GgaINT0094783 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011262 | KCNH8
Description
NA
Coordinates
chr2:35538271-35553847:+
Coord C1 exon
chr2:35538271-35538512
Coord A exon
chr2:35538513-35553715
Coord C2 exon
chr2:35553716-35553847
Length
15203 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAAGT
5' ss Score
11.01
3' ss Seq
TTTATTCTTTATCCTTACAGGGT
3' ss Score
9.98
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GGTCTTCATTCTGGTGCCTATTGGATATTGTTCCTATAAAGAATGAAAAAGGAGATGTAGTACTATTTCTGGCCTCTTTCAAAGATATAACAGACACAAAAGTGAAGATTGCTGCAGAAGACAAAAAGGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011262:ENSGALT00000018380:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134261=PAS_9=FE(68.1=100)
A:
NA
C2:
PF134261=PAS_9=PD(26.1=68.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]