HsaINT0084394 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000183960 | KCNH8
Description
potassium voltage-gated channel, subfamily H (eag-related), member 8 [Source:HGNC Symbol;Acc:18864]
Coordinates
chr3:19295146-19322821:+
Coord C1 exon
chr3:19295146-19295379
Coord A exon
chr3:19295380-19322689
Coord C2 exon
chr3:19322690-19322821
Length
27310 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTGAGT
5' ss Score
11.45
3' ss Seq
TTTTTTCTTTACTGTTGCAGGGT
3' ss Score
10.35
Exon sequences
Seq C1 exon
ATAGCAACTTCATCCTTGCCAATGCCCAGGTGGCTAAGGGTTTCCCCATAGTCTACTGTTCCGATGGCTTCTGCGAGCTTGCTGGATTTGCCCGAACTGAAGTCATGCAGAAGAGTTGTAGCTGCAAGTTCTTATTTGGGGTTGAAACCAATGAGCAACTGATGCTTCAAATAGAAAAGTCACTGGAGGAGAAAACAGAATTCAAAGGAGAAATTATGTTCTACAAGAAAAACG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GGTCTCCATTTTGGTGCCTACTGGATATTGTTCCCATAAAGAATGAAAAAGGAGATGTAGTACTTTTTCTGGCCTCGTTCAAAGATATAACAGATACAAAAGTGAAGATTACTCCAGAAGATAAAAAAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000183960-KCNH8:NM_144633:2
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.122
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134261=PAS_9=PU(70.6=97.5)
A:
NA
C2:
PF134261=PAS_9=PD(28.4=68.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)