GgaINT0096709 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000012799 | RREB1
Description
ras-responsive element-binding protein 1 [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_990380]
Coordinates
chr2:64758718-64772291:-
Coord C1 exon
chr2:64772155-64772291
Coord A exon
chr2:64758908-64772154
Coord C2 exon
chr2:64758718-64758907
Length
13247 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGA
5' ss Score
10.06
3' ss Seq
TTTATTCTTTTTCTTTCCAGGTG
3' ss Score
12.6
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGTGACATCTGTTGTATTACCTTTCGTACTCATCGGGGCTTACTGCGTCATAATGCAGTTATCCATAAGCAGCTTCCCAGAGATCCCACTGGAAAGCCTTTCATTCAGAACAACCCTTCAATTCCAGCAGGCTTCCACGACTTGGGATTCACAGACTTCTCCTGTAGGAAGTTCCCCCGCATTTCTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000012799:ENSGALT00000037239:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.196 A=NA C2=0.193
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]