GgaINT0086705 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000010538 | TTC27
Description
NA
Coordinates
chr3:32614141-32618218:-
Coord C1 exon
chr3:32618021-32618218
Coord A exon
chr3:32614253-32618020
Coord C2 exon
chr3:32614141-32614252
Length
3768 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAT
5' ss Score
8.88
3' ss Seq
TTTTGTTTCCTTCCTTGCAGTCA
3' ss Score
10.94
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTTTGGCTATTCTGGTCAGAGCAGTAGTGGATGGAATGGCAGATCGCACTGGCGAAGCAGCAAGTGGATTGAAGGGGAAATTGCGAGAGCTGTTGGGCAGAGTGACTTCACGAGTGACAAATGATGGGGAAATCTGGAGACTTTATGCCCGACTTTATGGAAATGGACACAGTGATAGCAGTGAAGATATTGAAAAG
Seq A exon
GTAAATGTGTTCTGATTTCTATGTTATGGATACACACCGTACAAACTTCCTGTTTTCCAGAAAATTAAGTACTCTAATAAGACATGCTGTTGTTCTGGATGTGTTTTGCTGTAGTGTTTCAATAAGCTTTATCTTCTGCTTTTCACGTTTCTACAGCGTGCATTTTTATTATCCAACAAAAGCAAGATACCTTACAAAATTTTTTTAATTTAAAAATTCATCTCTTTTATCAACATCTCATTGTAAAGCATCTGAACACAATACACGTTCATTGTCCTGGATTCATATTCTGAAGCTTTTCTTGGCAGCAATCCAATAGATACATTATATTTTTATTTTTAATAGAAATCTTTGATTCTGAAAAGAAATAATGGTACCTTCTGGGAAAAAAAAAAAAATGGATCCTAATCCAGTGGCATGATCCAGTGGCATTGTAAGCCATCTAAATTCTTCTTTGGATCCACAAAAAAAAAAGCACGTTAAGAACGTCTGTTACTCCATTCTCTAGTGTGAGAGTGCTTCGTGCTTACATAGCTTAAAATGGAATTAATATAACTTTGTAATTCTTAACCTGTTAAACTGTTGGATCCCCCTTCACCTCTCTGTGCTTTAGCTACGTTAACTTCCATCTCTTTTTCCTATCACTTCCCAGAAAATTGAGATGATTGCATTTCCAAAATTAACCACTCAGTACTGTTCCAAGTGTTTAATTTTGTGTATGCTAAAAAGTACTTTGCATTTGGTGTTGAATTTCCAAAATGCAAATAGCCTTGCATACTCTAAAAATACAGGTTATCAGATCTTCACTGAAGCTGAAAATATACAAGGTCAGCAGTTGGTATGTGTTTCCTAATGGAGGTATGCCTTTGGCCAGGGCAAAAATGTCCGTCTGGAAGGTTTCTTGTCAGTTGATGTCAAGTCTATTATGCGTATGGTTGAGCCCACAAATTGTATGCCTTTACAGTTAAAATTGGAATTATTTGGGCCTTGCTCAGTGTGCTGCTTTTCAGGCTCTGCCCTGTGAAATGCCTTTAGTCCTTCCTCAAGTCCATTATAACTTCATTTCTTCCTTCTTTCCCCCCTCGTTTTTCTTTACTACCAAACAATAAAAGGGATTTGGCCTATTTAGAATTCAGAAATACAGACTCTGCAATATCCTGTAATATATCCGCAGATTCTTACTCAGACATGCAAACTAGGAGAGGCTCTGTCTATACTATAAATGTAATCATTTCAGAATCTGGTTACATCACAGTATTTTTCACTAACCCAGTTACAAACATGGTTTCAATTTGTGGAGTAGACATGACTTTAACTGAGTTTCCTAATCAGACTTGTTATGGAACATACGGCCTGGTTTGCCCTGCAAAATGCAGTCATGTCTATAAATACTTATGATATATTTCCTTGTATATCCAAGTATCCTAGTGTGATGCACAGAGATGAATCATGAAAGAGCAAGACAGTCTACAGTCACAGCACAAACAAATATAAAAATCAATTTAAATATACTAAATAGTCACTGGTATCTTCTTGGATATCAAATTATAAAGTATAAGTGTGAAAAACACGAGTATTTATTTGCCAGAAGTATCATTTAATGTCAACTATTAAGTGAATATAATTATCTGTAGAATTCCAGATATATTGCTGCAGTTTTCAACCCTTTTTTATTTTTCTAAAGGTCAATGAATTCTGAAAGGGTATTATTTACTATTTTGTAGCGTCATAGGACAAAGTGATGGGAAAAGATGTATCATAGGATTGTGTTCCTCCTAACAAATGTAGGGTTTGACCTTTATTCCATAATGTAATACCATATTTAGTGCAAATTTAATTATATTTAGCCCATGTTTTTCCTAGAATTTAATTTGAAATAATGTTGGTCTGGCTACTGTAGAGATTTTTCTGTTGTTAGTTTTTGTTTGTTTGCTTTCCTTTCTGTTCTGTTGTCATATCTGACACCATGAATCCCTTGAGTCTACAGCTATGATTCACAGCAGTGATTTATATACATTGAATCAGTTAGATGGTCATTAGGACTGAAAACTGTTGACTTTTTTTTTTAACCTAGAATATACTTAGGCCTACACTGTGTAAGTAGTTGACTTTTGTAGCTGACTTGACGCTTCGTTGAGAACTCCTTTCTTTGCTGCCCTAAACCCAGTCCGTACTTTTCCCACCAAGGACTCTTTCCAACCTTCAAGCAGCCTACCTGGATTCTGAAAACCTTTTGTTCCTTAAACTTTGCCCAGATCATAACCTTTTCCTTCCAGGATAAATTCAGGTTCCAGAAGTTCAACCAACCAACAAGGTTTTAACAAGGTTTAACTTTCTGACATCTGTCACCAAAACGCCCTAGCTTGTTGCTCTGACTCAGACACATTAAGATTAAAATCAGGCTACTGTAAAAACTGTTCTCTTGGAAGTTTTTCCTTCTGCTGCCTATTGGTTCCAACAATTATAACCTAGGTTGTTCCAAAAAAGAAGCAATCTGCTCTGGTTTGACTTTATACACCCTTATTGCCACTTGCAGCCATTCAGCATGAGCGGTTCAGTCACCTGGGCAGTAGTGGTTGGAGCTCTTGCTGGGAGAGAGAAAGTAGAAGCTTCTGGGCTGACAGTCCCCAGATTTCATTAATCCTTGCTCGGCAGTCAGAAGGCTTTGTTGTGCTCTTGTACATGTACTGCACTGACAGCTTTTTCTTCCTTTGTATATAATACTTAAACTTTTTAAAAATAAGTGATTGAAGAGTTGTTATTGAACTAAGCCACCCATCTTTTCACGTGCATTTGTCTCTAGTATTTTTTTCACTGTAGACAGAAAACAAAATAAGAAAGCAAAAATTTGTTTCTTTTTTCTCTTGCTGATGTACTTTGGTTTAGTTAAGTAGATTTTTATGAAATAATCTCAGAGATTTCATAAAATTTTTTAGATTTTCCTATGAATACTCAATGCTTATTGTTTTGGAGTAGCTGTATGTCCTGACTTCAATTCATAACCTCCCTACATTCAAATATAACTTTTTAATTTCATTCATGAACTGGTTATTTCCTCTTCTGGCTACTGCAGTGCTAATTCTAGTACAGCATTACTAGGTTTGTTCTCTAGTTATCGAAAGTTAATGGAAGTTACAATAATGAGATGAATTGGCGGATTTTTTTTCTTGTCGTTACACCAGAAGAAAACAGTTGTTTTCCTTTACTCTCCATGCATCTTCCTGCTCCTTGTTAGATGCCTTTTCTTAGTGGAGAACCCTCCTGTAATATTGCTTGTTTACTTTCTCAGTTTATTTTATTCACACTGAGAACCAGTATGGCAACTAATAGTTGTCTGTAAAATACTAGCCAGAAATACATATATAGAAAGAAAGCTTTGATGTATTCAGTTCTTCATTTAATAGCTACAAAATTACTATTCAGTGTGAGTACAAGTATTTTCCCTTTTCATGTGCATTCAATTATGATGCCTTAGCAAATATGGGTCACATCCATCAGTCTAGACAGATTTTTAAAAGATAAAAATGAGATACATGTTCCTTTATATGCCTGTCATACTTGAGATGCAATATTGGTGAATAACATCTGTGTTACAGCTGGTGCTTACCATTGCCGAAAAGGATACTACTTCAACTTGCAGAATATCAAGCACTGTAAAGATATATTTATTTTCTTGACTGACCACCAAATGTTTAGCCATTTAAAACTAAATTGGTCTCCTAGTTTGTTTTCATGAATACTGATCTTCTTTTGTTTCCTTCCTTGCAG
Seq C2 exon
TCACTGCAGTGTCTTACTAAGGCACATAAATGTGAAATTCAGTCAAATGATTGGGAGAAAGATGTTTCTTCTTTTAAGGAAGTAGCGAAAGGAGCCATAGAGATTGCACATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000010538:ENSGALT00000038001:17
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]