Special

GgaINT0107544 @ galGal4

Intron Retention

Gene
Description
signal peptide, CUB domain, EGF-like 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13441]
Coordinates
chr1:68808674-68861667:-
Coord C1 exon
chr1:68861533-68861667
Coord A exon
chr1:68808800-68861532
Coord C2 exon
chr1:68808674-68808799
Length
52733 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
TTTCTTTTTTTCTTTTACAGAGG
3' ss Score
11.89
Exon sequences
Seq C1 exon
ACGTTGATGAGTGTCAGGATAACAATGGAGGGTGCCAGCAGATTTGTGTAAATACTATGGGCAGCTATGAATGTCAGTGCAAAGAAGGCTTTTTTCTGAGTGATAACCAGCACACCTGCATTCATCGCTCCATTG
Seq A exon
GTAAGTGTCTGATTTTGTTCTTCAGAATAGTCGTGGTCAATTAGAATTGCAGAAACTGTTTCAGAGGAGTAATTTTCAGCTCCAGAGCTGGTTGTTTGGAATTTGTTGATTCCTCTGCTACCCAAACTTAAAACATAACCATATGTAAGGTAGAGGAGAAGGCTTTAGTTTGACGAAATTAAACATGGATCAAACAGCAGACTCTTGAGAGAGGCAGAGAAGAGATTTTCAAGTGGCAGTTTTCTGCTTCTTACTTTCAGGACTCAAAAACTTCTCGTGTGTATATTGCGTGGTGGTTCACCCTTTGCCTGTCGTGTAACTCGTTGCTTCTTTGCAGACTGATGATGGCTGATACTACGTTGGCATATGGTTATTTGGTTTGTACCCTGTGTAGGGTGGATTAGAAAACGGCTTCTCTGTTGCCTATGCATTAGCAGTAGAAATAAGGAATCCCTGCTGCTGATTTTGACTGGAGTAAGCAGCTCTCCCTTTTCTATACGTGTCAGACACAGAAGACGAGGTTGAGTGGAAAGGGAGAAAAGAAAACAGCCTATCTATAAATCTTTGCAATTAAGTGGGCTCTTTATGTGTTCATTCAGACTTCTGGTGACCCTGGCAGCAATGGGAATATATTGTAGCAAACTCATTTACCAACAGGCAATACAGAATGACAAAGTAGCAAGATGAGTCTGGTGATCAACAATGTAAGCATGCTGTAAATTTCAACAAGCCAAACAAATTATTCTGAGCTGTTTTGAGTCACTAAAATGAACCAGAAAATCCTACTTGAACATGAGAGTATGAATATAGTCACCCTGTTTACAAAGCTTGGTAGTCTAGCATTTCAGAAATGTAAATGTATTTCTGGCACTGTGTGCCTGTTTACACAGAACTATGAAGACAAGGAAGAATTTTGATGTTTGGAAATATGAAACTCCACAATATCTTCACAGGTTCACTTTTTAGCGTGACTGTTAAGTTTTAAGCAATTGAGGTATTTCGATGGTGACAAGAGCATGCAATTAAGCACCATCAGCTGGTGTATTTTAAAGGTTGTGATCTGGCAAGTTTTTATTTACCCACTTCAACATAAACTGTTCAAATTTCTGTCCAGCATAAAGTAACCCCGACACAAAGATATCCAGCAGAGCAAGGAATAGTAGCTGGAGGCTTAATGAAAACCACTTGCAGAACACTGCGATGCAATCATTATTTCAATTTGCACATTATAAAAATTCCCAGTTGTAATAAAAGGGAATTTAGTTATCTGAGATGGAAACTAATGAAATAAATGAAAAATGAGACTCTGAAGGCAAAACTTTTTTGTAAAGAATAGATTTATTGAGGGAAATAGGTGAGTTTTTATTGCAGAGAGGATTTCTAGTTTGCAGGAAGGACTGTGGGAGTGGATTTGAAGGTCGACTGCTTCATGCACTTAATAAATATGCAGGGAAATAACATATTTGTGTTAACTTCTTTACAAGGAAAATGTAAAGTAAGACATGGATATTTAATTTGAAGTAATATGAAATTATTTAGAGAACTGAAAAAAAACACCACCAAATAGACCAATCGTGATCACAAAGTGGTTTATGATCAGAAGTTTTGTAACCTTTGTAAAATAAGTGCCAATTTGCAATAAAAGCAAGCATTACATTACAGTGTCGTGATCTCACATACAAATATATTGGGTGGATGTGCTGGAGGAAGGAAATGAGATGGAATGATCTATTTCGGTTGACAGAGGTGACTGAACTGCAAACAGTAAACATTGCGTGGTGAGAAAGTAAATGGCTTTTTTAATATCTGTGTTTACGCGCTTTCATCTGTCTCACTTGTAAGTGCCTCTACAGAGAATGCTGGAGCACAGAAATACCAAATACTTTCATCAACACATTTAGCCAGAATTGTGCCTTGTGCTGGATTGTTGGATTGTTTACCAACCATACCTCTGTTGGTAAACAAGGCTGAAGTGGATGCAGGCATAATAAACACATAGCACTGAAATCCAAACACAAATGTGCTGACTTGCCAAAGCACTTTAGCAAGCTTGTTGACTTTGAGTACAATAAGATCTATTAATTACAGTGGGATTACCCTTCTGTCTCGGGAAAATGCATGTGCAGTCACACAATCCCCTAGTCTCTTCAAGGACTTAGCTAGTATAAAACAATCAGCCACAAGGTTCTTCATTCATCTCGCTACCACTTTTTTCCTCCTGTTTTCAAATGCCTTGGCATAAGGGAAGAAGCATTGCAAGGTGCTTAGAATGCCCTTGGAATTGGGATGAGTTCAGAGTGGAAGGAGCAGCACCAACCTAAAAGCAGTGAATGCCCTGGTCTGAAGCAGTTCACCTTCCTCCACCCTCCGCAAGGCTTCTGCTGCTGACATGCACTAACAGCTGAGGGAGAGGTATCTTCCAGTATCAGGCGTTCTCTTTCTGATTGTCAGCTGCTGGAGAGAGATGCCCTGGGCCTGCTCCATGGCTTGCAGGGTGTATTTCACCACCGTGTGCCTACCCACAAGCTGTGGTTAAAAGCCACACTGGAGTTCATGGTAGGGGTTTTTAATAGCATCTTTGTCCCAGAGGACATGTTTGCTTGCCATCTAGAAGTCTTCTCATTATTTCCTGTGGACAGGAAGGATTAATGATCCTCAGAGAAATACATATTTTATACCAATAAGAAGCCAAGCTGACATTAAAGTCAAGATAAACCCTAGTTTCTTAGTATTTGCTCTATTTCACGGCCTTCATTGCAGGCCTACTGATTTCTTATGTTTAGTCTCTGCATCTTTTGGGAGGAGACTATGCCCAGTACAACTTAGCTCATTTATTTTTATGTAAAATTTAATTTCCTTTTGCTTAGTCAGATTTCAGTACTAGTTTACTCACAGTAATGATTGCAACAACAGGGAGGGAGAATGGATGGTGAAGGATATGGGCGACTAAGCAGTTGTTAATCTTAGTCATCTTAATTAGCAGCGTTGGTGTGCAAACTGTGAATTACACCAGAAAAACATTTGTGTTTCCTCATGTCTTAAAAAGAAACCAGAATAAAACAGCTGTTACTGTATCATCTCCAGCTCCAGAGGGAGCATGTGTTTAATAAATGTGAAGATTAGTATCATGTGCTGCAGCTGTGACTGAGTCAGGTGAGTGGCTTGCAGCATGTTTTCCCTTCATTTGGTGATAAGCCAAAAGGCCCAGTCCAGCAAAGTCTCAGAGCACATCCTTAAAGTCTTAGTGATATCAGATTTGGTTAAAAATCTGAAATGGGCCTAAATATGTCAAAATGTATGGAGTTTAGCTATATGCTGGTAATGACCCTGAGGTTCAGAATGAGCGGGGTGTCCTAATTGCATTACAGCTGTTAAAGTCATAATGGTTAAGAGCACGGTCTACAAACTGCCTCTCCAACCAAAATTCTCAGCTGAAGTGGTACAGAAGGCCTTATCTGCCCCACCCCTAGAGAGTGAGTCTCTAATGCACGAAGTGTGTTTGCTTATAAGCCAGATACTTCAGGAGTTCTGTGGCTAGGAAGGCTTCTGCATTTTTAAGTTCCATGCCTTGGATGTCTATCAAAAGTATGGCTATATTAATGGTCTTACATCTGCTAATTGTTCACTGCCAATATTTTTATAAAGCTAGTGTCAAGTATGCTAAAAAGGCAGATGCCATTAGGAGTGGTAATGTTGAGTGAGGACAAGAAAAGGGGAAGAAGATCCAGCCTATAGAAGTCTGGGAATTATGATGATCTGGTCAAGTGGCAGAAAAGCCTTTTGCACGGCTGGCACCATCATTTTCAAGCCTGTTTAAAGCAAGCAAACAAACAAAACATTTGACAAAGAATTGCATATCCCATGAGACTTATGTTCCTAGCAGAGCTAGGGGTTTTGACACAAGAAATCAATCTACAGAGATTTAGCAAATCACAGTGCTACAGAGTCTCACAAACTGTGTCTCTTTCTGCGCAAGTGCAACAATCTGGTCCCAGAGGAAAGAGAAGCGTGCAAAATCAAATCGTCTTACATTTGTGATGGGCTAAGTGTACTTAGGAAATGACTTACCGTGCTTGTGCTGATGGTAACTTGTAAACTTGGCTGTATGTTTAAACTCTTGTAAATTCTGTAGTTGCAGCATAGGAGTCCTAGGTTAAGCTGATATCAAACATGGGCAGTTCCTTCTTGTTCTGAGGACTGTAGATACACCTTTGTTCAATTTTTTCTCTCCTGCTTTCCATGATTTGTTTTTACTCCTTACCTATTTTCTTAGTTTGGTGGGATTCCATAGCGTAGAATAATGTGTTGGGATGCCCTGGGAGGAAGCATGCTCACTGTCCAGTGCAGGAGAGGTCTGCAGTTTGGGTTTCTGAACTTCATTGCAATCCTATGTGCTGGTGCCTTGTGAGACTCTGAGCAAAAAGGTTATTGTGACTTCTGTGAATTTCTGCAATGCGCTGTAGAGGACAGAGGTGCTTTTTCTGCAGAAGCACAATAATCTATTCATATTTAGATTAATGTGAAAGGGTGACTTTAAATAATTACGTGTTGCCAGCACCGTTCCAGACTTTATGAAATACAGCATTTCTCATCTCAACTATGAAAGCTCTTTCATGATGATGTAACAAGTTAAATTACTCTATTACTTTCAGTGTACTTGCCATAGCTACCTTGAGTACAGGCATCCCATTCACTGGAACAGAGCAGTCTTATTTGTCTTTTAAAATTGGAATCCTAATATGATTGTAAAGTAGAGGAATGTATATAAATTTTAAGGAAATCAGTTCATGTGCTTTTAGATAACATAATAAGAAAACCTTTCAGGCAGCACAAGTTTTATCTGGACAAACGTACTGTGATCTTGGGATTTGTTTCCTAAAACTGCTGCACACAGTGTGACCTGGCTGTAATAGAAGCTCATTTGTTTATACGTTCATATGATGCATTTTGAGTAAACAGTTCAATTGATGAACTATATAATAGAATATAAGATGCAGAGT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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):

C1:
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C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]