HsaINT1023659 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000057935 | MTA3
Description
metastasis associated 1 family member 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:23784]
Coordinates
chr2:42708874-42719074:+
Coord C1 exon
chr2:42708874-42709096
Coord A exon
chr2:42709097-42718987
Coord C2 exon
chr2:42718988-42719074
Length
9891 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTAAGA
5' ss Score
5.55
3' ss Seq
ATGTTTCTTTCTCTCCTCAGATG
3' ss Score
12.74
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000057935:ENST00000406652:14
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.958 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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INCLUSION PATTERN[edit]
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