Special

MmuINT0085543 @ mm10

Intron Retention

Gene
Description
potassium voltage-gated channel, subfamily H (eag-related), member 8 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2445160]
Coordinates
chr17:52725763-52753704:+
Coord C1 exon
chr17:52725763-52725996
Coord A exon
chr17:52725997-52753572
Coord C2 exon
chr17:52753573-52753704
Length
27576 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTGAGT
5' ss Score
10.13
3' ss Seq
TATTTCTCTCACCTTTACAGGGG
3' ss Score
10.31
Exon sequences
Seq C1 exon
ATAGCAACTTCATCCTGGCCAATGCCCAAGTGGCAAAGGGTTTCCCCATAGTCTACTGTTCAGATGGCTTCTGTGAGCTGGCCGGGTTTGCACGAACTGAAGTCATGCAGAAGAGCTGCAGCTGCAAGTTTTTGTTTGGGGTGGAGACCAACGAGCAGCTGATGCTTCAGATAGAAAAGTCCCTGGAGGAGAAAGTAGAATTCAAAGGAGAAATTATGTTCTACAAGAAGAATG
Seq A exon
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CTTAGTAAATACTCTTTTTTATTTTTTATTTTTCGTGTTCAAAGAAACTCACTGTGTACTGATAAAGTATCTGTGACCTTGACGGTCAGGATTTGAGGCCCAGTCACAGCTTTTATAGTGACTAACATTTTGAGGATGGTCACCTCTTTGAAGTCCTGAGTCCCATTTCTTTATCTCTAAGGTCTCTTCTAACTCGAACTGAGATGACTTTTCACATTTCACCACAAATTATGTATTCATAAGTTCAGTGTTCTCTGAGGTGTTCATGTGGCCTATATTTCCTTCCCTAAGAAGTAGAAAACACAATTATAAAATATTTCATCTGTGTAAAAGATAGAGCTGATAAGAGCCAACTACCACCAAATTTCAAAACTACTAATTCTAAGACAAAAGTTTGCTCAGTGGATACTTTTAGTGACAAAAAAAAAAAAAAATTGCAGCATACTTCCTGTAGCTGTTTGATGCAGTATGCATATGTGTTGTGACAGTCGTAAACATAATGCCTGAGAATACTTAGCAATTAAACATAGACCCCCAATACATGGATACATGTGGCATATCTTCATCTGACTCCCCTCTTCTAACTGTATCACTTTTAACTAGATTTTTGTAAGTAAAATAAATTTTCTCTGATTATTACATACAGAATACTAATATATTGAATCATATGACATATGCTCTAGAGATGAGAAAAGTAATGAGAAAGTAAAAGAGAGGCTAGATGCTGGGAGAAGTAAGCAGCAGAAACAGCATGAAGGTTCAGGGAGCCTCCATAGTTGAATGAATCTAAACCTTCTTCTGCTGGTCTTTGGGAGGAGAAAGACGAATCTAACGTAGATGCTTTGCACTTACTTGCAGGTTCACCCAGATATCCAGGTTGGATGCTTCTAAAAAGGCTGAATGTATGAAGGAAGATGGGTTTGTAATGACATTTAGAAGTACCATGGAAGACAGTAGGACGTGGATGAGATTCTGATAAAAATTGGAGATGTGCACCATGCTAATTGGAGGCATGAGTGTAACTCTCTTGCTCATTGGGACAGTAGTTGTCTGACTGTTCCAGGCACTATGCTCTAAAAAAAACTCATTTTGTTGGCACAAAAAGAAAGTTTCCCATGGACTATTTCTGGCACTAACATCAGTGAGTGAAATGGGGGTGTGAATGTAGGCTTGTGCATCAGATTATGGCTCTTAATGGGTCTGCCCAATATCTTAGAATTGCCTTGTAACCAATGACACTGTTATCCACTTTTCCTTCCTTGCTTCTCTCTCACTTGTCTCCAAAACCACATCCAGTCTTCACAAGGCTTGTTTCAGGGAGGACATGGAATAGCACACCAATGGTTTATATGCAAAAGCCATATTAAGTTACAAAATTAACACTTCCGTGAGAGTTACTGAGAGGGGCTGGCAGAATATCTTCATGGTATAAGTGTTGGTTCTGCAAGTATGAGGGCCTAAGATTGAATCTTCATTCCTTTCTCCAAACAAAACTGGACATAGCTTAACATTATTGTAAGCAGCATTGATGATTGGAGACTGATAGATGCTAGAGCTTGCTGGTAAGACTACCTAGCTGAAAATCATTATCTGTTCCTGTAAGAGACTGTCTTTCAAGTCAGTAAAGCAGAGTGATATAGATAGACATCTGATATCCTACTTGTGTTTCTACACCTAAGCACCAATGTGAATGCACCACACATGCACGAACAACACACATACGATACACACATACACACATTCCACACATCAGCTGCTAGATGAAGTCTCTGTTATCTCTAATGACAGTTATGCTAGGCTCTGGATCCAGGACATCCTGTAGGCATGACAAACGGTAGTTTGGAGGGTTTGTGACTGGGTTGATGTCCCAATTTCCCTTCTTGAGGCCTTGCCTGGTTACAGAGGTTATCTGTTTCAGGCCCTGAGCTGCCTATTACTAGGAGTCTTCATTAATGTCACCCTCAAATATTCCATAGAGTTGGTATTGCACTCCCCAAAAGTCCCCCAATTCCAATGGTTACTTTTCCTCTACCACACCAACTTGATCCCACCTGTTCCCATCCCTATATGCCCCAAGTCCTCTTGGGTAATCTATTTCCCCTTTCCAGGTGGACAATTTTGTCCCTTTTTGATATCTCCTTGATACTTAGACTGTCTGCATCTATGGATTGTAGCAGGATTATCTTTTAATTTACAGTTAATATCCACTTATAAGTGAATACATACCATGTTTGTCTTTCTTGGTTGGGCTTACTTCACTCAGGATGAGTTTGTTTCCTAGTTCCATCCATTTGCAAGCAAATTTCATAATATCATTTTTCAAAACAACTGAGTAATACTTCGTTATATAAATGTATCACATTTAAAAAAAAAAAACATTCTTCAGTTGAGGAACATCTATGCTGTTTCCAGTTTCTGGCTATTGTGAATAAAGCTGTTATAACTATAGTTGAAGAAGTGTTCTTGTGGTAGGATGGATCATTCTTTGAGTACATGCCAAGGAATGGTTTATCTGAGTCTTGAGGTAGATCAAGTTCCAATTTTCTGAGAAAGCCGATAGTGATTTCCAAAGTGACTGTACAAGTTGGCCTTTCTACCTCCAATGGAGGAGGGTTTTCCTGCTCTTCATCCTCAATAGCAGGAGCTGTTGCATGAGTTTTTAATCTTAGACATTCTAACAGGTATAAATAAGATGGAATCTCAAAGTTGTTTTGATTTGCATTTCCTTAATGGCTAAGGATGCTAAACATTTTTTATTTTGCCTTCAATGGTTTTATTTATTTATTTATTCATTTATTTATTTATCATAGCTAATTTTTCATACAATGTTTTTGATTGTTTCCCCCTCCCCCAACTCCCCCCAGATCTTCTCCATCTCTCTACCCACCCAACTTTACATTCTTTTTTTTTTCAACATGCAATAATATTTTCTTTCTTTCTTTTTTTGTGCTCCCCCACCCACCCACCCACTCCTGTTTTCCCTCCCTGCCATTCACCTACATTGGGGCATCGAACACCCTCAGGCCCAAGGGCCTGTCCTCCCACTAATGTCCAACAAGGTCATCCTTTGCCGCATATGCAGCCAGCACCTTGTGTCCCCCCATGTGTATTCTTCGGTTGGTGGTCCAGTCCCCTGGAGCTTCAGGGTGTCTGGCCTGTTGACACTGTTGCTCCCTTCATGGGGTTGCAAACCCCCTCAGCTCCTTCAGTCATTTCTCCAACTCCTCTAGGGGGGACCACCAAGCTCAGTCCAATAGTTGGCTGCGAGCATCCACCACTGTATTTGTCAGGCTCTGGCAGAGCCTCTCAGAAGACAGTCATCAAGCTTCCATCAGCAAGCACTTCCCGGCTTATAAGAATACAAAATATAGTACAGGTTTGGTGGCTGTATATGGGATGGATCCCCAGGTGGGGCAATCTCTGGGTAGCCTTTCCTTCAGTCTCTGCTCCACACTTTGTGTCCATATTTCTTCCTGAGAGTAATCTGTTCACCCTTCTGAGAAGTACTGAAGCATCCATTCACATTTTGGTCTTCCTGCTTCTTAGGCTTCACATGGTCTGTGAACTGAATCATGGGTATTCTGAACTTTGGGTCTAATATCCACTTACCAGTGAGAACATACTGTGTGTGTTATTTAGTGACTGGTTTACCTTGCTCAGGATGTTATTTCCAAGTTCCATCTATTTGCCTAAGAATTTTATGAAGGCATTGTGTTTAATAGCTGAGTAGTGATCCATTGTGTACATTTACCACATTTTCTGTATCCTTTCCTCTGTTGAAGGACATCTGGGTTCTTTCAAACCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCTTATTACATGTTGGAACATTTTCTGGGTATATGCTCAAGAGTGGTATTGCTGGGTCCTCAGGTAATACTATGTCCAATTTTCTGAGGAATCACTAGACTGATCTCCAGAGTGGTTGTACCAGCTTCAATCCCACCAAAAATGGAGGAGTGTTCCTCTTTCTCCACATCCTTACCAGCATCTGCTGTCACCTGAGTTTTTGATTTTAGCCATTTTGATTGGTGTGAGGTAAAATCTCAGGGTCATTTAGATTTGCATTTCCCTGATGACTAAATATGTTGAACATTTCTTTAGGTACTTCTCAGTCATTCCGTATTCCTCAGGTGAGAATTTTTTGTTTGGCTCTGGTTCCCATTTTTAATAGGGTTATTTGGTTCTCTGGGGCCTAACTCTTGAGTAAATCTACAGACTTATGGATGCAGGACATTGGGCTGTGACAGAAAGCCTAGTAAGGTCGAGCTAAGGTTAGAAGTCCTGGAGACCCTGAGGAGTCTGCAGATTTACATTAGGTTTATTGATCAATGTGTCTGTTTTTATGCCAATATATGGGTTTTATTGCTGTTGCTCTGTAGTATAGCTTGAAATCAGGGATGGGGATACCTCCTGAGTTCTTTTATTATATAGGATGTGATACTGATGCTGTTAACACTCAGGATATTGTATGTATAGTTAAAATAAAAAAAAAACCCACTTAGTCATTATCAAATTCTATTCAGGATTTTATTTAAAATGGAAACAAAGCACTAGGCATTGTTCATATTCTACTCTGAGGTATTGTGCTGTATTGAGCAACTAAAATGTTCTTCAACATGACCTTACAGATCAAAGTGAATAAAACCACTCATGTCTCAATAGCCTTCATATTTATACCTGTGTGGATGAAATAGTTAAAACACGGACATATACTTGGTACTTTATCCTTAGTTTTTCTTTTTGCTAAATATTATCTTCTGGAGTATGCATTTTCTGAATAGGACTGAATATTCGGCCCATTTAGCCTCACAGTTTAGAGATGGCTGATAGCTTCTGGCTTTGTGTCTGGGTAGAGCAAAATGGCCATGCTTACCCTTCAAAAGACATCTCCCCCCACAGTGAGTCAATTTCTCTAACTATGGTCACCTTCCAAAGTTTCCAGAACCTCACAAAATAACACCACCATTCAGGGACCAAATATTAAGCACAGGAGCTTCCAAAAGATATTCTGTATTCATACCATGATGTTTACAGAAAACACACAATGAGTTCTCTTGTAACAAGCTGATTTCCTTTTTACATACTTGTGTCCCAAGGTAACTATTTACTCAATTCTAAAATAGATTTTTACCATAGAAGGTATAAACTCTACTTTTCTCCCTCAATTGTATTTATCCTTGGAAATTAAAGGTATTATTAACTGAAATCCTGGCAGATCCTTGTTTATTTTGGCACTTCCGACCTACATGGCAATTACTGTTACTATATGCAGCCAGAGTTAAAATTGACACAAGGTTTCTGCTTTCTAACCCTCTTCTTAAGAATCACTGGCATCTTTGAATTAAAGGCTGAGTGACTTAGTAACTAGAGAGCATATGAGTCTGCACCTGGGTCACTCTTGCTGTAAAGAAGTTGCTCCCTGTCTATTTTTTTTTCTCCAAGTAGAGGAGGAAAATTCACACCCTGGAATAGACTCAAGTTACAGGAGTTATAGGAGAATGATTAATATTGAATGTCATAGAGATATTGCAGAGAATATGGCGAGAGATGTAGACAAGAAAAAAAGGAAGGAGAAGAGGGTTGACTAAGTGTCAGTGTTGCTTGGTAACTTTGATGCCCTTTGTGTCTTGCAGGAAACAGTTGGAATATACTTTGTCCTCTTACTTTGTAGGTACTTGAAGCTTCTTACTAGATTTGAATCAGAGTACCAGTTGGTCATGAGCCACCTAATATAGGTTCTGGAAAAACTATATAGGTTCTTAAGCTATCTTAACTACTCCTCTCAAGCTACAGACACTATTACTTTCTCTAGGGTCTGACTCTATAATCTGATGGCTTTTTATGTTTCTTTGTACCTACCACATTGATTAAAAAAAATAAAGGACTCTCACCTTGACATGGTATTGTAGTTTGCTTAATTAAAAAAAAACATAGTATAAGAAAAAATTAAATGCCTATGTTAAAATCAACAAAAATGTTTAAGTATCTAAGCATTGCATAAAATCCATAGAGTATAATGGCCTCTACTGTGAATCTTTATGATAGGGTTCTTTTACTCCCAAGTGGAATTGAATTCAATTATTGTCCATATTACTCACTTTTCTGTTGCTATCTTAGAATATCCTGGGGAAAAACCCCAACAAACAAAATCAATCAATCAAACAAACAAACAAACAAAACAAAAGCAAACAAAACAAAAACAAAAAAATCTACAAACAAAAACAATTACAACAACAAAACTGCTTTGTGGAACAAGGGTTTATTTTGTCTTACAGGAGTATAGGGCTAGCCTGGTAGTCAGGAGTGGAAGAGATCACATATCACCTGTCCAGTGAAAGGACTGGAACAGTGAAAGGGAAAGGCAGAGGGGGAGGGGAGGAGAGAAGTTGGAGGGGAGGATTTAGAGAGGGAATTGGAGGAGACAGGAAATGACGTCAAAACCCCAACATCCATTCTGAGTATCTCTCCTAGCAAGACTCTACCCTCTCCAGGTTCCATATCCTGTCTAAAAGTCACCACAAGCTGAACACTAACTGTTCAAACTCATGAACCCTGGGGAGCATTTCATAACCATCAACTTGGAGAGCATTTAACAGGGGCTTTGATTATAGTCACAGAAATTATCTATTATTTTCATAGAGAGGAGCATGGCTGCAGGCAGGTGCTGAAGCAATAGCTGAGAGATAGATCCTGATTAGTATGCAGAGTACAACACTGGGTCAAGTGTGATCTCTTGAAACCTGGAAGCCCACCCCTAGTGGCACAGAAGACCTTAATTTTTCTCTCACATTATCACTCTCTAACGATTAAATATTCAAATATGAGCATTCAACTATGGACCTGTAGAGACCATTCATTTCCAAGCCACCATGCCCATTAATAAATTTTGTTAATTTTTTACTTATTATAAGTGGATCTATATTCACTCTACTCATGTGTATCTGGCTATTTTGATTTAGCATGATTTCAGAAAAATCCACACACTATAAATAAGTCACTCACAGTGGTGTATGATGTTGTATTATGTATAAATGTCTCTAACACCGAAGAGTTGTTGAAGTAGCCATATTAGTTTTATTAACTTAAAACCATGGATGAGAGTGTAAGAACGTGACATCATCTCTCCAAGTTGATGGTTTCCATCGTTTTTATGGAAGCCTTCTTAGTGGACAATAATTGGTTTTAAATAGACTAAGTAAGCCTCTAGTAAACTCATGCCAAACAAAATTCTCTATTCAAGAGCCACCATGCTCTAGGGGACTACTGGGTGACCTCTCACCAAGAGGTATGCTTTGACATCAAAATCAAACGTGTGGCTTGAGTGACAGAAGCAGAAGGGTCTTGGCACAGGCAGATACATCTGCCCTAAATCTCACTTATCTTCTGGAAAGCATCTAATCCCCAAACCAAGAGCTAGGCATATAGGCTTGATATTCATGATCTGGGAATGACTGTATTTTGGCCCCCAATTGGACTTGCAGAGCTGAATCAAGAGGCTGACTTATATTTCTCTCACCTTTACAG
Seq C2 exon
GGGCTCCATTTTGGTGCCTGCTGGATATCGTTCCTATAAAGAATGAGAAAGGAGATGTAGTCCTTTTCCTGGCCTCATTCAAAGACATAACAGACACGAAAGTGAAGATTACATCAGAAGATAAAAAAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000035580:ENSMUST00000039366:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.000 A=NA C2=0.111
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF134261=PAS_9=PU(70.6=97.5)
A:
NA
C2:
PF134261=PAS_9=PD(28.4=68.9)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Zebrafish
(danRer10)
LOW PSI
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Pre-implantation embryo development
  • Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
  • Neural differentiation time course
  • Muscular differentiation time course
  • Spermatogenesis cell types
  • Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
  • Hematopoietic precursors and cell types