MmuINT0085543 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000073383 | Kcnh8
Description
potassium voltage-gated channel, subfamily H (eag-related), member 8 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2445160]
Coordinates
chr17:52865088-52893029:+
Coord C1 exon
chr17:52865088-52865321
Coord A exon
chr17:52865322-52892897
Coord C2 exon
chr17:52892898-52893029
Length
27576 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTGAGT
5' ss Score
10.13
3' ss Seq
TATTTCTCTCACCTTTACAGGGG
3' ss Score
10.31
Exon sequences
Seq C1 exon
ATAGCAACTTCATCCTGGCCAATGCCCAAGTGGCAAAGGGTTTCCCCATAGTCTACTGTTCAGATGGCTTCTGTGAGCTGGCCGGGTTTGCACGAACTGAAGTCATGCAGAAGAGCTGCAGCTGCAAGTTTTTGTTTGGGGTGGAGACCAACGAGCAGCTGATGCTTCAGATAGAAAAGTCCCTGGAGGAGAAAGTAGAATTCAAAGGAGAAATTATGTTCTACAAGAAGAATG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GGGCTCCATTTTGGTGCCTGCTGGATATCGTTCCTATAAAGAATGAGAAAGGAGATGTAGTCCTTTTCCTGGCCTCATTCAAAGACATAACAGACACGAAAGTGAAGATTACATCAGAAGATAAAAAAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000073383-Kcnh8:NM_001031811:2
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: