GgaINT0094658 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000013124 | FHOD3
Description
NA
Coordinates
chr2:85620290-85639872:+
Coord C1 exon
chr2:85620290-85620528
Coord A exon
chr2:85620529-85639746
Coord C2 exon
chr2:85639747-85639872
Length
19218 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAGGT
5' ss Score
9.65
3' ss Seq
TATACTCCTCACTTCTTCAGATA
3' ss Score
8.91
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATACAATAGCTATGGCAGCAACTCTTACTCTTCTCCGCGACCTTACTCTGGTTTGAGTGCTCCTACAACACCCACTTCTCGTTATGGGACAACTCTCTCACCACCTCAGGAGTCCAAGTCTGACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000013124:ENSGALT00000037064:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.977 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]