GgaINT0090257 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009158 | CDC42BPA
Description
NA
Coordinates
chr3:13241133-13268676:+
Coord C1 exon
chr3:13241133-13241281
Coord A exon
chr3:13241282-13268582
Coord C2 exon
chr3:13268583-13268676
Length
27301 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGC
5' ss Score
9.88
3' ss Seq
TTTTGTTTGCTTGTTTGCAGGGA
3' ss Score
9.8
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GGATATTAAACCAGACAACATCTTGATGGATATGAATGGCCATATTCGATTAGCAGATTTTGGTTCTTGTCTGAAACTGATGGAAGATGGAACG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009158:ENSGALT00000014921:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006920=Pkinase=FE(18.4=100)
A:
NA
C2:
PF0006920=Pkinase=FE(11.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]