GgaINT0101691 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000010973 | TRA2A
Description
NA
Coordinates
chr2:31223183-31229951:-
Coord C1 exon
chr2:31229950-31229951
Coord A exon
chr2:31223314-31229949
Coord C2 exon
chr2:31223183-31223313
Length
6636 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GATGTGCAG
5' ss Score
-8.14
3' ss Seq
ACTGTTCTTTTTGTTAGGAGTCT
3' ss Score
-11.01
Exon sequences
Seq C1 exon
AT
Seq A exon
GTGCAGGCACATGGCATGGGGGTTGTGTGGCCTAAGTCTTCAGCAGGAGAAGGAAACAGAAGAAATGGGGTGGGGTCAGGGGGTGGGGGAGTGTTTGTTTGTGAAGAGCCCGCTTTCCTCAAACTTATCACAAAAGAGATGTGAGTACCTTTTGAGTTCCCCCCACCTCCCTCAGTACTGGGTCTCAGTACCCACCAGGGTGGTGTTTAGGGAGGCCTGGTTCTTGCAAGTAGAGATTGTCTGATACTGAGGTGAAGGTACCGATTGAATGAGTAGTAAGCAAAAGATTCTTTCAAACAAATCCTAGTGTAAGATTAGCTAGAAAGTCTTTCCTGTTTTGCTTTGTACTTGTGAATAAGTTTCACATGTGGTTATTGATAGTTGACTTAATTTTCTACTTTTTCTTAATTTGTAAATTTTAGAATCATGCCAGCATTTAATATGTAGAGGAGATTTAGGATGATCTTGGAAGCAACTTTCCAGCAAGGCTGCATAGTTTGTGCTGTCTAGGAACCTGCCTTTCTGAAGCATTGGATAAAATCACTGTAGACATTGGTAGGGATTTTTTAATTATTATTAATCTTGAGCTCACTCATTTCTTTAGTGACCACTATTTTCCAAAGCAAATGTTAGTCAGAGATGCTTAGGCTGATTAACATCTGCTCTGTTTTTGCATCATTTTGCTTCAACTTCAGCAGGTTTAGTATTAAGCATGTGGCTGGTTGAACAGCAGAGCTCTCTTCCACTTCCTCCCCAAAAAACACAGAAGCATAGCGATTTAACAGAAATTGCTAGAATAGTTGGAAACGTAATGGATGTACTAGAATTAAGTTTATGGTCTTCGAGGAGGGCAATGATTTTAAGTTATGTTTATATGCAGTGACTTGAATTTTGGAATGGTTAAAGGATGTTATCAGTGTTAAGTGTTCATTCGTTGGGAGCAGGTTAGGCAGATGAGGCTTTTCATCCTATTGTTAGCAGGCAACTTGAAACAAGGGTTTAATAACACGTTCATCCAGTGCATATTCTGTGATGTAACTTCATTGAAAGCTTTCTCTGAGCAGTGAAGGACTGGCAGTCTGAACAGAGCTGGGCAGAAGCTCCCCTTGCAATATCACAGTGAAGGCAGAACTCCAGGTTGATGGCCCTTGATTCTCATGAGATGCCTCTTCCTCTCTATGAAATCACAATGATCTTCTAAAAAAGCAGTAGTATATACTTCAAGCGCTAAAGGAAGTATATATGTCGTTCCTATGTACGCAAGTGGCTTTTAGACCAGCTAATCAGTAAATGTCTTGTATTTTTTGTATACGAGCTTCATGAAGAAAATACTAAAGTTTATGCATGTTCTGATGTGAATTACCTAAACCTGATCAAGCTTGCAGTCACTTCTTTGATTCAGAATAATGTAGTGGCAGTCTGCTGCCTCAGCAGCAAGGAGGGCACACTGCTCACCGTGGGTTTTGAGGTACAGGCGTGGCTGTGCTCATGCTGTGTAGTTCGGCATTAGCTTGGAGAAAGCTGTGATGGTGTTTCTATTGACAGGCATGGAAAGGAGACTTCTTAGAAAAGTTGATTACTTTTTTGTTTAATGGAGCTTAAAGTTTAGGTTGGTACTTGGGCAAAAGACTGCCTACAGAGCCCTTCCCTGAGCAGGCGTATATTCAGCCCTCAGTGAGAAGGTGCAGAATTATAAACTGATAATCTGCAAAAAATTAATTGCTGAAGTTTTTTGTCTTAATTGGAGTAGTGTCATAGATGAATGCGTAGCGCTTGCTGATGTTGGTGACTTTTTAAAGGTGTCTACAGGGCAGCACACGTTAATTTTGCTTCATAGAAAAGTTTATTGCCTACACATACGCATTAAAACCTTTATAGAAGATAGCTAATGAAGGGATTAGTTTGAGTATAGAGCATCAGGTCATAGCATTAAACAAACATTATTTAACTTCTCCTGTGAGCTTCAAGTTGGTAGGCTCCTGTCAAAGCAGTAGCTAAAAAGTAATTGTCTCATCTCATAAAGCTTTGCTACCGAATTGATGGATTCATCCAGTGAATGTAGGGTGATACTAAATTTGTTTCTTTTCTGACTACTTGTGCTTTTCTGTCCCCTTGTAAAGTTGGAATTCATTTATTTTTGGCACTTGGGCAGCAGTTTTTTTAGCAAGGTTTTTGTGAAGCCTGAGCTTTTGTTTTGCTAGCTCAGTGGTGTTGCTGGGCTAATTGTGTCCTGTCCGCTTCCATCCCTCACGTGCGGTTGGTACTTCCTAAGGTTGAATGAAGTACAGCTGAAATCTCTGTGACTTCATGATTTTTTTTCTTCCTATTTTACTTCCCATATTTTGTTAACAGAAAGCCTAGCATAAGCCTCATCAGCTCTTTTTATTTAGTTTCACTTTAAATTTTGTTAGCCTTGTGATAAAGCTGTTCTGTCTTACTCTGAAGTGAGGTGAGATAAGATGTGAGGCAGTGAGGGTGGAAGAGTGGCTTAAAAGAACTATTTTTGTCATCTTGCTGTCTTTGTCATACCCTCTGATGGTAGCTGGAAACCTAAAAATACTTCTTGAAGACTTTTGCAGTTCTACTCATTGTAGAACTGTTTTGAATACTTTTTTTTTAAGGAATAACCCTATTTGAAAGCAGCATTTCTGTTGAAGGATGTGAGGAAGACAAATGGCAGATACATGTACCTGGGATCTGTTGATACAGTTGTACCAGTATGGATGAAGTGCTTTGACATCTTGCTCGGCTGGCTGCTGGGAAGTTGTCGATGAGTTAATCAGTGCCTAGGAATATGTGATTGTTAGGTAATGATAGGAAAGGACTTATCCTGTCCATACCACTTGGTTTCACATTGGTCTTTCTGGAATAAAGAGGGTGTGAAGAATGGAAAATACTCTTTGGCTTTGGAGTAGTCATCCAGAGAATCAGTAGCTGAAGCTGCAGTCTTCAGATTACATTCACCTACAGCAATGTATTTGGCTCCTAGTTCCACTTCTTGATGAATCATTAATCCCATTTCCCACTGTATACTGAGGGAATTGCAATGTGGCGTTCTGAGGAAGCACAATTATTTTTTTTCCTGTTTTGCCATGGGGAAAAGTGTTGGTTGCGCATGTGTTCCTTCTGAAAGGGAAACTTGATCTGAAGAATATTAGGCAGTTAGCTGACTGTCTCTTTCCTACAGGCTATAGTGACAGCAAATCTACATACTTGGAAATGGTGACAGCAAATGTCTGCCTTGTAAGTTTGTGAGGGTGAGAGCAGTGAGTGGGCAGTTGCACAACAAAGCAGAAGATACCTACTGTCATCTGTGAGATCGTTGTGGGGTGAGAAGCTACACTGAAAAAAAAATGCAGTCTGATCTATGCCCCTCAGGTGGCCGAGGATCTTCAGAGCAGAAAGAGTAGTAAATATTGATGCAGAGAGAAAGTGTACCTTATTCTCCTGTAAGTAGTAGTTAAATGCATTTCTGGGTAAATATGGAGTAAAGATTGGAGTATGTGAATTGCTTGAAGAATGGTAAGGGATTTGAATGCTTTGGATAATAGAGGGGTCTATTTGCTGTTGTTAAGATGACATAATAAGAAAAAGTGTTAAACATGGCATTCTTTTTGATACTGCAGGATGGATATAAATTGTTAATGCAGAACTGTTGGATCTGTCTGACACAGACTAAGAAATACCTTGATTATTTCCTTGTGGGGAAACAAAGGAGGAAAGTTCTTTAAATTCTCACTTTGTGACACCTTGAAGCTCTGAATCTCTTAATCCCTACCTGTAGTCTTGCTAATATAAATCTTATTAGGTGCTTTTTCAGTGTCTTCCTTAAGTCCTTAAACTCTTGCAGCTTATTATGATTCTCTTAGTCTCTCCTGTTGAAGAGCACTGTAGGAGATATAACTAGGTGATCAGTGTTGCATCAGAAGATGAGATGTAATTGCCTGCCAATGCCAGACACAGTGTGCAACTGCTAACAGGTAATCTCTCTTTAGCTGCAGTTTACACCTACAGTAAAGTTGAGGAAGTTTGAAATGTATGTGGACTTCTGCTGTCACCTCCGTTGCTCCACTTCTAAAGTTATATGTTTTCAAATACAGCCTCTAAAGGGCTTAAGCAACGAGTTCTGAATGAATGTGACCTACGTGGAATAATGTAATATTTGCTTTCGGCAACTTCATACGGACTCACTGTCATAATACAACCGATACTGTTAGAAAAAGCTGCGGGTGATGTCAGAAGATGCTGCAGGTGAATAGATAAGGATGCTAACTTCTTTTCATGTATGGGAGTTACCAGGTCCTTATGAGTTTTGGTACCTCCCAACAGATCTGTGACATTAGATTCTTTTTTTTTCTTTTTTTGCTGCTGCCATTCTTTTTGTTGTTTCTAGCATTCTTACTGTTCAGGAAGTGATCTTCCAAATGTAAAAAGAGTGGTCAATATAATATCCTCATTTCTTTGCCTTTTTATTGAAAGTTCTAACTTAAATCTTGACAGTGATGCATTAAATGCTTTTCTGTTTTGCTGATCGCTTTTACTGGGGGGGAGAAGGGGGACTGGTGGAAGTAACTCCCAGAGGAAATGAGAGCTGCTGCTGGGGATTAAGTGTAAAGGGAAGAATTGAGGAGAGCTACTTATAAAGCGTGTTAGTGCCCCTAAAAGGATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTATATATATATTTTTGTGAACAGTCAATTCTAGATGTAAAAATATAAACATCAAAATTCAGTAATATCTACGTGTGCACCCTTCCTCCTATTTCTGTGACAGCCTTGTAGCTAGATCAGCAGTTAGCTGGCTTAATAAGGGTACCCTCTAACACTGCGGTTCACGTGTCACAGCCAGGCCTTGAATGTAGCCTTTGCTGGTAAGTTTAACGTGCCTATCATCCCCATAGGTGACGTTCTCCATATATCCTTTGTCCTTTTCGGTGAGGTGAAGGGCAACAGGTAGCGTAGCTGTAATGCTTGTTAATAAGGGA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Seq C2 exon
TCTCGCTCCCAGTCAAAATCTCCAGCTGGGAGTCCTGCTCGTGTAAAATCGGAGAGCAGGTCAGGATCTCGCAGTCCATCGAGAGCTTCCAAACATTCTGAATCACACTCTAGGTCAAGATCAAAATCGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000010973:ENSGALT00000017877:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]