GgaINT0108361 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000016823 | F1P3E8_CHICK
Description
NA
Coordinates
chr1:141551444-141564538:-
Coord C1 exon
chr1:141564472-141564538
Coord A exon
chr1:141551551-141564471
Coord C2 exon
chr1:141551444-141551550
Length
12921 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
CTACTTCTATTTGTTTTTAGGAG
3' ss Score
9.69
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GAGTTGTTTCTCTATTGGCTGTTCATCCCTCTACAGTAAATACACTCGGAAAACAGCTCCTGCCAAAAACATTTGGACGGTCTAATGTCAACATTGCACAACAAGTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000016823:ENSGALT00000027160:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.139
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]