GgaINT0094072 @ galGal3
Intron Retention
Description
NA
Coordinates
chr2:93951707-93956453:-
Coord C1 exon
chr2:93956287-93956453
Coord A exon
chr2:93951797-93956286
Coord C2 exon
chr2:93951707-93951796
Length
4490 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTTGC
5' ss Score
4.86
3' ss Seq
CCCTCATCTGTTTATTGTTGCAA
3' ss Score
-0.39
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAATTCACATGTCACCTGTGTGACAGGAGCTTCACGGAGAAGTGGGCGCTGAACAACCACATGAAGCTGCACACCGGGGAGAAGCCATTTAAGTGCACCTGGCCCACCTGCCACTACTCCTTCCTCACGGCTTCGGCGATGAAGGACCACATTAGGACTCACACAG
Seq A exon
GTTTGCGCTGTCTTTTTCCCCAGGGCTATGGGAGCAGACGAAGGTCCTGATGGAGAAAGTAGACAGGGAGCTCATTAGGAAAACAGGTTTAGTTTTGGAGGGTGCCCCGCTCCCACCTCTCCTGCAACAGTTGGAGAGAGGGGAAGAGCGTTCAAGTTACCGCTTTGACATCCGAGTTTGCATTAATTGAGCTTCTGGAATGATCGTTCAAACGTAAGTCTGTTCTTGAGTGAAGTAAAACACACGCAAAAGTACACATCCTCTTAGCAGCATCTGTGAGGATCCTTCACTTACCACTTAAATGATGGATAGAGCTGCTATCAACCAAAAAAATTAAGGTTTTATGTAAAGGAGCTTGGTTAACTGGATACAGGTGCAAAGGAAACAGCAGAAGTAATAAGCTCTTCAGCACTTGTTATTTTTAATGGGAATCCTTTTCTCTTCTTGAAGTCTTTGTGTGTCTGAAGTAAAATACCGTCTGAAATACCAGCTTGATTTTCCTTTTCTTCAGAGAACCATAATTACTTTAAAAAAATTTCAAATTTACTGATGTATTTCAGATGGGTCAAGTGAGCATTTTTTGTAAAATATGCGCTTAAATTTAATTGATTTTACTTATACAGAACCTTTAGCAGGGGAACAGGCATTGTTAATTCTAGGTTTGAAGTTAAATAAAATTTAAGCTGTGACAAGTGCAGTGTCTAGAAAATAAGTGCCTGTGAAATATGTCGAAGTCCTTAAAAATACCATTCAGTGCTAATAACAGTAAATATCATTTTTCATACAACTAGTATGTGACATTGGTTTCAGAAGAAATAAATGTATGGAATGCAGATTTTGAAATTCTATTAGGCTTCATATAATTATAGTACATAAAGAAAAGCGGTATAAGGTTGACATTACATTATCTGAGCTCTTCGAGCAACTTAGATGTGTATACGGTTGGGAAAGAGGAAAAGAGACCTAGAAAAATCACATTACGCTTACAGCCTGGTCATTTTCGCACAAAGATCAAATGCAGTGTTTTCACTTGAAATAAAAATATTTGTTTATTATTCCCAAACAGCTTCAGCCCTGCTTTCTAAAAATCTGTGCTCTTGCTAGAAACTGTAGGTTAAAAGTTCCTCCAGAGCTGTTTGTGGGAAGCCTAGGCCTCCTTAGCTTCTTTGACAAGGGTGTTGACGATTTAAGGTCTCCAGCCTGCCCTGAGAGATCACTTATATCGAACAGCAGATGAAAAGCCAGTGCAGATGTAATTTATCGTCGGCGTTTCCTTCTAAAGAATAATTGTGGAGACTTGGCTAGATCAATAATATGGATTTTTGTTGTTAGGTCTTGTAGTCTGCACCATAATGAGAGAGAGGGGACAGTGGCTGTTTTCTAATAGAAAATAAAGGATTGGTTTCCGTGTCTTTCTACATTTGAATGCAAAATGGCACACTTGAAACTAATTCAAGTTGTTAAGAAAAGGACCATTTTCTGTTGCATTTCTGCTATCATATAAACATGGCAAGTTAGATCAGCCCCCTGTACAGCAAGTGAAATATTGCCTTTACATTTTCCTAGAAGTTAAAAAGTCACAAATTCTGAAGTGGGAATGATAAAATTGTTAAGCATATCCAGAGGAATATAAAATACATCTGTGTATCAATACGTGCCCATAACATCAAGTGAAATATTATGTCTAGATCCGAGGGATTCGACCCACATCAAACTTCAAGGCTGAAAAATATTGCACAGTTTAACTTAAAGTCACAAGTACTGACGTTTTCTGTGTGTGTTTGTATAAAAATGTATATTTGTGCATATACCATGATGCATACATGCACAAATAAGGTAATTGTTTTGTTAATGCGTCTGAAAAAGAATGTTGCAGGAAATAAATGCATCACCTTCTTCCTGAGGACCCAAACACAAGGGCCAAATCTCTTTCACTCTGGTGTTTTTGGATCCAGAGCTTCAGTGACTTCCTCAAGCGCTCTGCCTACATGAGAGCTCCCTGATCAGACCTAGAGGAGTGCGGAACATTTAACTGGCAAATCATTTTATAGGATGGGTCAATTTCCCTGCTTTTAAGCTACTGTTTGCTTTTGAGTGATTTCTCTGGAGCTCAAAAAGCAGTTCCAAGAGCCCAAATATAAAATACACGGTAAATTCATAAACTTACAAAGATGCTATGGGTACTGTGTGTCCTCATTAGTGTGAGAAGCTGCAGGCCATACTGAAGTCTGCTCTGAGATGTTAAACACAACATGAGCTAATTTATGACAATATGTAGGTGATGAACAATTTCTTGGTAGGCATGGAACAGCATTTAACTTAAAAGTGTGAATTTTATGGAGGGGTGTTAGGCATTAGAGCTAGTTAGAAAGATTTATACGTAAAATTGATTAATTAATTAAATTAATATTTAATTATAATTAAGCATTGCGTATAGTCCTTCCATTCGTTTTCTTTGATATTTTGATGAACTGAAGTGCTACGTGGTGAAGATCTGATTAGAGAAAAAAAAAAGAAGAAGAAAAAAAAAAACAAAGGAAAGAGATTATGCAGAAATCCCTGTTGTAACAATTATGTATTGCCTCAGTAAAAATAGTATGTACAAGCATTTTACAGTAAAGTTCAGACTTTGTTGTATCACTTAGCATGTAAGCGTTTTTCAAGTTAAACAGATAGAGTTTGTTAGTATGGGCTTTCATTCTGCTTTTCCTGTGTTGGGTTTTGCTGTGTTATGATCACAGATGACTAGAACTGGCTCCTGAAAGGAGCTACAAAAATGTTTTGTACCTTACATACTGTCTTGGGATACTCTCATCAGTGGACAAAATTTTCAGAAAAGCCCTAAAACGTATAAAATTTCAGTCTGTGATTTTCACGATCCAACTTGGGTCTGATCTGTAGAACAGTGATACATAGTTTGCCTTATTCTGAAGCAGAAATGAATGTGTGTCAATCATATTTCATAGCCTAGCTACCTGGTTTTAAAATCCCATTTTATTGGCAGGGTTTGGGCTGCCTTGGAAATCTGGAAGGACTTGCACAGGACCCCTGTGCTGCACTGGCTCTGGTGGGGAGTTGGTTTCTCAGCACCAGGGTCAAGGTCGGGGAGAGAGGTTGGTCCCTGCTGTGTCCCTGGGGAGCCAACTCACTCCTGAGATGGGATCCTGCTTACGTTAACACCGCCTGAAATTAATTGGGATGCGGTGCTTTCCAGAAAGCCCATGTATTAGCATGGCTGGTTACGTGGGAATAAACGACGTGGAGATTTCCAGCCCCTCTGTCTTCACCGGAGGACTCGGCAGTTTGACACCTGACCCTTTAAACCAGTCATCTTTTATAGGAACTGAACTCAATTTCCTTCCCCAAAGGGAAGAATTTGAATGAATTCCGCGTCATCACCCCATCAGTCCCTTCTTCAGTGTTGCTGCGAGAGGAGACAATTTGGCTCCAAATGACTAATGGGAATGTTTGCTGAAAAATATTTTTAAAATTTCAATCTTGTCTGAGGTTACTGAGTCCATATCTGAGGCTAGCAAGATTAACCCACAGTGATATTCCATGCAGCCTTAATGGGATGAAATTGCCTTGCATGTTAGTACATACTGGATAAAAATATTGCTGTGCAACGATAGGCTGAATTTATAGCCAACAAAGCAAAATCATCTCCTCTGTAAAAGAAAAAAAGAAAAAAAAATGGAAAAAAACCCTAAACTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGCACTTACACACTTTTAATGAGGAGTGAGCTTGCCAAAATCTCTCAAATTGTTGCAGAGGTTTGGAATGAAGAATTATCATTTGAAGATGAACAATATGAGTTGTGCTGCAATTTCAGCAGCAATCCCCAGACCTGTTTTCTTTATGTCATGAAAACTTTAGAAACAGAAACAGTACTGAATTGCCACTGGTACTGAATAATGTGGCTTTTATTGTTGCCTGGGCTTTTCAATATATCCAAGAAAATAATTTAATACTTATTAATAAATAGAAGGTAACTAAAGATGACTGTGATCTACTCTGTTTAAGATTTCTCAGTATCCTTAATTTGTTAGTAAATTCAATATATTTTATTTAAGCAGAATCATATATACAGTATATTAACTTTTTTTCCAGGCAATCTTTACTCAGCACAGAAAGGCCAGATGTATGGGAATTGTAAAAAATCAGGATATGCATAAAAACTGTTCAAGTGCATAAAGCAGCCCCATCTGGAAGACATCTAACAGAAATGAAGTTGTACAAAACCATTCCATTGATAATAAAGCTAATTTTTATGGGTCTGACAAGTATGTAATTATGTTCAGTGGTGCTTTTCAGATTTTATCACAGTCAATAAACCGCAGTGGTAATTTCATTCCCATTTGACATATTTACATGGAAACATTTGATTGGAGGAATTAGTAACCCTGAAAGCCTTGATAGATATGTTTTAATGATCTGTGACCTCCGCAGTCCCTCATCTGTTTATTGTTG
Seq C2 exon
CAACAGGCGAGAAGTCGTTCCTCTGTGACCTTTGTGGCTTTGCCGGCGGGACACGTCATGCCCTCACCAAGCATCGAAGGCAACACACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000013679:ENSGALT00000022239:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.129
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134651=zf-H2C2_2=PD(37.1=22.8),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=49.1),PF134651=zf-H2C2_2=PU(35.7=17.5)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=PD(60.7=54.8),PF134651=zf-H2C2_2=PU(38.5=32.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]