Special

HsaINT0064168 @ hg19

Intron Retention

Gene
Description
formin homology 2 domain containing 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:26178]
Coordinates
chr18:34205474-34238151:+
Coord C1 exon
chr18:34205474-34205712
Coord A exon
chr18:34205713-34238037
Coord C2 exon
chr18:34238038-34238151
Length
32325 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTAAGC
5' ss Score
7.31
3' ss Seq
TAAACCTCTGCACTTCTTAGATA
3' ss Score
5.67
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATACAGCAATTTTGGCAATAACTCTTATCACTCCTCAAGACCCTCATCTGGATCCAGTGTGCCCACCACCCCCACATCATCCGTCTCACCCCCACAGGAGGCCAGGTTGGAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000134775-FHOD3:NM_025135:10
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.939 A=NA C2=0.982
Domain overlap (PFAM):

C1:
NO
A:
NA
C2:
NO


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Zebrafish
(danRer10)
LOW PSI
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains
  • Pre-implantation embryo development