HsaINT0143337 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000124782 | RREB1
Description
ras responsive element binding protein 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:10449]
Coordinates
chr6:7211806-7226889:+
Coord C1 exon
chr6:7211806-7211942
Coord A exon
chr6:7211943-7226699
Coord C2 exon
chr6:7226700-7226889
Length
14757 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAGGA
5' ss Score
9.45
3' ss Seq
TTCTCCCTTTCCTCTCCTAGATG
3' ss Score
11.31
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGGTAGAAGACGGGCAGTCAGGTGACTTGGAGAAGAAAGCTGATGAAGTCTTTCACTGCCCAGTATGTTTCAAGGAGTTTGTTTGCAAGTATGGACTGGAGACCCACATGGAGACCCATTCAGATAACCCACTAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
ATGTGACATTTGTTGTGTCACCTTTCGAACACATCGAGGACTGCTGCGTCACAACGCGCTTGTCCACAAACAACTTCCCAGGGATGCAATGGGCAGACCTTTCATACAGAACAACCCTTCAATTCCTGCTGGCTTCCACGACTTAGGATTCACGGACTTCTCCTGTAGGAAGTTTCCTCGCATTTCTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000124782-RREB1:NM_001168344:8
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.196 A=NA C2=0.109
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)