GgaINT0081599 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009925 | MTA3
Description
NA
Coordinates
chr3:25190517-25200020:+
Coord C1 exon
chr3:25190517-25190739
Coord A exon
chr3:25190740-25199933
Coord C2 exon
chr3:25199934-25200020
Length
9194 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTAAGA
5' ss Score
5.55
3' ss Seq
TTATTCTTTAAAATTCTCAGATG
3' ss Score
6.98
Exon sequences
Seq C1 exon
GAATCCCATGTTAGAACTCATATGTCCCGGCAGGCCACACAAGGAACTCCAGTTCGTAACACTGGAAGTCCAAAGTCAGCTGTGAAAACACGCCAAGCTTTCTTTCTTCACACAACGTGCTGGACAAAACTTGCCCGTCAGGTCTGCAAAAATACCCTTCGGCTGCGGCAGGCAGCAAGACGTCCCTTTGTTCCTATTAACTGTGCTGCCATTAAGGCAGAAT
Seq A exon
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Seq C2 exon
ATGCAGATCGGCACTATGAAATTGCTGGAAATCCTCTGAAGATCAAAAGCACCAGAAAACCACTGTCATGTATCATTGGGTATTTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009925:ENSGALT00000016137:14
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Human
(hg19)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]