MmuINT0164438 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000029817 | Tra2a
Description
transformer 2 alpha homolog (Drosophila) [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1933972]
Coordinates
chr6:49202381-49214051:-
Coord C1 exon
chr6:49213837-49214051
Coord A exon
chr6:49202515-49213836
Coord C2 exon
chr6:49202381-49202514
Length
11322 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGAGTGAGT
5' ss Score
7.36
3' ss Seq
AATACTGTCTTCTTTGTTAGGAG
3' ss Score
6.9
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTTTCTGGCGGCACGGGCGCCATTTTGCCTGAACGTGCGAGCTGGTGGGAGTGGAACGCACTGGCCGTTGTAGCCGTCGCCTTCTTCCTCCCCACAGTCCGAACAGCGCGGTGACTAGGCCGTCGGCCCTCGAGCCGAGACATATCTCTTATTTAGTTCTCGGGAGCGCCTGGCCGACATGAGTGATGTAGAGGAGAACAACTTCGAGGGCAGA
Seq A exon
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Seq C2 exon
GAGTCTCGCTCTCAGTCAAAATCTCCAACGGGAACTCCTGCTCGTGTAAAATCAGAGAGCAGGTCAGGATCTCGTAGTCCATCACGGGTGTCCAAACATTCTGAATCCCATTCTCGATCAAGATCAAAGTCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000029817-Tra2a:NM_198102:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.700 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF104084=Ufd2P_core=PU(20.0=83.3)
A:
NA
C2:
PF086487=DUF1777=FE(33.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: