DreINT0068502 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000063682 | fhod3a
Description
formin homology 2 domain containing 3a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060503-633]
Coordinates
chr19:741272-746842:+
Coord C1 exon
chr19:741272-741486
Coord A exon
chr19:741487-746791
Coord C2 exon
chr19:746792-746842
Length
5305 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGA
5' ss Score
7.66
3' ss Seq
GTCTGTCTGGTCTGTTTCAGGTC
3' ss Score
12.44
Exon sequences
Seq C1 exon
GCGACGCTCCGTCATGAGGATGGAGATGAAGACGGTTTGCCTCCATCCTGCGGTCGGCGGGACAGACGGAGGTCCAGTGTGGGTGGAGAGAGGCGGGGCTTGGAAAGACGCCGCAGCCGCAGGCATTCATTGGGCAGACCAGGCCACGCCTCCCCGCTCAGTCCCGCCTCCCCACACCGCACCAACATCAAGCTGATGAACGGACAGGATGAGAG
Seq A exon
GTGAGAGAGCACAGAATCCTGGCTTCCATTATTAGAGGAAAACAACTATTTAATGTGAGCGTTCATGGAGATGTTGACGTTAAAAGAGTTTCAAGTGCTATGTGAAGAAGCTCTTTTACAGGTAGGATGTTGCCTAAAAAAGGAGCTGTCTGTGTAGACAGTAGGTGCATCCCAAATCGTATACTTATGCACTATTGTAGTTTAAATACTTCAAGTAGTGCATTCACACTGGAAATTTTTAAGTGCACTTTAAATACCACTGATGATGTGAAGTGTTGAATGCTGGACACTTCACAAAATCAACGCTTAGGACGTAGGGGAGGGGAGGAGCTACTGACAAAGGGGAGGGGATAATAATAAAAGGGAGAAGCTATCAGATGCTGAGATTGGATAACTTCCTATATTTTGGATTGTAAAAGCTAAATTCTCCTATATAAGTGATCATGACTCCTCCTGATGGTGAATGTGGTTGTACTCTTGACAGCTACTATTTGGTAATTTTTGATCTGTGAAACAGATTGATATTGTTCCGTTTGGGACGACACTAAACTCTACACTACACCGATAAGTGTATAAGTGCATATTATATAGCTCCATCTAGTGATGTTGTCCACTAGTGTTTAGAGCAGATTCATGACAGATTGATGCAGAATATAATGTAAATATAAAGCTGAGAGTGTGATCGTTGCTGTTCTCAGTGTTGTCTGGGTGTTTTTGCTCCAGAACTCTTCTGAAACACGAGTGTCTTCCAGTGATGTAAGTGTCATTACTCATCACTGATTCACTTCCAACAAATTCACCTCTCATAGATAAATATTTCACTGGTTAACTTTTTCTTATACAACTTTCACTGATTCATTTTCACTGCTTCACTTCTCACTTTTCTCTGATTCACTTCTCACCAGTTCACCTTTTGCTCATTCATCTTTCACTAATTCATTTTTACTGATTCACTTCTCTCTTTGGTTCACTTCTTGCTGATTCAGTTATCAATTTCTCACCAATTAACTTTTTGCTGTTTAACCAGCTGATTTACTTCTTTTAGATTCTCTTCTCACTGATTCACTTTTATTGCTCACTATTCACTTCTTGAATATTCACGTCTGTCTTGTTCACTCTTTATGACACGTGTGACACACTGATTCTCTTGTCTCAGAATAACTTTTTTGCTGATTCAGTAAATGATTCACCTCTTTTGTTGATTCAGTAACTGATTCACCTCTTTTTTTGCTGTTTCAGTGATTGATTGAATTATTTTTTGCTGATTCAGTAAATGATTCACCTCTTTTGTTGATTCAGTAACTGATTCACCTCTTTTTTTGCTGTTTCAGTGATTGATTGAATTATTTTTTGCTGATTCAGTAACTGATTTGCCTTTATTTGCTGATTCAGAAACTGATTCACCTATTTTTTGCTGCTGCTTCAATGATTGATTCACTTCTTTTTTTGTTGATTCAGTAACCAATTTGCCTTTTTTGCTGATTCAGTAAGTGATTCACCTCTTTTTTGCTGATTCAGTAACTGATTCACCTCTTGTTTTGCTGATTCAGTAACAGATTCACCCCTTTTTTTGCTGATTTAGTAACCGATTCACCTTTTTTTGCTGATTCAGTAACTGAATAATCTCTTTTTTGCTGATTCAGCAACTGATTCACCTCTTTTTTTGCTGATTTAGTAACTGATTCACCTCTTCTTAGCTGATTCAGTAACTGATTCACCTCTTTTTTGCTGATTCAGTAACTGATTCACCTCTTTTTTGCTAATTCAGTAACTGATTCACCTCTTTTTTTGCTGATTCAGTGATTGATTCACTTCTTTTTTTGCTGATTCAGTAACTGATTTGCATTTATTTGCTGAGTCAGTAATTGATTCACCTCTTTTCTGCTGATTCAGTGATTGATTCACTTCTTTCTTTGCTGATTCAGTAACTGATTTGCATTTCTTTGCTGATTTAGTAACTGATTAACCTTTTTCTGCTGATTCAGTAACTGATTCATCTCCTTTTTGCTGATTCAGTAACTGATTCACCTCTTTTTTTGCTGATTTAGTAACTGATTCACCTCTTCTTTGCTGATTCAGTAACTGATTCACCTTTTTTTTGCTGATTTAGTAACTGATTCACCTCTTTTTTGCTGATTCAGTAACTGATTCACCTCTTTTTTGCTGATTCAGTAACTGATTCACCTCTTTTTTTGCTGATTCAGTGATTGATTCACTTCTTTTTTTGCTGATTCAGTAACTGATTTGCATTTATTTGCTGAGTCAGTAACTGATTCACCTCTTTTCTGCTGATTCAGTGATTGATTCACTTCTTTCTTTGCTGATTCAGTAACTTATTTCTATTTCTTTGCTGATTTAGTAACTGATTCACTTCTTTTTTTGCTGATTCAGTAACTGATTTGCATTTATTTGCTGAGTCAGTAACTGATTCACGTCTTTTCTGCTGATTCAGTGATTGATTCACTTCTTTCTTTGCTGATTCAGTAACTTATTTCTATTTCTTTGCTGATTTAGTAACTGATTCACCTTTTTTTGCTGATTCAGTAACTGATTCACCTCTTTTTTGCTGATTCAGTAACTGATTCACCATTTTTACTAATTCAGTAACTGATTCACCTCTTTTTTACTGATTCAGTAACTGATTCACCTTTTTTGCTGATTCAAAAACTAATTCACCTCTTTTGACTGATTCGCTAACTGATTCACCTTTTTTGCTGATTCACTTTAACCGGTCTAATTTCTCCATTGCGGGTTTAGGCAGCCAGTAAGCAGACAAACTCACCTGTGTGTTTTTCGTTATTTAGTCTATGACAAAGTCGAATGTTGTTCTCCGTTTCTGTTTTTACACTTTTGCTGTAGAGAAGAAGATGAGGATGAGGAGGAAACTCCTGTCACTGAGTCGGGCTCAGATAATAATGATGATGATGATGATGAAGGGGGAATTAATCCTTCTCATCACAGCGTCATCAGGTATTCTAGTGCAGATCCTCATTCAGCACAGATTGAGTGTGTGTGTGTTCAGGCACATCTCACAAATGGACTCTCTTGTTTCTCCTGGAATTGTTGATAATCAAGCGTCCATCATCAGCCTTTATGTCCTGACAGAATACTCCAGAATAATTAGACATGATTCATGTGTCACGCAACTCTCAGTACTAACAACTGTTTATATGACTGTTGCTTTAAATTCAAATGAGATTGTGCTCCAGGGAGGAGCTATAAAAGCCTGTGTGTCACCATAGCAGCAGCTCAAACACTCTAATGGCTAATGGACAGACGGCTGCTTCTCACTCAGGGCTGCTGTTTATGCTAATGAGGGAGAGATGGGCACTAGTGGGCGGGGCTTTCCCTCTCTGATGACATGTACAAAGGCAGAATGTCAATCAAAGTGTTTATGTAAACAGTTTTTGAAGTCTGATTTTAAATGATTATCATAGGCCACCTTTGAATGTCTGTCTACCTCCTCTGTCTCATGTTAGCATTGTGTTTGGGATGTCCGGTAAGATATAAACACAGAGAAGTTAATAAACAATAACTCATCTTCATCAGCGGCAGTGGTAAATCATCCCTCTGTAACAAACACACCACAGAAGAAGAGGAGAAGAAGAGGGCCACATCCTCAGCCCTGCCCCCTGCTGACTCCGCCCAGCCCTCAGTCTTGGCCAATCTGTTGGCTCGCCGCAGGTCATCTGTCACTGTGCCGTCGACCAATCAGATCAGTCCTCCGCAGCGGCCGCTGGACCGCCTGCCGTATCTGCCACACTCCCCATTCTTCCTCTTCTCATACGACATGGAGGAGCAGGAGGAGAAACCAGACGAGAAGAACAGCAGGTAGAGCACATATCCCATGATGCAACAGCCTGTAACTGCATCACTTCCTCCTGTGTATCTTTGAACCTGCTGGTTAAACAAAGATATGCTTCTTGCTGATTCACTTCTGGTTGGTTCAGTTCTCAAAGAGTCACTGTTGATTCACTTTTTGCTGATTCACTTTTCACAGATTCTTGTTTTGCTAATTCACTTCTCGCTGTTTAACTCTTGGTTATTTACTTTTACTGATTCACTTCTTACTGATTCACTTTTCTGATTGGTTCACTTCTCAGAGAATCACTTCTGATTAATGTTTTGCTGATTCACTTCTTACAGATTCTTGTTTTGCTTATCCACATCTTGGTGTTTAACTCTTGGTTATTCACTTTTACTGATTCACTTTTTAACAATTCACTTTTCTGATTCCCTTCCGGTTGGTTCACTTCTCAAAGAGTCACTTTTGATTACATTTTTGCTGATTCATTTCTCACAGATTCTTCTTTTGCTAATCCACTTCTCGCTGTTTAACGTGGTTATTCACTTTTACTGATTCACTTTTTACTGATTTACTTCTCACTGATTCCCTTCTGGTTGGTTCACTTCTCAAAGAGTCGCGTTTGATTCACTTTTTACTGATTCACTTTTCACAGATTCTTCTTTTGCTAATTCACTTTCCACTGTTTAACTCTGTTATTCATGTTTACTGATTTACTACTTACTGATTCACTTCTCACTGATTCACTTCTGGTTGTTCACTTATCAAAGAATCACTTTTCATTCATTTTTTTGCTGATTCACTTCTCACAGATTCGTGCTTTGCCAATTAACTTCTCAATGTTTAAGTCTTGGTAATTCACTTTTACTGATTTACCGAGTCACTCCTCTCTGATTCACTTTTGCTGTTTCATTTCTCACTGATTCATTTCTCATAGAACCACTTTTCGATGATTAACTTCTCACTGATTCACTTATCCCATATTCTCTTCACACTGATTCAGTTATCAATAATTATCTTCACTCTGATTCTCTCTATACTGATTCACTTCAGGTTGGTTCAATTCTGACTGAATCATTCTTATTAACTTTTTACTGATTCACTTGTAACAGATTCTTATTTTGCTAATTCACTTTTCATTATTTAACTTTGTTAATTCTGTTGCACTGATTCACGTCTCACTGATTCACTTTTCTGATTTTCTTTTCACCGATTCACTCTCTAGTTCACTTTTTGCTGATTCAGATCTCTTAGATTAATCGTTTACTGACTCACTACTCAGAGATTCACTTTACTTTGAGTCAGTTCTTGTTAACTGATTTACTGATTCACCAGTGTCTTCGTCTTCTGTCTGAAATGATCATGTCCAGTTCAGTGGACTGGTGTGCTGGTGGTTAAGCTGGATTAGTTATGAAGTGGCTGACATCTGATGGGGATTTCTCACCCTTTTATGAGCTGAAATGACAGTAATAGTCACTCTGTCTGTCTGGTCTGTTTCAG
Seq C2 exon
GTCTCTTTCTGCTGTCGGTTCTCCATCTACACCTACTAAACAGAACGAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000063682:ENSDART00000146050:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.965 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]