HsaINT0171641 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000164548 | TRA2A
Description
transformer 2 alpha homolog (Drosophila) [Source:HGNC Symbol;Acc:16645]
Coordinates
chr7:23561326-23571656:-
Coord C1 exon
chr7:23571408-23571656
Coord A exon
chr7:23561460-23571407
Coord C2 exon
chr7:23561326-23561459
Length
9948 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGAGTGAGT
5' ss Score
7.36
3' ss Seq
AATACTGTCTTCTTTGTTAGGAG
3' ss Score
6.9
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCCCCTTTACGTCGTGCTCTGAGGAGGCCAGGAGATTTCTGGCGGCGCCGGCGCCATTTTGCTGGAGCCTGCGACCGAGTGGGAGTGGAGTGGAGCGGCTGTGGTTGCCGACTCTTTCCTCTTCCCCACGGTCCAGTCAGCGGGTTAATTAGGCCATCGGCCCTCGAGCCGAGACTTGTCTCTTATTTAGTTCTGGGGAGCGCCTCGTCGACATGAGTGATGTGGAGGAAAACAACTTCGAGGGCAGA
Seq A exon
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Seq C2 exon
GAGTCTCGCTCTCAGTCAAAATCTCCAACGGGAACTCCTGCTCGTGTAAAATCGGAGAGCAGGTCAGGATCTCGTAGTCCATCAAGGGTTTCCAAACACTCTGAATCCCATTCTCGATCAAGATCAAAATCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000164548-TRA2A:NM_013293:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.333 A=NA C2=0.643
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)