RnoINT0155145 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000009156 | Tra2a
Description
transformer 2 alpha homolog [Source:RGD Symbol;Acc:1562563]
Coordinates
chr4:78913333-78924181:-
Coord C1 exon
chr4:78923982-78924181
Coord A exon
chr4:78913467-78923981
Coord C2 exon
chr4:78913333-78913466
Length
10515 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGAGTGAGT
5' ss Score
7.36
3' ss Seq
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3' ss Score
6.9
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000009156:ENSRNOT00000012325:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.600 A=NA C2=0.844
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF104084=Ufd2P_core=PU(20.0=83.3)
A:
NA
C2:
PF0345912=TOBE=PD(31.7=50.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]