GgaINT0073699 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000007590 | MTMR8
Description
NA
Coordinates
chr4:11733120-11740321:+
Coord C1 exon
chr4:11733120-11733246
Coord A exon
chr4:11733247-11735137
Coord C2 exon
chr4:11735138-11740321
Length
1891 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTGAGT
5' ss Score
7.8
3' ss Seq
ATGCATTTCTATTTTTGTAGAAA
3' ss Score
6.58
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTTTGGTGTGGGATGTACAATCGCTTCGACAAAGGAATGCATCCAAAACAGTGTGTACTGGATCATCTACTGAGCTGCATGAACCAGAAGATAAAACTAGAGGACAATGCATCTGAATTGGAAAAT
Seq A exon
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Seq C2 exon
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CACTGCTTAAAAACATTGTACCATGTTAAGAGGAGCACTGTGCCCTTTCTCTAAATGTATTTGTCTCATGGAGTTACATTTGTATTACAGTTTATTTTTACTTCTTAAAAAGAAAATATCAATACCTTGCCTTTTTACAGGTGGTGATTGGTCTGTTTGTTAATTAAACTCGACATGGAACTTC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000007590:ENSGALT00000012271:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.634
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
ACTGAGCTGCATGAACCAGAA
R:
CGATCAATGGTGCTGAGGCTT
Band lengths:
343-2234
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]