BtaINT0152094 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000012622 | TRA2A
Description
Bos taurus transformer 2 alpha homolog (Drosophila) (TRA2A), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001046380]
Coordinates
chr4:32259420-32269539:-
Coord C1 exon
chr4:32269346-32269539
Coord A exon
chr4:32259554-32269345
Coord C2 exon
chr4:32259420-32259553
Length
9792 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGAGTGAGT
5' ss Score
7.36
3' ss Seq
AATACTGTCTTCTTTGTTAGGAG
3' ss Score
6.9
Exon sequences
Seq C1 exon
CATTTTGCTGGAGCCTGCGACCGAGTGGGAGTGGAGTGGAGCGGCCGTTGTTGCCGACTCTTTTCTCCTCCCCACGGTCCAGTCAGCGGGTTGATTAGGCCATCGGCCCTCAAGCCGAGACTTGTCTCTTATTTAGTTCTGGGGAGCGCCTGGCCGACATGAGTGATGTAGAGGAGAACAACTTCGAGGGCAGA
Seq A exon
GTGAGTACAAAGCCGCGGGAGCCGTCTTTGGCGGCGGCCCCGATGCTCGGGGTTTCACGGGGACAAGCGCGGTCGGGCGGGGTTGCGGGGAGTCCTGCGGGGGCCCGCTGGGAGCAGCCTCTGGAGCCATCGAGGTCGCTTCTTCACATCCCAAGATGGCTTCTGGGTTACACTCTTGCCCCAAATACCACGGATCACCCCCCTTCCCCCTTTTTTTGGAGACTGACTGATAGCCGGACTCCTGGGTCCGGTTCCCACCCCCCCCCGCGGGGCACCTTGCCTTCTCCCCACCCCGAGGCTTCCTTATCGCTGTTCCAAGGTGTGGGTCCCCGTCGCGGTGGGGCGGGAGGAGACGGCAGGGAGTTCCCCTCCGGCCGGATAGTGGTAGGTGCTTCCTGCGGTGGCGTTTCTGGCGACCCCGAGCATCGTAGAGGGTCTCGGGGTCGAAAGTGCGCGGGGCTGCTGTCCGGGCGGGGAGAAGCTGGCGCGGGACTAGCTGGGGCCTGTGTCTCCTTGGCTCTCTATTGCAGTGAGCGGCCGCGTCTCTGTCGGAACCGGCGGCGTTGCGTCTATAAAGGCGAAAGCCTTGAGGTTGAAGGTGGGACGAGCCTAATGAAGTGGTTAGTCAACGACCGCACCGACCCTTAAGCGTTCTTAAGACGAGAGCTGTGAGGGGAAAACTACGCAAGGAGCCCTTCTCCTTTAATGTCCCTTCTGCTTTCTTTTCACTTCAAAATGAATGTGGAAATGCTATAACGCCTTATTTTTCTAATTCCTTAATGTTGGGCTTTTTTTTTTTCTTTCTTTCTTCTCTATATCTCAACTTCCAATGCTTTTCCTCCTATGACCTTTAAACACCACTCCTTTACAGGTTTTTACGGTAAAAAACAAAAAGGACTCTTCTGTCTTAATCTTACATAACTGAACAAATTTCATTGCTCAGTATTTTTACAATAGTTTGTGCTATTCTCTTAATTCAAAAAGGTTACCTGAAAATTCCAGCCCCTCTCTCTCCCATTTCTCTTCTCGACCCATCCTCCAGCAAAGAGGCTCGAAGTTTTTCATTATTTTGGGTGTGATGAATATAAACATCACAAAGATACCTTATCCTCAGCTTAAAGATACTAGGAAGTTTAGCAGTGATTGGGTTATATTTCGGAAGTTACTCTCGTAGTGAAAATTGATGGAACTGAGTTAGTGTAAAACCGTGTGAAGAAAACAATCCCCAGACAGCATTTTCTGGCTCCTGTGTTGGCATTCTGGTCACTAGGGGAAACGCATCAAAATCACTAGGTGCAGAATAAGTTTTGTCTTTTTTTAGACGCTCATAAGCATCTGGAAACAGATAAACCAGAAGGTCGAATTAGACTTTTGTTCTTTTTGAGGTTAAGACAAAAAAGCTATCTTGAATGCCTTTAAGATTGGTTTTCTCTATTAAAATCTGAAGTCTGTAGATATCAATGAAATTACCTGCTCATTTTGTAGGATGAGGTATTGATGGTCCCAACAAAACTTTTTAAAAAATCATGTAATACTTGGTAATAAGTAGTCGTAAGCTGCTGCTTGTTTTGAAAATGTTAGCTAATAATGGGAAGAAATTTTACTGTCAGTTAAGTACAATTTTGGGGAGTTAATGTTTGTTTTGGTTTGTGGGAAATTGAAGAGAACTACTTTGGGAACCTTATTTTCCTTTGAGGTCTTACCTTTTTTTTGGGGGGGAGGGGTCATCAAATTGAGAAATTTGGCAAATTCTAGGTAATTGTTACCTTACCCAGCTAAGAAAGTAATATATGTAAGATTCCTACCCAATTTTAAGCTAAAACGCATGTAGGCATTAACTATATATTTTAATAGGAAAAGGCATTTTTACCTTTTCCTCTTTTACAGTGTTCGTGGTCATAGGAAATATTTTCACATCTGATACCCAAGTGAATGAACTCAGTATGTTCACCAGTTACCTTTTGTTTTTTGGGTTTTTTTGGTAGGTTGAAGTAATTGTCTTTGTTCATAATTGGAAGAAGAATTAGAAGAGTGGGAGACAGTTTTCTGATGATATACTTTTTTTTGTTGTTCTCTTAAAGCAGTTTCATATTCAGCAGTGCTTTTAGTTTTTAAACTATAGTGCCCTTGGTTTTATAAAATAAAATTGTTGTGTTATCTTTGTACATAAATGTCATAACGTTTTAGAGAGTCTCAGAAAAGGATTTTTAAATGGTGTTTCTGAAATGTTTTAAGTAGTTGTTATACTTCAAACATTTTTATTAAAACAAAACATCAATAGGTCAGTGTTCAGATTTCATTTCCTTTATGTAAGGAATAAACAACATATGTTAACCATATCTTATTGAAAAGATATTTAAAATGACTCTATGGAAACCTTGAAACATATTAAAGAAACAGGATTGAAACTAATAGTTCCTACTTTTGTAGCATTTTACAATCTCCCCCCTCACCATCTTTGATATATTTTCTAATTTACAATGGCTGGAGAACTCTTAACATTTTAGAAATTAAAAACTGATGCCCAAAAAGACAATACAGCCAGGAATCTTGAGATTTGCAAGTCCCGATCCATTGCTTATTGCCTGCAAAAAATATGCTATGTATATATTTTGATTATTTTTCTTAAAAGAGCACACTCCATGTCAGTGTCTCAGAGCTGTTAATGGAGTTTGCTAAAAACAATTACAAGAACTTAATTTTCCATTATAGATAATTACCTCTTGAGTTTCCTAAAACATAAAAGAGCTTTATAAAGGAAAATATAATTTGCTGAATTTTTGTTAAAAGTCACCCTAGCAGTTAATCAGTCATATTCCCTTCGAAAGTATTAAGCATCTCTTACCTTTTTTGTAAAGACCAGATGTTCTCAAAGGAGAGAATTTGGAGTCTGATTTGTGATAACTGATAGTTCAAATCTGGGTAAAAGTCAGAATATAGTCAAGTACTGTGTGATAGAATTAATAAGAAATTCAGAAAATGAAGTTGAATGATTTTGTGAGCCCAGAGGAAAGGAAAAGTTTTATTTAGTATGTAAAACTTAACGTTGCATATTATGATAAGGGAAATACGAATATTGATTGTAAGAATGAGACAATGGGGAGGTTGCTAGACTACATAGGCTTGACTGTGTAGTCAGATAGTGGAGGAGTGTGATTTCTAGATTTAGGAATTTGGACTTAATCCAATATGTGGTAAGGAGCCATCGATAGATTCTTATGAGAGTAGCATAATGAAAGGAATTTATTTCTTTAGAACAGAAAATAGCAGAGGAAGAGCAGCAGGGTACACTTAAAATATTTAAGGAAGGAGCTTATGAAAAGTCTTATCTAAACTGGAGAGCAGTGGGATGTAAAGAATGAGCAAGAGAATTTCAGGGGATCCAGAAGAATAGCGATACTTACTAAAATAAGTCCATTTAAGCAGTTTTCTTGGCATGTGCATCAAGTTAACAGAATTTTAAGTGGAACTATCTTTATTTGGAGTTAGGAGTGAGATTGGCACTTGAGCTGACTTTCTTTGCATGTCATCTTCATAAAAATAATGAATAGTTTGCTGTGTACAACTTCAACTAAAATTAGGATTTCAATCTCAAAAAATTTTAGTATCCTTGATAGAAATTAAGGGGAATGGAAATTAATATTTTCTTGTTATTTTACTTATTCCCCTCTTTAAATTTAAAATTAAAAAAAAATTTTTAAATGAAACTTAGAAAAACATTGAGTCCAATTTTTTTTTTTAAAACAATGGCCCTGAGTTTTTAATCTAGGTTAAGGATCCTTTATCATTTAGGAGTCTATCTTGTAATTCCATGATTGTGTATACTTAGTAGAATTGCTGAAGAGGAAGGGTACTACTTATTCTGGCATCCTGTTTTGAGAGCTTGTTCTGGCTTTTTGAGTAGCTGGGATATTTTAAGAGACCCTAGTATTCCCATTCTTAATATATGAGATGATTAACTGGATAATAAAAGTGAAGAGCAAAATGCAAATTCATCTATCAAGTTGGAATTTAAATTTGTGTGTTAAGATATTTTGTTAAAGAATATCAAAAATAGGGGAAGGTTTTTTGTTTTTGTTTTTTCTTAATTGAAACCTGTTTTGTAATAATAAGGGTGATGACTATGCCATTAAAAACCCAGCTTGGCCACTAGTTTTTTTTTTTTTTAAAAACCCCTCTTGTCTTTTTTTTTTTAATGAATACAAATAAAATTGAAATCCTATTTTATAGATAAGGATGTTAGCAGTTTAGGTTTAAATAAAAAAAAAAGTTAGTCCAGCTTCTTCAGCAGTTTAGTTTTACATATCTCATCATATCAACCTGTTGCAGAAGAGTAAGGCTTCCATTCTTTTAGTAGGAGTATTATTGAACTTAGGGAATAGTCTGTGTCTCTTGAGTTTAATTTTTTTTCTGAAATAATATGTGTCCAATTTTAATACTTTTTTGTTCTCCCCATCTATTTATTTAAGCAGAGAATTTGTAAAACTTCAGAAAATGTTCAAATTTTTATATTTGAGATTCTTTCCCTGAAGGGTGCTCATTTGCTCAATCTAAGCTAGAAGGTGGGATTTTTAAAGGGAACAGTACAACCAGTTGTACCCAGGATGCCTAACTGTACTTCTACAGATTTGCCATAGTTACTACTTATAATTTGTAGCATTCCTAAAATGAGTATAAAGAGTCTTGGGATCTGAAAGACTATCAAGGGTAACATTTAGAGATAAGAGTCATTTTTTTTAAATACAGATAAACTTTGTTTATGGACTTAATTTTGTAAATGAAGTTACGTCCTTATGGTATAGTGTGTAGTATACAAGTGTAAAAATGGCCTTGAGTAATCAGCATAAGTTTTTTAGAGCTTGTAAATACTGTGAAAATCTGTTGATAACATCAGTGGGTGCTCAGTCATCATGTAACTAACCCTGAGACCCCCTCTCCTAAGCTGAGTGAGTTAATAGTTACTATTCACACATCGTAAACAGTTTAGTAGGATAGACGTG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Seq C2 exon
GAGTCTCGCTCTCAGTCAAAATCTCCAACGGGAACTCCTGCTCGTGTAAAATCGGAGAGCAGGTCAGGATCTCGTAGTCCATCAAGGGTTTCCAAACACTCTGAATCCCATTCTCGATCAAGATCAAAATCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000012622:ENSBTAT00000016756:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.667 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF104084=Ufd2P_core=PU(20.0=83.3)
A:
NA
C2:
PF086487=DUF1777=FE(33.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]