCCACCTGGATAATGAAAATCAGTTAGTAGTAGTATTATTCCACTGTCTTGCTAATGACTTTGTTAAGCTTAATAGAAAACTGAAAGCTGCAAAATATTAGAGAATTGTAGTATCCTGAAATCCTGGCAGGCCTAAAGAAAAGAGAGCACTCAGAACACAAGTATGTCATGCACAGATTAGGAAATATAGAAGAAATTAGTGCTCTTGGCTGGTTTGTATAGGAGCTCCCAGCTCTGAAGGAATTTTTCATAGCTAGCTCTATACTATCTAGCCTAATGAAATATAGAAATGCTCAGCTAATATCAATACCAAGGGATGTGATGCAAGTGAGGCATAGAAAATAGCTCAGATCTCTTGCTCCAGCTCTGCATTTGTTATCGTGGACTCCTGCAGAAGAATGCTCTCTCTGCACTTGTTTGAAAGCAGACATTTTCAGCTTGGAATCAAGTCCACTGTGCCAGGTTCTCTCTGGTACTACACTTGGTTCATAAGCTTTCCTCCTTCCAGGGTAATGCAAAGATCAGTAGGTTTAGAGCTGCCAAGTAAGAGCTAACAAGCCCATGTGGACATGAGCTTATTCTCTCTCCAGCATTCCCAGTATTAGCTGCAGAATGCATGGATGACCACAGTAGATTTGGCAGACATCAAGCTGGAGCCACAAGTCTCAGTCAGACTTTGTGTCTCAGCAACCTTCTGCAGACAGCATACATTCATGTAGGGCTGTGCTGGAGTCAATAAGTCCAGGCAGAATTTAAATCATTCTTCAGGGAACAAACTCATTTATCTATATCTGTCACAAAGTTAATATATAACTCAGATAAAATGTCAATGGATAATTGAGATTGGCTGTACTTTTGAAACTATCGCTGTAGGGTTTTTTGGCTTTAAAAACTAGCCTGTTGGAAAGAAAGGAGGAACTCACGCTAATTTAGGCTAACTTTAAGGTGACTGTTGACTTGTTGCTTCAGAAAATCACATCAGTAGTCATATGCCAACTGTTTTTTCAGTATGGCCAGTTCCTTTAGCCTGCCTCCAGTCCGTTACAGAATATATTTTTGTATTAGTGCCTCCCAGCACTATAAGGGTTATTATGGGCTCATGTTACTGCTGATAAAATCAACTTCTGACTGTTTCCATCAGAAGAAGTAAAAGAAGATTTATTGATTACAATTATTCTAACAAACTCAGTTTTGATTCAAAGTGTTTAAACAAAGTGCTGTCTCAGAGCAGAATCTGTATGGCTCAAAAGACTGTTAGCTCTGATACAAGTTCATCATTATCAAAACCAAAGTCACTTTTGATATCTGCAATTTATAAGCTTTCAACGTGTTTTTTAACAAAATTAATTTTAAATTATAAACAGTGAATAAGCATTCATGTGAATTTTCCTGTGAGACTTTCATCACTCTCTCTATTTCATTTCTCAAAAACTGTTGTTATTAAAGCATAAGCAAAGCCAGTGGGAGTAAGATTTGCCAGTAAAAATATCCATAAGTTTCATTTGGACTGTTTTGTCTTAATGTTTTCTGAAGTCTGCTTTTGAAATACACTGTGGTGTTGTTAATATCTGGTTGTCAGACACTTATGACAAAATTCTGAATTGGCAGATAAGTAAAGCAGTCTTATTGCAGTGTGCTGCAGAAGAAACAAACACTTTGCTCTCCATATGGTGACATAAGTCTAAACTTACTACTTTCTTGTAGAAACCAAACAAGTATCAAGGTTGTGCTGGTAGCTAGTTAAGCCTTTGGGGTTTTGCTAGGTTAGTTTTGTTTTCAGTTGGCTTAACAACCTGTAACAGCATTTCTGTTTCAGTATGTTAAACAGCCAGAAAGAATGTAGTTAGTTCAGTCAAATAAAATACCAGTTCTGATGATCCATGGAAGTGGTATATATCTCTTAAACTAGCTGTGAGATGTAATCTATTTTTAAATAGAAATCAACAGTTGGACAGACAAACTGATAGTGGTATTCGTGTTTTGCCACGTAGCACACTATGTGGGTAACTGTATAACATCAGAAGGGCTGCTCCAGAACAATAAAAAGCAGCACAGTATTTCTTTTCCTTAATTTGATTCCTTTTTTTGCTTGTTGTAGGCTCTGCTGCTACATGTGACCTAAAGGATTCTGGAATTATTTTTCATTAAGACAAATTTACAGGCAGAACTCAGAGAGCTGCTTATGTCAGAAAACTTGTAAAACAGAAATAACTTTTGTTTCAAAGATGTTAAAAGTACTTGCAATTGTGCCCTAATTAAACTGTTTGTGTGTAGGGGCACTGCAGTCCACAAATGTAAGTTTCTGCAGCTGTCAGACTGGGCTGTTATCAACATAGTGAATTTTTGACTTGCGGAGAAACTAAAGTGCTTGCAACTTTTGGATGGGGCTTTAATCATCTTTTCCTTTATTTTTCCACCAG
Seq C2 exon
GTGTCACTCAGCCAACTTGAATGGTTTGTACTACAAAGGCCCTTATACTGCAAAGACAGACAATGGCGTAGTTTGGTATACTTGGCATGGGTGGTGGTATTCTCTGAAATCTGTTGTAATGAAGGTCAGACCAGCACACTTCAAACCTAATATTGTTTGAATATTTTATTAAGGTTTATCTTTTAGCAAATCAATCCAAAGTAAAACAGATGGGCTATTATCTACGTCTATATAAATCTAGAGTAACTCCTCTATATTTAATAGTTTTCTGAGCTGTAAATGAGAAGATAATCTGGTTTATGAATCCATATGAACAAGTACTACTGCTAATGTGTCTAGAGGATTTTTTTAAGGCACAGTTTGCCTAGGAGAAAGGATATCTTTATCAACATGGAGAATTTGTCTTGAAAGGTAACTAGAAATCCTTTTACTTAATAGAAAAAAATGTATTGTCACTTATGTCTCAAAAATTATTATGAATTGTATTGCACCCAAAAAAGGCAATTTAAATAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000013606:ENSGALT00000022137:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.016 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0014713=Fibrinogen_C=FE(27.3=100)
A:
NA
C2:
PF0014713=Fibrinogen_C=PD(19.8=83.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]