GgaINT0081784 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000014463 | ACTN2_CHICK
Description
NA
Coordinates
chr3:39126120-39131690:-
Coord C1 exon
chr3:39131540-39131690
Coord A exon
chr3:39126229-39131539
Coord C2 exon
chr3:39126120-39126228
Length
5311 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAAGTATGT
5' ss Score
6.97
3' ss Seq
TTGTCTTCACTTTTTCTTAGTGA
3' ss Score
6.85
Exon sequences
Seq C1 exon
GCAAAGAGCAGATCTTACTTCAGAAGGATTATGAATCTGCATCTCTGACAGAAGTCCGTGCCATGTTGAGGAAACATGAGGCTTTTGAGAGCGATTTGGCTGCTCACCAGGACAGGGTGGAACAGATCGCTGCCATTGCCCAGGAGCTGAA
Seq A exon
GTATGTTCCATTTAAAGGCTTGCAGCTGCTGACATTTAACTTTGCGATAAACTCTTTCCAATGAATTTGATAGTGTCATAGGTACCAACGTAAGAATTCCAGAGATAGCTTCATAAGTATATTATCTGAGCTGGTCACTGAGACCTTTCCCTCATCTCCCCTCTACTCCCAACCAAATATAGACATTCAACTGACCAAAAATATTTGAAAACAAGCATTTTCAAATGTTTTCTTTCTACTAATGAGTCCAATGTGTGTTCATGGGAATGCTGGAGGTGTCTGTTTCTTAGTTCATATGGTCTGCTGAGAGGTACTGGTTATAAATTATTAACTTAGAAAATAATAGCAGTTAAGTATATTACAGATCAAACATCTTCAATTTAAAATCTGGTATTTTCCCACAGGTATGTTGGTCCTTTAAAAAGATTTGATATCCTTAAATTATCCTTTCTGTGTCGATATTGGGTCATGCAATGATGTCTCCGAAGATTAAAATGTCTCTAGTATGGTCCAAGGCAAGCAAACACACAACCTCTCCTCCTCACTCAGCATACTATGCCCAGAGAACAAAGCTGAGAACAGTTCTACAACATATTTAGCTATATTGACATCAGCTAGGTAGTTCAGAGGTGTGAAAAGCCAAGGCCCGTGCCTGACAGACACTTCTGTAGCAACAGAAGCCCTGAGTGTTGGTGCAGTGACTGTGACTAGGCTCTGTCTTTATTAAGTCTGCTTTTGTTTGTGGGAAAGCTGTTAATTCACATGGGTGAAGCACAGCTTTGTCAGCAAAGCTCTGCCCACACTGGCAGGACTGTAGTGTTAGATAATGATGTCTCCATTCTGGTAAAGTCATTTTCATGTGTGCAACAAGCTAAGGACATTTGATTTTATAATCTTATGCAGTTAATTGCAGCGGTCTTGTACTGTAAATCAGTAGCACTACTCCTGATCTTAACATCTGGCACATAATTAAATTCATTGCTCACCCACAGCACAAATCTGCAAAGCCAACAGGAACAAATGTGTGTTAGTGGTTGAAAGAGGAGCCAGCATCAAATTCCCAGACTCCTCCTCGTGGCTTCAAGCCTCCAAGTTTCAGTTTCTTGACTCCTTGAACAGACAAAACAGCAAGTACTCAGAAAGCAAAAAAACACATTGTTTTTGTTTGTTTGTTTTTTACTTTGTAAAGGACCTTAAATCATAAACTGTTCCTCATTCATTAAGCATTAGAAAACCAAAGAGCTATCTAAAATGTTGTTCATACCTGGTAGCAGCAGCACTTACAGTAACTGTATGGTTAAGATGAATTTAGAGGAAAAATCCTATTTTTAAGAATTGGTCACATGAGAAAAAGAAAAGTACAGTGGGCAGAGTAAATACTGTTAGTATGTAGTTACTATGTAAGAGTAGTTAGTATGAAAGAAAGCTCAAAAATACAGAGGATGCAGATTTCACTGGTTATGTCAGCTAACAAAGCACCTTCTGACATATCCTGATCTTTGCTGTAAACTTATTTGTTCCTTTTATGCTAGAGAATGTTTCTGAAACACCTAATTATTGTTAATTAAGCATTAGTTTTGCAAGCGATAAAAACTTTGAGAATGTAGTATACGTAGCACAGCATCTGCTTACTGGCATTTTGAACCCTGTGTCCTTTACCTTTGCTGAGGCCAGTGAACACTGTATCCTGTCTATTTTAGGGTTGTCTCTTCTCAGTTGTTTCAGTAATTTGCTGTATGAAGTTAAACAAGATATCTGTGGCCTTGGCTCCAAAGGTGCTGAAAACCTCCTGCTTTTAAGATGCTCTACTTTGACGTCTTCTCTAATCCATACAGTACAGCTATCAGTCCAGTATTTTCAATATTCAGCGCTGGTTTCTCCCTGAGAATTTGTAGCTCAGTAAGACTTACTGTCTATGGAGAGTACCGAATGAAAGGTTATAAATGTCAAGTTTTATTATTGGCTGCAAGCAAATGGGCAGCTTCTGTTTAAATGTTGATTTTAATTATTTATCCACAGCATGGTTCTTCAGTGAGCGACTGAAATTATGGAGGAAAACTAATTTCTTTTTTCGGTCATATTTTTTCATTGAAATGTGGAGCAATAATTGAATGCTAAGGAATGTGCATTGGCACCTTATCCAAAGCCTAATGAACTCAACATGGGTATCTTATTGTTGGGTGTTTTTTGTTTTTATTTTTTTGTCACTGGATCAGACCCTTACAGGAGTCAGCATCATCTGAGTCTAAATTACAAGTCAGTACACCTCCGTGTTTCGCTTTAGTCATCTCTTGTCTGCCTAATGTTACTATTTGAAACCGAACAATTGCTGTGTGACCTTGAACCACAGCAGTTACTTACTGCATTTTCTTATCTGCTCTGGTATTTTCTGCTGCAGCAATTAAGTCAACTGTGAGATAAAGTTGCTAAAAGTTTGTTGATTGGTGTGTGTGTGTGAAGCAGGTTATTCCAGCCAGGATGCTGCTATAGGACTGTTATGTGTTCTAGCCTGTATAGGATTGGAAATCCTTGCCAGTGAAGTATGGAAAGACTTGGTTGGCACTGTATACGAGGCCAGAAAAAAAACTTAGGAATTTTTAAAATGGGACTTGCCATTTGTGACATTGCAAATGCTAAACAGAATTAGAGTAAGTCATAATATGAAACACTAAAGTCACCTATGGTCTTGCGTGCTCATTTCAGTGTTTTCAATAATCAAGATAATTTTTAGAATATCCATCACTTCTAGCATAGCAGCTTATTTTCAGCCAAGAAGACAACTATCTGTAGTTGTTTTGAAGAGTCTTTTTGCTTCTGGAAACCTGGGCTCAAATTGTGCTTACGCGCATGATATTATAACATGAGCCTGGTTATGAAGCAGTGCTAAAGCATGGTGCTCAGCAGGTTATTTTTGTGACACTATCATGATTCGTAAAGTGAGCTCATACTTAAATGCTTCTCTGGATCTGGGCAAAATCTGACTAAATTTTTAATTCTTTAAAGGTAAGACCGAATTATATGTAAAATAAATAAAAATAGCTTCAAGATTTTTAAATTCCGAAGGCTGTAGATTTCAAATGACTAAATAGGCTGTTCTCTTGGAAGTTCTGTAATACATGTGCAGCAGTGCTTTGTTTATGCTTGATAAAAAATGGTAATAAATAAGAAATCCAGTGTCTTCACAGCTTCAGTGCACCAATCTCCACATTCCATCCACTTAGTGAGCTCTGTGAGCTCACACAGGATCATCACCTAATAGCCTCAGTATGCTAAAATGCGAAAAATAACTTCCATCTGAAATGTTCCAGCAATAGAATATGTCATGGCGTGTTTTATCCAAGTGTCCAAGCTCCTGACTTAAAATTTCTTAACAAATACATGGTTTTTATTGCATTCGTGGAAGGCCAACAGAAAGGCTTGCCCCCGAGGAGGAAGCAAGCTTTTAAGTTAAGGAGTCCTTGTGTAGTCCTTATGGGCAGCTCTCTCCTTATACATAATGGGATTTTTTACATTTTAGAGTTGTTTTTTTAATTGTAGTATTCTATTTTCACTTGCTTTTTTTACCATTTTTTGCTTGCAAAGATCAATTGATTTCAGCACGTCTGAAGCCTCTTCTAAACAGAATGATCCAGATACTTCTCAGCTTTATCCCTATAACCATATTGTTCCTACTGAACTCAGAGGGAGAGGGATAAGCACTCCCGCTGGCCTACAGTGGTACCTTCACAGAGGAAAACTGTCTCAGCTCCCATTTAGTCCTCTGTGATTCTCTAAGTTACTGGAGGAAGCGATCTGTACGTTCCTCTTGCCACTTGCCTAGAGAAAGGATGTTCAAAAGGATAGAACAAATTATACCTGCATTTAACATCCTGTTCAAGCCTTAGAGTAAATCTTAGCTTCATATTGCCATATTGTCACATAATCACAATCTCTGCAATGCTTAGTACTGTGCAAAATGTCCTCAAGGAGCAGCCAAGAGCTAAATTCAGTGGATGATGATACACTGATAAAAATGAGCTTCTGAAGTGCCTAACATATATTTTATTATGGTCATGATGGCTGCAGTAGAACCATGGGGATTATCTGTCACTGAGATCCAAAAGTCAGTTTGAAACAGTGTAGAATCTCAGGACAGAGCTTAAAAAGTTAGTCCAGGCAGCACAGTAAGTTGTTTTCTGTCAGGATAATAAAAACATATTAAATAGGTGAAAAAGCGGTGCTAACTGCTACATTCCTTTTGGGTGTACTAATTTGCAGTGGCAGCAAACCTGACTCTGGAGATTCCTGTACCTAATCAGTTCTAGTGTGTGAGGAGTTCCTGGAGAGAAAGATGAAAATTGTTTTCTGTGCCCAAAGCCGGGCAGCCCGTTAGAGGTAGATTATGCCTTGAACACAAGCAGAGATCTGTTTCTCAGTTAAATACATAGGTCACTCTGAAAGTAATGCCTCCTATTTAATTCCATGAGAACTACAACAGATACAAAGAGCATAATAGCGCTATTTAATAAAGCAAATTCTCAGCTACAAAACTCTGTTTTTCAATGTAATTGCTATCGCTAGCTGTGCATTTTCACCAGTGATGAATAAAAGCCTGCACAACACATGTGTAAAAATCTGCACCAGTGGAGGTGACCCACTGTCGCTGTTACCACAGCTGAAATGCATCACCCACTGCCTCACTGTGCCCACATCCACTGTTTGGTCTCCATCGATGTTCAGCAAGTGTCAATGAATGTCAATGGGTGCAATTTTTTCCACATGGAGGAATTCAGTTCCACACCTGTGCTTCATACCCGCTTCCATGTCAGACACCATTCTGTCAGACTGCCCCTCTGCTGCCATCTGTCACACAGCACCAACATGTAATGGAATATTGGTGGGAAGGTTCAACCTCTACTGCTGTACCGCCAACATATGCCTCTGACATTGTGGGCCAACAGAATAAAATAGGAGACGTTGATTTTGGAGCAGCCCTTATAATTACACAATGTATTAATCTG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Seq C2 exon
TGAACTGGACTATCACGATGCTGCAAGTGTCAATGATCGATGCCAAAAGATATGTGACCAATGGGACAGCTTGGGAACACTTACTCAGAAAAGGAGAGAGGCACTGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000014463:ENSGALT00000023354:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0043516=Spectrin=FE(47.2=100)
A:
NA
C2:
PF0043516=Spectrin=FE(34.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]