GgaINT0081784 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000014463 | ACTN2
Description
Alpha-actinin-2 [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:P20111]
Coordinates
chr3:36962562-36968132:-
Coord C1 exon
chr3:36967982-36968132
Coord A exon
chr3:36962671-36967981
Coord C2 exon
chr3:36962562-36962670
Length
5311 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAAGTATGT
5' ss Score
6.97
3' ss Seq
TTGTCTTCACTTTTTCTTAGTGA
3' ss Score
6.85
Exon sequences
Seq C1 exon
GCAAAGAGCAGATCTTACTTCAGAAGGATTATGAATCTGCATCTCTGACAGAAGTCCGTGCCATGTTGAGGAAACATGAGGCTTTTGAGAGCGATTTGGCTGCTCACCAGGACAGGGTGGAACAGATCGCTGCCATTGCCCAGGAGCTGAA
Seq A exon
GTATGTTCCATTTAAAGGCTTGCAGCTGCTGACATTTAACTTTGCGATAAACTCTTTCCAATGAATTTGATAGTGTCATAGGTACCAACGTAAGAATTCCAGAGATAGCTTCATAAGTATATTATCTGAGCTGGTCACTGAGACCTTTCCCTCATCTCCCCTCTACTCCCAACCAAATATAGACATTCAACTGACCAAAAATATTTGAAAACAAGCATTTTCAAATGTTTTCTTTCTACTAATGAGTCCAATGTGTGTTCATGGGAATGCTGGAGGTGTCTGTTTCTTAGTTCATATGGTCTGCTGAGAGGTACTGGTTATAAATTATTAACTTAGAAAATAATAGCAGTTAAGTATATTACAGATCAAACATCTTCAATTTAAAATCTGGTATTTTCCCACAGGTATGTTGGTCCTTTAAAAAGATTTGATATCCTTAAATTATCCTTTCTGTGTCGATATTGGGTCATGCAATGATGTCTCCGAAGATTAAAATGTCTCTAGTATGGTCCAAGGCAAGCAAACACACAACCTCTCCTCCTCACTCAGCATACTATGCCCAGAGAACAAAGCTGAGAACAGTTCTACAACATATTTAGCTATATTGACATCAGCTAGGTAGTTCAGAGGTGTGAAAAGCCAAGGCCCGTGCCTGACAGACACTTCTGTAGCAACAGAAGCCCTGAGTGTTGGTGCAGTGACTGTGACTAGGCTCTGTCTTTATTAAGTCTGCTTTTGTTTGTGGGAAAGCTGTTAATTCACATGGGTGAAGCACAGCTTTGTCAGCAAAGCTCTGCCCACACTGGCAGGACTGTAGTGTTAGATAATGATGTCTCCATTCTGGTAAAGTCATTTTCATGTGTGCAACAAGCTAAGGACATTTGATTTTATAATCTTATGCAGTTAATTGCAGCGGTCTTGTACTGTAAATCAGTAGCACTACTCCTGATCTTAACATCTGGCACATAATTAAATTCATTGCTCACCCACAGCACAAATCTGCAAAGCCAACAGGAACAAATGTGTGTTAGTGGTTGAAAGAGGAGCCAGCATCAAATTCCCAGACTCCTCCTCGTGGCTTCAAGCCTCCAAGTTTCAGTTTCTTGACTCCTTGAACAGACAAAACAGCAAGTACTCAGAAAGCAAAAAAACACATTGTTTTTGTTTGTTTGTTTTTTACTTTGTAAAGGACCTTAAATCATAAACTGTTCCTCATTCATTAAGCATTAGAAAACCAAAGAGCTATCTAAAATGTTGTTCATACCTGGTAGCAGCAGCACTTACAGTAACTGTATGGTTAAGATGAATTTAGAGGAAAAATCCTATTTTTAAGAATTGGTCACATGAGAAAAAGAAAAGTACAGTGGGCAGAGTAAATACTGTTAGTATGTAGTTACTATGTAAGAGTAGTTAGTATGAAAGAAAGCTCAAAAATACAGAGGATGCAGATTTCACTGGTTATGTCAGCTAACAAAGCACCTTCTGACATATCCTGATCTTTGCTGTAAACTTATTTGTTCCTTTTATGCTAGAGAATGTTTCTGAAACACCTAATTATTGTTAATTAAGCATTAGTTTTGCAAGCGATAAAAACTTTGAGAATGTAGTATACGTAGCACAGCATCTGCTTACTGGCATTTTGAACCCTGTGTCCTTTACCTTTGCTGAGGCCAGTGAACACTGTATCCTGTCTATTTTAGGGTTGTCTCTTCTCAGTTGTTTCAGTAATTTGCTGTATGAAGTTAAACAAGATATCTGTGGCCTTGGCTCCAAAGGTGCTGAAAACCTCCTGCTTTTAAGATGCTCTACTTTGACGTCTTCTCTAATCCATACAGTACAGCTATCAGTCCAGTATTTTCAATATTCAGCGCTGGTTTCTCCCTGAGAATTTGTAGCTCAGTAAGACTTACTGTCTATGGAGAGTACCGAATGAAAGGTTATAAATGTCAAGTTTTATTATTGGCTGCAAGCAAATGGGCAGCTTCTGTTTAAATGTTGATTTTAATTATTTATCCACAGCATGGTTCTTCAGTGAGCGACTGAAATTATGGAGGAAAACTAATTTCTTTTTTCGGTCATATTTTTTCATTGAAATGTGGAGCAATAATTGAATGCTAAGGAATGTGCATTGGCACCTTATCCAAAGCCTAATGAACTCAACATGGGTATCTTATTGTTGGGTGTTTTTTGTTTTTATTTTTTTGTCACTGGATCAGACCCTTACAGGAGTCAGCATCATCTGAGTCTAAATTACAAGTCAGTACACCTCCGTGTTTCGCTTTAGTCATCTCTTGTCTGCCTAATGTTACTATTTGAAACCGAACAATTGCTGTGTGACCTTGAACCACAGCAGTTACTTACTGCATTTTCTTATCTGCTCTGGTATTTTCTGCTGCAGCAATTAAGTCAACTGTGAGATAAAGTTGCTAAAAGTTTGTTGATTGGTGTGTGTGTGTGAAGCAGGTTATTCCAGCCAGGATGCTGCTATAGGACTGTTATGTGTTCTAGCCTGTATAGGATTGGAAATCCTTGCCAGTGAAGTATGGAAAGACTTGGTTGGCACTGTATACGAGGCCAGAAAAAAAACTTAGGAATTTTTAAAATGGGACTTGCCATTTGTGACATTGCAAATGCTAAACAGAATTAGAGTAAGTCATAATATGAAACACTAAAGTCACCTATGGTCTTGCGTGCTCATTTCAGTGTTTTCAATAATCAAGATAATTTTTAGAATATCCATCACTTCTAGCATAGCAGCTTATTTTCAGCCAAGAAGACAACTATCTGTAGTTGTTTTGAAGAGTCTTTTTGCTTCTGGAAACCTGGGCTCAAATTGTGCTTACGCGCATGATATTATAACATGAGCCTGGTTATGAAGCAGTGCTAAAGCATGGTGCTCAGCAGGTTATTTTTGTGACACTATCATGATTCGTAAAGTGAGCTCATACTTAAATGCTTCTCTGGATCTGGGCAAAATCTGACTAAATTTTTAATTCTTTAAAGGTAAGACCGAATTATATGTAAAATAAATAAAAATAGCTTCAAGATTTTTAAATTCCGAAGGCTGTAGATTTCAAATGACTAAATAGGCTGTTCTCTTGGAAGTTCTGTAATACATGTGCAGCAGTGCTTTGTTTATGCTTGATAAAAAATGGTAATAAATAAGAAATCCAGTGTCTTCACAGCTTCAGTGCACCAATCTCCACATTCCATCCACTTAGTGAGCTCTGTGAGCTCACACAGGATCATCACCTAATAGCCTCAGTATGCTAAAATGCGAAAAATAACTTCCATCTGAAATGTTCCAGCAATAGAATATGTCATGGCGTGTTTTATCCAAGTGTCCAAGCTCCTGACTTAAAATTTCTTAACAAATACATGGTTTTTATTGCATTCGTGGAAGGCCAACAGAAAGGCTTGCCCCCGAGGAGGAAGCAAGCTTTTAAGTTAAGGAGTCCTTGTGTAGTCCTTATGGGCAGCTCTCTCCTTATACATAATGGGATTTTTTACATTTTAGAGTTGTTTTTTTAATTGTAGTATTCTATTTTCACTTGCTTTTTTTACCATTTTTTGCTTGCAAAGATCAATTGATTTCAGCACGTCTGAAGCCTCTTCTAAACAGAATGATCCAGATACTTCTCAGCTTTATCCCTATAACCATATTGTTCCTACTGAACTCAGAGGGAGAGGGATAAGCACTCCCGCTGGCCTACAGTGGTACCTTCACAGAGGAAAACTGTCTCAGCTCCCATTTAGTCCTCTGTGATTCTCTAAGTTACTGGAGGAAGCGATCTGTACGTTCCTCTTGCCACTTGCCTAGAGAAAGGATGTTCAAAAGGATAGAACAAATTATACCTGCATTTAACATCTTGTTCAAGCCTTAGAGTAAATCTTAGCTTCATATTGCCATATTGTCACATAATCACAATCTCTGCAATGCTTAGTACTGTGCAAAATGTCCTCAAGGAGCAGCCAAGAGCTAAATTCAGTGGATGATGATACACTGATAAAAATGAGCTTCTGAAGTGCCTAACATATATTTTATTATGGTCATGATGGCTGCAGTAGAACCATGGGGATTATCTGTCACTGAGATCCAAAAGTCAGTTTGAAACAGTGTAGAATCTCAGGACAGAGCTTAAAAAGTTAGTCCAGGCAGCACAGTAAGTTGTTTTCTGTCAGGATAATAAAAACATATTAAATAGGTGAAAAAGCGGTGCTAACTGCTACATTCCTTTTGGGTGTACTAATTTGCAGTGGCAGCAAACCTGACTCTGGAGATTCCTGTACCTAATCAGTTCTAGTGTGTGAGGAGTTCCTGGAGAGAAAGATGAAAATTGTTTTCTGTGCCCAAAGCCGGGCAGCCCGTTAGAGGTAGATTATGCCTTGAACACAAGCAGAGATCTGTTTCTCAGTTAAATACATAGGTCACTCTGAAAGTAATGCCTCCTATTTAATTCCATGAGAACTACAACAGATACAAAGAGCATAATAGCGCTATTTAATAAAGCAAATTCTCAGCTACAAAACTCTGTTTTTCAATGTAATTGCTATCGCTAGCTGTGCATTTTCACCAGTGATGAATAAAAGCCTGCACAACACATGTGTAAAAATCTGCACCAGTGGAGGTGACCCACTGTCGCTGTTACCACAGCTGAAATGCATCACCCACTGCCTCACTGTGCCCACATCCACTGTTTGGTCTCCATCGATGTTCAGCAAGTGTCAATGAATGTCAATGGGTGCAATTTTTTCCACATGGAGGAATTCAGTTCCACACCTGTGCTTCATACCCGCTTCCATGTCAGACACCATTCTGTCAGACTGCCCCTCTGCTGCCATCTGTCACACAGCACCAACATGTAATGGAATATTGGTGGGAAGGTTCAACCTCTACTGCTGTACCGCCAACATATGCCTCTGACATTGTGGGCCAACAGAATAAAATAGGAGACGTTGATTTTGGAGCAGCCCTTATAATTACACAATGTATTAATCTG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Seq C2 exon
TGAACTGGACTATCACGATGCTGCAAGTGTCAATGATCGATGCCAAAAGATATGTGACCAATGGGACAGCTTGGGAACACTTACTCAGAAAAGGAGAGAGGCACTGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000014463:ENSGALT00000023354:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0043516=Spectrin=FE(47.2=100)
A:
NA
C2:
PF0043516=Spectrin=FE(34.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]