RnoINT0129334 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000015701 | Rreb1
Description
ras responsive element binding protein 1 [Source:RGD Symbol;Acc:1310904]
Coordinates
chr17:27560192-27571615:-
Coord C1 exon
chr17:27571479-27571615
Coord A exon
chr17:27560382-27571478
Coord C2 exon
chr17:27560192-27560381
Length
11097 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAGGA
5' ss Score
8.24
3' ss Seq
GGTTAACTCTCTTCTCCTAGATG
3' ss Score
6.82
Exon sequences
Seq C1 exon
ACGGTTGAAGACGGGCAGTCCAGTGGCTTGGACAAGATGGCCGATGAAACCTTTCACTGCCCGGTGTGTTTCAAGGAGTTTGTTTGCAAGTATGGACTGGAGACCCACATGGAGACTCATTCAGATAACCCATTGAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
ATGTGACATTTGCTGTGTCACCTTCCGCACACATCGAGGACTACTGCGTCACAATGCGCTTGTCCACAAGCAGCTTCCCAGAGATGCCATGGGAAGGCCTTTTATCCAGAACAATCCTTCCATTCCTGCTGGCTTCCATGACCTAGGGTTCACCGACTTCTCCTGTAGGAAGTTCCCTCGGATCTCTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000015701:ENSRNOT00000060218:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.196 A=NA C2=0.094
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]