GgaINT0081599 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009925 | MTA3
Description
metastasis associated 1 family, member 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:23784]
Coordinates
chr3:23364309-23373779:+
Coord C1 exon
chr3:23364309-23364498
Coord A exon
chr3:23364499-23373692
Coord C2 exon
chr3:23373693-23373779
Length
9194 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTAAGA
5' ss Score
5.55
3' ss Seq
TTATTCTTTAAAATTCTCAGATG
3' ss Score
6.98
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCACACAAGGAACTCCAGTTCGTAACACTGGAAGTCCAAAGTCAGCTGTGAAAACACGCCAAGCTTTCTTTCTTCACACAACGTGCTGGACAAAACTTGCCCGTCAGGTCTGCAAAAATACCCTTCGGCTGCGGCAGGCAGCAAGACGTCCCTTTGTTCCTATTAACTGTGCTGCCATTAAGGCAGAAT
Seq A exon
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Seq C2 exon
ATGCAGATCGGCACTATGAAATTGCTGGAAATCCTCTGAAGATCAAAAGCACCAGAAAACCACTGTCATGTATCATTGGGTATTTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009925:ENSGALT00000016137:16
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.615 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Human
(hg19)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]