GgaINT0107544 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000014178 | SCUBE1
Description
NA
Coordinates
chr1:70831174-70885049:-
Coord C1 exon
chr1:70884915-70885049
Coord A exon
chr1:70831300-70884914
Coord C2 exon
chr1:70831174-70831299
Length
53615 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
TTTCTTTTTTTCTTTTACAGAGG
3' ss Score
11.89
Exon sequences
Seq C1 exon
ACGTTGATGAGTGTCAGGATAACAATGGAGGGTGCCAGCAGATTTGTGTAAATACTATGGGCAGCTATGAATGTCAGTGCAAAGAAGGCTTTTTTCTGAGTGATAACCAGCACACCTGCATTCATCGCTCCATTG
Seq A exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
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Mappability confidence:
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Protein Impact
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Features
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Main Inclusion Isoform:
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Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]