HsaINT0064168 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000134775 | FHOD3
Description
formin homology 2 domain containing 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:26178]
Coordinates
chr18:36625511-36658188:+
Coord C1 exon
chr18:36625511-36625749
Coord A exon
chr18:36625750-36658074
Coord C2 exon
chr18:36658075-36658188
Length
32325 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTAAGC
5' ss Score
7.31
3' ss Seq
TAAACCTCTGCACTTCTTAGATA
3' ss Score
5.67
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATACAGCAATTTTGGCAATAACTCTTATCACTCCTCAAGACCCTCATCTGGATCCAGTGTGCCCACCACCCCCACATCATCCGTCTCACCCCCACAGGAGGCCAGGTTGGAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000134775:ENST00000359247:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.953 A=NA C2=0.925
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development