GgaINT1028403 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000010973 | TRA2A
Description
transformer-2 protein homolog alpha [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001006360]
Coordinates
chr2:31428358-31437334:-
Coord C1 exon
chr2:31437114-31437334
Coord A exon
chr2:31428492-31437113
Coord C2 exon
chr2:31428358-31428491
Length
8622 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTGAGT
5' ss Score
9.25
3' ss Seq
AATACTGTTCTTTTTGTTAGGAG
3' ss Score
6.11
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAGCGGAGGCGCCATTTTGCGCTGCTGCGGGAGACGGGTTGGGAGGCTTTGGCGGGAGGGAGGCGGCGGTGGCGGTAGGGATAGCATTAACCGCGGTAACCATAGCGGTAGCGGCGGTGGGTGCGGTCGCTGCTCGGGACTAGCGTCCCCGTTCGCCCGGCCCCGCGGTCAGGACTTTGCCGACATGAGCGACGTGGAGGAGAACAACTTCGAGGGGAGG
Seq A exon
GTGAGTGGCCGTCCCTGCCGGGGCCGTGCTGAGGGCCGGCCGGGGGCGTCCGGTGCAGCTCGGGCGGAGGCGGCGGCGCGGTTGTGTCTAAAATGGCTCCTTGGGGAGCCCGGGTCCTGACGGGGCCTGGGCGCCTCGCGTCCCCCCTCGCCCTGTCGTCCTCGTTTCTTTCTTTTATTTTTCTTATGACGACCTGGCGCGGATCAGCGGGCTGAGGCTCTGCCCGGCACAGACTGAGCCCCGCCGCCTCGACCCTCGCCCTCTTCCTTCTCCCTTCACGGCTCCGTCCCATCCCCCTGGCCCGGGCTGCGGGCGCTGCCGCCCCGCTCCTCCCTCCGTCCCCGGCCCGGGCTCGCCGAGCCCCGTGCTCTCTCCCCGCTTCTCCCTTATTTCCGTCCCTGCCCGTCGTCCCGAGCCGTCCGCCCCCCGATCGCCCCGCGTGCGGCCCTCGCCGTGCCCGCCCGGTCCCTTTGTGAGCGGCGCCGCTCGCGGCCCGCGGCAGCACCGTCCGACCGCGCAGGGGAGCCCCGGGAGGCGCGGCCTGCCTCGGGAGCCGCGCGGGCGCCCCGGCCGCGTAGCCGAGGGCTTTATCTCAGCGCGCCGCTGCGGTTTTGTAACTGTGTTAGGCCCATGTCTTCTCTTCCCCTCCCACCCTCCTATTGCTGCGGTTTCTCTGTACGCCTATAGCCGGGCCCTTCCATTTTCTGTTTCGTTTTTTTTTTCTTAGTGACGATCAGGATAAGCAGCGGTTAGAAGCTGCTTGAAGCAGAAATTAAATGTGTGTTATCCTCGCTCCATCACTACTTACTTTTTTTAATTTTGCAGATTTTTTTGTTCGCTCCCTAAGAAATGCTTTAGAAGAACACCTGAGCATCCTTTTGGTGACTTTTTCTGATGAACCAGTGGTAGCAGCCTTTCGCTTCTATCAGGTTGTTGCCTGAAGAAACGAACGTTCTGAAAGAGCAGAGTCTTATTCCCATAATGATCTTTACAGAAATATGCTTATCCTTTTGCGATGTTAGTTTAAAAAACCAAAAACAACCAAAAAAAAAAACCCAGTCCCCAGGCTCGGTGTGTTTTACCTGGCTGTGCAGTGACTGCTGCTGGTTCCTCAGGTGAGGTAAACAAAATCTGTTCTTGTGTTAATTGCTGCACAGAGGTGGCCACATACCTGTGCTCTTTCCAGTTAAATAAGCTAATCCCAGGGGGAAGCCAGCCAGGTCAGAGAAAGCTGAGCAGCATATGTTCTTTGTTGATCATTTTTTAAGGTTTCTTACTGCAGTCTCCTGGTCTGCAGCAAGATTTATATGTTTTTTTTTTTTTAATAATTCCTTCTTGGTATTTCGGCAGCTCTTGTTTTTTGATCGAAATATTTATATTAGGCTCCTTAATGGGTCTCTTGTTAGTGCTGAAGAAACAAATAGAGCTGAGGATTTCTGCATACGATCTGCCAAATGTAGCAGTAAAACAGCATTTTGACAGTACGTGAAGTATGAGGAGTCCCACATAGCAGTTTTTCTGTTACTTCTCAGTTGGCTTATGATTTTTTTTTTTTTTTGAGGTGGAAAATCTACCTGTTGGAAAGAACTGCTGACCCTATTGAGTTTTCCTCTGGAAAACTTGCATTCTTTTCACTCCCCCATAGTGGAATTTATGAAACACCAGCATGTGAGTGTCTCATTTTTTCGAATGTAGCTGAACATAATGGCAGATAATTGATCCCCTCACAGCATTTTTTTTTGTTCTAATTGAGAATGTTCCTAAGCAGTTCTTTCACTTTATTTCAGTAATACATTTTCGATAATGCTATTAACATACTTAGAAAACCTTGTGGCCTAATGTTTATTTTTTTATTTACACTGAAAATCATTACAGGTGTAAAATTAAACATGTAAATTTGTGGGAAGAGGGGTTTGATGTTCAGTTTGATGTTCCTGGTCAGACCAGAGCTCTTAAGCACTTGGAGGTCCTAGTGCTTTAGTGTGAGATGTGCAGGCACATGGCATGGGGGTTGTGTGGCCTAAGTCTTCAGCAGGAGAAGGAAACAGAAGAAATGGGGTGGGGTCAGGGGGTGGGGGAGTGTTTGTTTGTGAAGAGCCCGCTTTCCTCAAACTTATCACAAAAGAGATGTGAGTACCTTTTGAGTTCCCCCCACCTCCCTCAGTACTGGGTCTCAGTACCCACCAGGGTGGTGTTTAGGGAGGCCTGGTTCTTGCAAGTAGAGATTGTCTGATACTGAGGTGAAGGTACCGATTGAATGAGTAGTAAGCAAAAGATTCTTTCAAACAAATCCTAGTGTAAGATTAGCTAGAAAGTCTTTCCTGTTTTGCTTTGTACTTGTGAATAAGTTTCACATGTGGTTATTGATAGTTGACTTAATTTTCTACTTTTTCTTAATTTGTAAATTTTAGAATCATGCCAGCATTTAATATGTAGAGGAGATTTAGGATGATCTTGGAAGCAACTTTCCAGCAAGGCTGCATAGTTTGTGCTGTCTAGGAACCTGCCTTTCTGAAGCATTGGATAAAATCACTGTAGACATTGGTAGGGATTTTTTAATTATTATTAATCTTGAGCTCACTCATTTCTTTAGTGACCACTATTTTCCAAAGCAAATGTTAGTCAGAGATGCTTAGGCTGATTAACATCTGCTCTGTTTTTGCATCATTTTGCTTCAACTTCAGCAGGTTTAGTATTAAGCATGTGGCTGGTTGAACAGCAGAGCTCTCTTCCACTTCCTCCCCAAAAAACACAGAAGCATAGCGATTTAACAGAAATTGCTAGAATAGTTGGAAACGTAATGGATGTACTAGAATTAAGTTTATGGTCTTCGAGGAGGGCAATGATTTTAAGTTATGTTTATATGCAGTGACTTGAATTTTGGAATGGTTAAAGGATGTTATCAGTGTTAAGTGTTCATTCGTTGGGAGCAGGTTAGGCAGATGAGGCTTTTCATCCTATTGTTAGCAGGCAACTTGAAACAAGGGTTTAATAACACGTTCATCCAGTGCATATTCTGTGATGTAACTTCATTGAAAGCTTTCTCTGAGCAGTGAAGGACTGGCAGTCTGAACAGAGCTGGGCAGAAGCTCCCCTTGCAATATCACAGTGAAGGCAGAACTCCAGGTTGATGGCCCTTGATTCTCATGAGATGCCTCTTCCTCTCTATGAAATCACAATGATCTTCTAAAAAAGCAGTAGTATATACTTCAAGCGCTAAAGGAAGTATATATGTCGTTCCTATGTACGCAAGTGGCTTTTAGACCAGCTAATCAGTAAATGTCTTGTATTTTTTGTATACGAGCTTCATGAAGAAAATACTAAAGTTTATGCATGTTCTGATGTGAATTACCTAAACCTGATCAAGCTTGCAGTCACTTCTTTGATTCAGAATAATGTAGTGGCAGTCTGCTGCCTCAGCAGCAAGGAGGGCACACTGCTCACCGTGGGTTTTGAGGTACAGGCGTGGCTGTGCTCATGCTGTGTAGTTCGGCATTAGCTTGGAGAAAGCTGTGATGGTGTTTCTATTGACAGGCATGGAAAGGAGACTTCTTAGAAAAGTTGATTACTTTTTTGTTTAATGGAGCTTAAAGTTTAGGTTGGTACTTGGGCAAAAGACTGCCTACAGAGCCCTTCCCTGAGCAGGCGTATATTCAGCCCTCAGTGAGAAGGTGCAGAATTATAAACTGATAATCTGCAAAAAATTAATTGCTGAAGTTTTTTGTCTTAATTGGAGTAGTGTCATAGATGAATGCGTAGCGCTTGCTGATGTTGGTGACTTTTTAAAGGTGTCTACAGGGCAGCACACGTTAATTTTGCTTCATAGAAAAGTTTATTGCCTACACATACGCATTAAAACCTTTATAGAAGATAGCTAATGAAGGGATTAGTTTGAGTATAGAGCATCAGGTCATAGCATTAAACAAACATTATTTAACTTCTCCTGTGAGCTTCAAGTTGGTAGGCTCCTGTCAAAGCAGTAGCTAAAAAGTAATTGTCTCATCTCATAAAGCTTTGCTACCGAATTGATGGATTCATCCAGTGAATGTAGGGTGATACTAAATTTGTTTCTTTTCTGACTACTTGTGCTTTTCTGTCCCCTTGTAAAGTTGGAATTCATTTATTTTTGGCACTTGGGCAGCAGTTTTTTTAGCAAGGTTTTTGTGAAGCCTGAGCTTTTGTTTTGCTAGCTCAGTGGTGTTGCTGGGCTAATTGTGTCCTGTCCGCTTCCATCCCTCACGTGCGGTTGGTACTTCCTAAGGTTGAATGAAGTACAGCTGAAATCTCTGTGACTTCATGATTTTTTTTCTTCCTATTTTACTTCCCATATTTTGTTAACAGAAAGCCTAGCATAAGCCTCATCAGCTCTTTTTATTTAGTTTCACTTTAAATTTTGTTAGCCTTGTGATAAAGCTGTTCTGTCTTACTCTGAAGTGAGGTGAGATAAGATGTGAGGCAGTGAGGGTGGAAGAGTGGCTTAAAAGAACTATTTTTGTCATCTTGCTGTCTTTGTCATACCCTCTGATGGTAGCTGGAAACCTAAAAATACTTCTTGAAGACTTTTGCAGTTCTACTCATTGTAGAACTGTTTTGAATACTTTTTTTTTAAGGAATAACCCTATTTGAAAGCAGCATTTCTGTTGAAGGATGTGAGGAAGACAAATGGCAGATACATGTACCTGGGATCTGTTGATACAGTTGTACCAGTATGGATGAAGTGCTTTGACATCTTGCTCGGCTGGCTGCTGGGAAGTTGTCGATGAGTTAATCAGTGCCTAGGAATATGTGATTGTTAGGTAATGATAGGAAAGGACTTATCCTGTCCATACCACTTGGTTTCACATTGGTCTTTCTGGAATAAAGAGGGTGTGAAGAATGGAAAATACTCTTTGGCTTTGGAGTAGTCATCCAGAGAATCAGTAGCTGAAGCTGCAGTCTTCAGATTACATTCACCTACAGCAATGTATTTGGCTCCTAGTTCCACTTCTTGATGAATCATTAATCCCATTTCCCACTGTATACTGAGGGAATTGCAATGTGGCGTTCTGAGGAAGCACAATTATTTTTTTTCCTGTTTTGCCATGGGGAAAAGTGTTGGTTGCGCATGTGTTCCTTCTGAAAGGGAAACTTGATCTGAAGAATATTAGGCAGTTAGCTGACTGTCTCTTTCCTACAGGCTATAGTGACAGCAAATCTACATACTTGGAAATGGTGACAGCAAATGTCTGCCTTGTAAGTTTGTGAGGGTGAGAGCAGTGAGTGGGCAGTTGCACAACAAAGCAGAAGATACCTACTGTCATCTGTGAGATCGTTGTGGGGTGAGAAGCTACACTGAAAAAAAAATGCAGTCTGATCTATGCCCCTCAGGTGGCCGAGGATCTTCAGAGCAGAAAGAGTAGTAAATATTGATGCAGAGAGAAAGTGTACCTTATTCTCCTGTAAGTAGTAGTTAAATGCATTTCTGGGTAAATATGGAGTAAAGATTGGAGTATGTGAATTGCTTGAAGAATGGTAAGGGATTTGAATGCTTTGGATAATAGAGGGGTCTATTTGCTGTTGTTAAGATGACATAATAAGAAAAAGTGTTAAACATGGCATTCTTTTTGATACTGCAGGATGGATATAAATTGTTAATGCAGAACTGTTGGATCTGTCTGACACAGACTAAGAAATACCTTGATTATTTCCTTGTGGGGAAACAAAGGAGGAAAGTTCTTTAAATTCTCACTTTGTGACACCTTGAAGCTCTGAATCTCTTAATCCCTACCTGTAGTCTTGCTAATATAAATCTTATTAGGTGCTTTTTCAGTGTCTTCCTTAAGTCCTTAAACTCTTGCAGCTTATTATGATTCTCTTAGTCTCTCCTGTTGAAGAGCACTGTAGGAGATATAACTAGGTGATCAGTGTTGCATCAGAAGATGAGATGTAATTGCCTGCCAATGCCAGACACAGTGTGCAACTGCTAACAGGTAATCTCTCTTTAGCTGCAGTTTACACCTACAGTAAAGTTGAGGAAGTTTGAAATGTATGTGGACTTCTGCTGTCACCTCCGTTGCTCCACTTCTAAAGTTATATGTTTTCAAATACAGCCTCTAAAGGGCTTAAGCAACGAGTTCTGAATGAATGTGACCTACGTGGAATAATGTAATATTTGCTTTCGGCAACTTCATACGGACTCACTGTCATAATACAACCGATACTGTTAGAAAAAGCTGCGGGTGATGTCAGAAGATGCTGCAGGTGAATAGATAAGGATGCTAACTTCTTTTCATGTATGGGAGTTACCAGGTCCTTATGAGTTTTGGTACCTCCCAACAGATCTGTGACATTAGATTCTTTTTTTTTCTTTTTTTGCTGCTGCCATTCTTTTTGTTGTTTCTAGCATTCTTACTGTTCAGGAAGTGATCTTCCAAATGTAAAAAGAGTGGTCAATATAATATCCTCATTTCTTTGCCTTTTTATTGAAAGTTCTAACTTAAATCTTGACAGTGATGCATTAAATGCTTTTCTGTTTTGCTGATCGCTTTTACTGGGGGGGAGAAGGGGGACTGGTGGAAGTAACTCCCAGAGGAAATGAGAGCTGCTGCTGGGGATTAAGTGTAAAGGGAAGAATTGAGGAGAGCTACTTATAAAGCGTGTTAGTGCCCCTAAAAGGATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTATATATATATTTTTGTGAACAGTCAATTCTAGATGTAAAAATATAAACATCAAAATTCAGTAATATCTACGTGTGCACCCTTCCTCCTATTTCTGTGACAGCCTTGTAGCTAGATCAGCAGTTAGCTGGCTTAATAAGGGTACCCTCTAACACTGCGGTTCACGTGTCACAGCCAGGCCTTGAATGTAGCCTTTGCTGGTAAGTTTAACGTGCCTATCATCCCCATAGGTGACGTTCTCCATATATCCTTTGTCCTTTTCGGTGAGGTGAAGGGCAACAGGTAGCGTAGCTGTAATGCTTGTTAATAAGGGATCTTTCAAGTTCCATTTTGTGCATTTTTATTGTCTGGAAATGCGAGGAAGGAGCCCTTTGGAAAAGGACTTGGGTTCAGAGTGCCGACTGTGAAAGGAAATACAAATATGAATTTAAATAGAATAATAAATTGAGAAATACATTCTGTGGATAAGCAGGAGGGGAAATGATGAAAATAAGAGTGAAATGTCACATGTGGGAGGGGAACTTATGCTTTTTTCTGTTTTTTTTTTCTGCACAATTTTTTGTGATAATATAGATATTATTGATACATGTAGATTATATGTGTAGTATTTCCATAGTTCTTTTTTATTGCTGAACTCCCTAGAAATGCTGCGTTCTAAAGTGTGAGGAAATCCTAACCTGCTCTTTGTTTACTTGTTTTCTTAGTTTTTCTCGTGTGCATTATCATACAAGAAAACAAGAAAGTTATGTATTTCATTGGATTCCTTTGAAGCGCTGTATTATGTCTTTTTGTTTTTGTGGATTAAGTTGTATGCAAGAAAAACAGGATAACAATGAGGAAGAGAAAGTAGGAAGAAAATTTTGTCTTGCGTATATCTATGTGCATGTACTGTGCGAGTAAGTATGTGCATAGATAGATTATGACTGGAAATTGTTGGCCATTCTATTGAACTGAGAGTGTCTTAGTAATAATGTGTAGGAGTAGAATTTGGGATATTGAATACTGAGAAAACATAGTCGCTAATTTAGGGGGGAAAATCAGTTGCCGGTATCAATATTTTAATATATTTTTGCTAAGTAGTCTTTTAGTTCGTTTGTGTATGTTACAAAGAGTAACAAGTTTGAAAGGGGAGGAGGGTAGCTTTGAAAATACAGTAAACACTGAGAACTCAGTAAGCTTATTGTTAGACCGTAGACACTTATACAGTTTTAAAGCTTTTTTAAACAAAGTTGTTTTATAAAGTAGTTTCTTGCACTTTACCTGCTGGCTTTTCAATTTGGTAGATAACATCTGAACTCCAGCAGAGTTTTATAATCCCCACGTGCTTAAATATACTAAATGTTCTTTTTCCATTAAGGTTAATGTTCGTGAAGAAATTGAAGAGTTTTTTCCAAGAATGTGGAAGATAAATCAAGATAAAAGAAGGCTAATGAAAAGTATTAAAGATCAGAAAAATAAAATTGAATGGGGGAAAAAATTGAACAGAAGATTGGTCAGATAGAAGCACTTGAATGTTTTTTTAAGGCTATAATGAATTGTTTGAATTGGGGAAGAATACACGAAGTATGAAAAATGAAAAACTCAATGAAGAATGAAGAAAAGTAGAAAGCAAGAGTGAAGTAGAATTAAAAGAATCTGGAAGAATGAATGGGTCCTAGGTTAAGTAAATGTATGGTTTATGTTCCAGTGTCTGTATGATCAAGTTGTAGATGAATTTGCATGATTACTTAGTTAATAGAGAATTGGTGATCTGGTTCGAGCAGGGATCTATTTGAGGAAAGCATACAATATTAACAGTGGGCTAGCAAAATGAAATTTGTCCTGGAGGGTATTCCCTAACCATTTGTTTTTCAGGAGCAATCAATATAATAGAATTACTGTATTTAAATGTTAGGAGTTAGGCATTTATACAACCAATACCATTTGTAATACTGTTCTTTTTGTTAG
Seq C2 exon
GAGTCTCGCTCCCAGTCAAAATCTCCAGCTGGGAGTCCTGCTCGTGTAAAATCGGAGAGCAGGTCAGGATCTCGCAGTCCATCGAGAGCTTCCAAACATTCTGAATCACACTCTAGGTCAAGATCAAAATCGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000010973:ENSGALT00000017877:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.750 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]