HsaINT0171641 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000164548 | TRA2A
Description
transformer 2 alpha homolog [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:16645]
Coordinates
chr7:23521707-23532041:-
Coord C1 exon
chr7:23531789-23532041
Coord A exon
chr7:23521841-23531788
Coord C2 exon
chr7:23521707-23521840
Length
9948 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGAGTGAGT
5' ss Score
7.36
3' ss Seq
AATACTGTCTTCTTTGTTAGGAG
3' ss Score
6.9
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000164548:ENST00000297071:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.600 A=NA C2=0.783
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
No suggested primer sequences
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