GgaINT0106895 @ galGal4
Intron Retention
Description
NA
Coordinates
chr1:178311667-178317499:-
Coord C1 exon
chr1:178317384-178317499
Coord A exon
chr1:178311784-178317383
Coord C2 exon
chr1:178311667-178311783
Length
5600 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTAGC
5' ss Score
4.9
3' ss Seq
TATATGTTTTTGTTTTTCAGGCT
3' ss Score
10.24
Exon sequences
Seq C1 exon
GTATGGAAATTATTTGCCACTTTTGTAAACGAAACTCTTTACCTCAGTATCAAGCCACAATGCCTGATGGAAAACTGTACAACTTTTGCAGTTCCAGTTGTGTAGCTAAATTTCAG
Seq A exon
GTTAGCTGTTGTATTAAGTATTTTCCTCCCTTAATATTTGTATACTCGTGTTTGTGTTAAGTATTTGCACACTAAACTAATTTGCTTTTATATACATGTTTATGACTTTTGATTAACATAGATGCTTATGGCTTGTAAGAATTTCTTTTGAAATTACTGTCTCATAATAACACTGGCTAATATCCTAAAAGGTGATAATGCATTTCTCCTTGATGCTATAAGAGAACTCAACCCATTACCACTGCCCACCTTATTTTTCCCACTTCAACCTCTATATGGAGCTGAGTTTTGCTATTGTACATTGATAATTAACACATTTCATCTTGTTTCTGCTAACCACAGTCACAAAAATATAAATAAATAAATATGTATATATATATATATATATATATACACACCTAACAAAGGTGTGTGACATCGGGAGTAGTGACTTTCTGAAATGGAAGGTAGGATCTAAGTCGTTAAACTTCCGTGGATGGAGCTAGCTGTTTAAATGATGTCCAGAAACCAGTGTTGCAAGCCTATTGGTAAGCACACTGTAAGAGGCTGTTGTGCTTTTTCAAAGTGTCCTATTTAAATATGATTTAAAGCATATGTAAAAATGCATTGTAATGATTAATCTCTAGGGTATCAGTGAACGTTTCAAAGACACTGTTTTAATCTTCTGTATGTAAAAACAATGTCTGGTGTGTGATTGATAATTGTTCAGCTTGTGAAGAGATGGTTACAGCCATACAGAGATTTCCCATTTGTCATTAAATTTTGGAGTTTTCTGCAAACCAATCTCTTAATTGTTTCCTTATCCTCCATCATGGAGCACTGTTCTTATATTCTTAGTATGTAAAGACAAATCAGTTATTCTTGCAAACTCATTCAACCTCTGTTTCATTCTTTGTGGTCTTACAATTGATTGCAGCCCAAAGAGCTCCCAGAATGAAAAGTTTGTGTTATTTGAATGAGAAAAATAAAGGTAGCAAATGGCAAATGCAGCCTGGGCCTTCTTAGATTTGCTGAGGAATCAGCATTTGGCAACATTATTGAATATAACTGCAAATCTCTTGATGCATTGTGGGTTCTTGATCTTACTGAGACCTTGGTAATGCTTCCGATGTGGTTTCAGCATTGTGTGTTGTCTCTCTAATGTTGTAGGGGTGTTTAGTTAGAACAGTCCATAAGTTCTCAGTAAGACCAAGGACAGAAAGATGGTCTAGCAGATTCTAACTTTTGATAGTTTCCATATGTCCAGTGTCTAGAAGAACAAAATGTATTTACCATTAGTTAAGAATTGATCATATGAGCTTCTTCTGTTCATTTAGTATTTAGGTGGAAAGGGAATTGCATAACGCATTGTGAGCTTTGGACATGTGTTCTCATGGGAAGTCCAATACCTAAGTTCCAGACACACTGGGGGCTGAATCTAAATTTAGTTTATTCCATTCAGTCACACTGAAATACTTTCTGCAGTGATCTTTTGAAAAAATAACTGATATATCATGATTCTCCATTGTTTATTAATGTGGATAACTTTTGTTTAACATTTCTGGTATTATATTAATCCATTTTTCTTACTATGGTACTTTTTCTATAGTCTTCCATCTGTTAGGAGTCATCCTCAAAGCAAAATAATTGCTGTTCAAGGTCTGTGCCTCCCTTCTGCAAAGAGTTTTAGTCCTTGTGGTTTACAGATGGATTGGAAAGTTTAAATTCCTAATTTTGGTTGCAGTGTTTTAGGGTTGGTTATTTTATCTTATGTGTAATCTTATGTTCCTAGCTAATTGTTGCTTTAATCTATTAAAATACTTGTAGATTCAGCCAAACTGCTTGTTGTGCAACTTATATCTGTATCTGTTTTTCCCTCCATGCAGACAGGTTGCAGTAGCATTCATTCCTGTAATAAAGAGCGTAAAGAAAGGGAAAATAGTCTGACTGATGTGATTGTTGTTAAGTAGTTGGCAGTAGAATAGTGTGACTGTATCTTGTTCTTCGTGCTCCTGTTGGAGGATGGTGTTGGAGAGCAAGGGCGGAACTGCTCCAAAGCTGTATTGTTTTAACCCAGTTTTGCTGTCAGTAACTTTACTGGGGGTCAGTTCAAGATCTTGTACAGATGTGGAGAAGATATGGAGTTAAGGAAGCATAACACTGCTAATTTATTCCTTGTGAACATGGAGGCTTAGTACAAATGTCTTACAAAAGTATAAATGCCTTGGAAGCAAGCTATCTTGTCAAAACTTAGGAAGTTTTCAGAAAATTCTTGCTAAAACTTTTCTTTTTCAGTTTGTGGATATATTTGAAGAACTGTAGAACCAGTATGTGTAAGAATTAAAAGTACTTCTTTGTGTGCATAAGTGTGTGTAGCTGGTTGCTCACTCGGTGTTTTCGTAGTTGGGTCGTGCTCTCTATTACCATCATGGTGATGGCTGCAAGTGCTCTTCCTTACACTCCTTACATCTCTTACTTTCTTTTACTCTCTCTTAAAAAAGAATTTGTTGAAGTGGAAGCATGTTGCTGATGCTTGGCATGCCTGTTATAGAAATAATGTTCCAAATCTGATTGTGATAAAAATAATTGAGCTCCGTGCTGAGCTTGGAAGGACCATGTATGTGAGGGTAAGGAGGATGTTTGGTTCCTTCCCTATTTAACTTCTAGTATCTAATTTTGTTTGTGTGCAGTCCTGATGGGGTGACCTTACGCTTCTGCATAAAAGATTCCTTGTATGTATTTGCTTCTCTTTCGTGTTAATGGACAGTTTGATTCTTTCAAAAGTTCTTCTACTTGAACTAGAGAAAGAAAATGACTGCAGTTAGACTGCCTACTATATCTTCTGCGTATATGCTTACATACATAAATGTTTCCATAGTTTAACTTTGCATTGCTATGAGCAAGAATAACCCTTCTATCACTTACTGCTGGGGTGACAGGGAGTGGCAGGGGCAGGCCAGAAGCTGTACTGCTGCACTGGTCTTCTCAGAACACTCCTGCACAGTGTCTGCCTAACCTTCAGTTGTGATCTGACATATTAGAACAGTTAATAGTGGTTGTATTGAAGCCCGAAAAGGACTGTACAGTGATTTTTAGTTTTGCTTGGCTCTTCCCATGCCCTTTCTGTTCAGGACAAGAATTTAAGATTGTATTCAGGGATGTACATACATACATAGATATGATTTCAAGTATGTATTTGATAAAGCATAACATCAACGAAGTCTTGCTGCTCGGGGATCTGTGAAAGATTTTAATGAAATTTTAATGAATTTACTATCTTGGTGATTCTGTGTGTGTAACAATGCTTCCAGGTAATTCCTAAAGATAGTCTCTGTTCCAAGTGTCTTCTAATTTAGGGGGAAGACAGGATGGTGAAAATTCTACATGCTTGCCATCTTGACTCATTAAAACACTATGCAGAAACAGTCTTAATTGTAAGCAGTGCCATAGGAACTTTATGGAGACATACTAAATCGCATCATGATTAACTCTTGGTTTAACAATTATTTTTGCTTGTTTAAGAACTGTTAGTGAGGTGAATTCAGTTCTTCACTGATTCCTTAAAAAAAAAAATCACATTTATGATTAAAAAACAAAACACAAAACAAACCAACGCACACTGTTTTAGTACCATACGTAATCACTCGGATTTTATCTACGTTATTAAGATATCTTACATTTATTCTTTAGACTGTTTAAAGAGTATTTAAAACATTCTAAAATATTTAAAACAGTCTAAAAATCTGTGATTCTCATATCTTCAGCTTTAGTTTTTTAGCTGCCAGTCCAGTCTCTAGACCAGTTAGGGCTTGAATTTTCACCGCAGTAAACAGTTGGGAAAATAAATAAAAGGAGATAGAGGTGCCACACATAAGAAAATAACAAAAATCAGTATTTTTTATGCTTTAGCCGCCTGGATAGGGCTTTGGGGTGCCATATTTAACAGTAACTACAGACATCAAAAATACATTTTCTTTTTTTTTTTTTGGTAAGCACTTACTGTATTTGATCTTCATTCCTTTCCTTCTCTTCAGTATTCTTGTACAGATTGTCACATCTACAAGTTCTTTAATGTTTCCTTCATTCATGAACTGGATACAGTAGGTATATTTGCTTTGTGATTTCTCTTTGTTTTCAATCAGAACTTACAGGGTTTTCATTGCAATTATGCAATCCACATGGCAGCCTGTGTTGAGAATGACGTTTGCTTTGTGAGGAAACCTGCAAAGGCACAAATACACAGGTTGGACCTTGACCTCAAAATGCCTTTGTGACTCCTGCATTAGTACAGCTCTTAAGCTACATAATTAGAGCAGCAAAAATCTAGTAAGCCTCCCTCAGCTGCAGGGAGGTTTGCTGGAGATATAGGGATAAATATGGCAATGCTGTATATGTGCATTAGACTGTGTTAAAGTTGCTGTGGAGCAGTGGACCATTGGGATACAGGTGATGTGCTTTCAGTGTCTGCAAACTCCTGATACAGAAGTAGCGCATCTGTTGTGCCTGTTGTCACTGCCAGGTAGCACTCAGCAGTATTGGCCTCTTTACATGAGAGTATGTGTCAATAACCACTCTTATTTGTCTTAGTGGAGATGAAGTTTTAGTAATGTGGCAGTTTGAAGCATAGTGTTCTGTTCATAGAAGTTTTTTCCTGTTTTCACTGGTATGAAGTGGAGAGGTAGTAACAAATGTGTATAGTGAGATCTTGTTTTTTAATAGATTTATCTTGTTGAGAATGGTATGGGAAAACTTGCAGAGAAGATGTGTATAAGAGGTTTGTACTCTGGATTTTTCAGGTGTACGTGATCACTGAAACCTTGTCTTCAGTGTTCCATGACTAATATGCTAGTGTTTGGTCGTTCTAGGGACATACAAAAGATTGTCTGGGAAGTATATGTAAGACCTGCTGGAAGACTACTAGTGCTATAGAACTCTCTACCTACTGTGATTGCTGCAGAAATGCACAAAGTGAATTATCAAGTTACAAAATTAAATTTGTATTCCTACATATGAAATCTATA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Seq C2 exon
GCTCTCAGTGATCAGTCTTCAACAAATGGTCAGTTTGTGTCTCCTGGTGATATTCAGTTGAAATGCAATTATTGCAAGAGTTCTTTTTGTTCAAAGCCAGAAGTGCTAGAATGGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000017139:ENSGALT00000043420:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF064679=zf-FCS=WD(100=92.3)
A:
NA
C2:
PF064679=zf-FCS=PU(61.0=64.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]