GgaINT0108361 @ galGal4
Intron Retention
Description
Uncharacterized protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:F1P3E8]
Coordinates
chr1:136660650-136673744:-
Coord C1 exon
chr1:136673678-136673744
Coord A exon
chr1:136660757-136673677
Coord C2 exon
chr1:136660650-136660756
Length
12921 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
CTACTTCTATTTGTTTTTAGGAG
3' ss Score
9.69
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTGGACTAATTGAAGCCAATGGAGAGCTTAAGGTGTTTATAGACCAAAACCTAAGTCCTGGAAAAG
Seq A exon
GTAAGAACACAATTTTTAGTAAGACTGTTTCTTGATTGTTGATTGTTATGCTTGTTACTGGCTTTAATCTACTTTCTTAGCTTTAGTAGAGCTTTTCTTAAGGTACGTGTTATGTGCTCAGCAAACAAGCTGTAGATCTTGCTGTAGCTTATACGTGTCTCTAAACTAAGAGCAGTTTCAGTTGTGGTTTTACTGCCATCCTGTACATGATCTTCGCATTAGAATAGCTGTGTTGTCAGCATGCAGGCTATGATGGCCTTACACATCTTTTGGGGCAGTATGTTCTAACAGCTGGGAAAAATATAGGAGTGCAGTCGTTTGAGGGGGGTTCTGACAGTTTATATGATACTGCATTCACACTAATGCAGTTCTGCCTGAATTAATAATTTGAACAGAACCGTTCTGGTCTCACTTGTAGTAGCTGTGCTTGTATGACAGTGTAATGTAATCAAGCTGTTTTATAAAACAGGCTATAAACTTCAGTAGGCTCGAAAAAGTAAGAATATCTAAACATTAGAAGAGTTATGCTCTGCCTGTTACGTTTAACATAACTGGGGGAAGAAAACAGAATACATTGAGTTCCAGTTGCCTGCAGTTCTAGACAGCTATGTCATATAATCTTTTGTAAATGGATTATGCTATATATGAAAATCAGATTTTTCTTCTTTTCTCTGAATTCTTACGGAGTAAGAATGCTTCAATAGTGAGATTTCCAGTTAAGTGTATTCTTGCCAGTTTATGCATTTTGCTGGTGGCAATGTTATTTTCCAGTTTAGTACTTTTCTCCAATGTGTTTACCTATTCTTTATAAAGAGCAATGATGTATCTTAAGCTTCTAGTTTGATGGGCTGGCCAGCAATTGTTTTCTAGATTAGTCATCAGATGGATGCTTTGTCCTCTGGATTTTCTGTATGGTCAGTCTTCTAACCATTTTTTATTGCACTCATCAGCCTTCCTCAACACAAGTGACCTAAATTGTACATACAATTCCAAGTTGGATAAAAACATGGATACTTCCATGTTTTTATGGAGGTATCAATATTTCTCAATGCAACGTTGTGTTTGTGGTTCACAGTCATTTCACAGTAGATTTTGGTGGAATGGCTGTTTTCCTTTGTTGCGTCCAAACGCTGATAGTCTGGTTTGTTTGTGTGCAACAGATGGAGTGCTTTGGTAGGTTGTACTAAGTAGGGCAAAATTGATTTGGACTGACTCACCCGCTGCTTCTTATCTATGTTCTCATAAAGCTTCATGTTGACAAGTCCATTGGCTTTATGCATCGATGGATTACCCTCACACTCAGATTAACCTGTAGTCCAGTTCAAGGAATCTCAAGTCTAGTCTTCTGTATCCTGTTTCATAGAATCATAGAATATCCTGAGTTGGAAGGGATCCCATAAGGATCGTCAAGTCCAACTCCTGTCTCCACACAGCACCACCCAAGAATCATACCATGTGACTGAGTGTCTAGAGGTTTCTTGAACTCTGCCAGATCAGTGCTGTGAGCAATGGCCTGGGGAATGTGTTCCAGTGGCCAGTCACCCTCAGGTTGAGAATCTTTCCCTAACCCCCAACCTGACAGTCCCCTGAAGCAGCTCCACACCATTCCTTCAAGTTTCAGCAAACTTTTAAGCATTTATTTTTACAACTTGAAAAACTTCTGATTTCTACGAGCGCTGATTTAATTAACAAGTTTTGTTTTTAAGGCAACATCTGACTTCATTTGTTTTAAGAAAATAGTCCAAATAAGTAAAAATGTTAATCTTACGACATCTGTTTTGCACGATGCCTGTAATTTTTGAGTACCATTCTGGAAAATGCTCCAAAGCTGATGTTCTTTGTGCTTTAAAAACATCTTTAGCATGCAGTAAGAGGTATTGATCTTTATATGTGGTAAAAGGTTGTCTATTCAGAAATTGGTTCTAAATTCACTTCCGTTTGCCCATGCGCTTGTGTATTGCTATTAAGGAAATGTAACACCTCATTAGCTCTAAAAAAAAAAAAAAAAGCAGCACTTTGTGGAGTATCTTTGGTATTCAGGATGCTACCAGTCCCTGGATGAAAAGATACAGTTAATGCAGGTTTTCGGTATGTCTGGTTCCTGGGAGGTTCTCATGAAAAGATCCAAGTTCTTCTGGGCGTCTTGTCTTTAGGGAGACGAGGCATGAGATTTATATCTTAGAGCAGCCTTCATCCTACGTGCCAGATCTGTTGAACTTGTAGTCTGATAGGGTTTATGTGGCACAAATCCACAGACACCAGTCTGCAGTGTTTGATTTGGCACAAGCGCCACCGTGAAAGGTTGTGATACATGTGCTTGGTAGCCAGGAAGATGGTTTTCTATTAAAGCCTTGCTCCCAAGAGAAGCAGCAATTTAATGGGAAGAGGACATGATGTAAATGTTTGTTTCAGGAAATCCTGACAATGCCAAGCACTTCAAAAATGCAACTTTGCTAGTGTCTCTGATGGTGAGTTAACACACAGAGGGAAAGGTAGTGGTTATCCAGCCATCCTTCCATTGATAAGCTTATAAAGCTAGATGATCTTATAGCTGATGCTTGCCCTGTGCTGTTGTATTTACTGTCAGCTTGTGACAGCGTGGAGAAATGCTAAATCCCCTTGAAATCAGACATAAGTTTCTCTGCCTCATCAAAATTGAGGGGAAAAAAAAAAAAGCAATTGGCTAAAGACTCAGATACTTATTATTCTGTATTCAGGGAGTGGGTTTTGCATAAATTGTTTCTAAATTTATCTCCTAAATTAATAAACAATCAATGTTTCTAAAACAATGTTTTTAAAAATGGAAAATGTCAAGTGAAGTGAAGCTCTAAGGGCACCCATATTGTGATTTATAGCTATATCACCCTTTTTTTTGCTGATAATCAAAAGGGAGATATTCCTTTACCCAAGACAGAATAAGAGAACAGTTTAATTGTGGAGTCAGGTTCTGAAGTGTCTTGATCATAATTGCTTGCTTAGAGAATCATAGAGTCATTAAGGCTGGAAAAGACCTCTCAGATCACCCAGTACAACCAGCAGCCCACCCCCCCCCATGCCCACTGACCACATCCCTCAGTGCCACATCCACACGGTTCTGGAACACCTCCAGGGACGGTGATTCCACCACCTCCCTGGGCAGCTGTGCCACTGCCTCACCGCTCCTCCTGAGAAGAAATGTTTCCTAATATCCAACCTGATCCAGCCTCCTCTGGTTCAATTTGAGGCCATCACCTCCTAGGTTATGAGGCAAGGATAATATGATTTGAATACTTTCCTTGTTGTTTTGTTTCCATTCCATTTTAATCCGTGGGATTAAAAATTAAAAAAATACATAGTTATCTACTGGATTTGTTTGAAATATCGACTTGACTCACTGCTTAAACTGAAAATTGCTCAAATTCACTCTGTACATGGGCTTCAACTGATTATTAGGGTTAGAATTCATTTTGAGAGTTAGAAATTACATCTGCGTTGAAGGAATTGAAAGAATTTTTAATAGGAGCTGAACCAATAAAACTTCATCACGTGTCTGTCTTGTAAAATCTATTTGGCAGTTAACTTTGTAAGTCTGTAAATGCTGCTGTTCAGTGAGATTGTATTCTGAAGAAAACTGCATTCTAGTCCCTGTTGTTAGGGTCAAATTAGAGTCAGTGTTAAACAATACAGTTCTAATCCTACCCCTTACTTGTCAGGATATGTGGTGAAAGAAAACATCTGGTTCAGGTGAGTGGAAGTGAAAAGAGAACCAATGGCATTGAGTGCTCTATTGAAGAGTTAAAGCTCTTCAGTTACTTTTAAAATTAATGAAAAAATAAAATTTGCATCATCTGTCATGCCAGTAGGTGGCATTATTGGTATGTAACCAGCAAGTGCTTGCAAAGGTGTCTTTAACTCCTTTCTTTTCCTACGCTTTAGAATAAGGTTTCATGCTGCATGGGCATAAGGAACTTGTGTTTGGTTTTCATTTCAAATTTAGTAATTTAAAAACTTGAAGTCAAGTATATAAATTTTTAAGGTGTACGTAAGCTCTTACTTTTCAACACTGTTTAACTGAAACATCTTGTTCTTGTTAAATGACAACAAGCTATTTTTCAGCGTCATGTAACTGTTAATTGTATACAGAGAGATCAAACTCTCTCTGATTTTTGACAGTGTTTGGAATTGTGCCTCTGGAACAGAAATAGACATCTGTTTCAGAGCCTGGGATGCACTCTTCAGCAAACGTGTCTTACTATTGATTATGGAATGCTGGGCATTACAGGCAGTTCCAAACAATCATTATCATCTAAAGTCAAGTTGGGAAATAAAACTGTATCTGCCAGTAGGATTGATGTTGAAAAAAATCTAACGGAACTCCAAGAAATCTAAGAGTAGATCATACCATTTATTTGAACAGACTTGGAAAGGCTGGTTGGCAGTATGAGGGGTAAACTATTAGTTATATCTAAGAATGGCAAGAATTAGCTAATAGCATAAATTGATTTCAGAAGTTTACTAAGCACTTAGTAATATTGTAGTATTACACGAGAGAAGATTGGTGTCTTTGTAAAATATTTCAAAATTGCTGTTTGGGCACGTTATCTTAGGCAGTGTGGTTTGCTCAATACGAAAAGTCACTCTTGGTACCCAACTAGAGACAGTCATCTACGTGCACTGTCAGAACTCACCGTAGGTTGAAACCTTCAGAAGTAGTTTCAGAACTAATGGCATTGCATCTGTGGTGGCAAGGGAGAAGGTCCAGACTGCTGCTTCTAAGGAAGCCTGAGGAGCTCCCAGGATTTGCTTGTCACCTGTCTTCATTACCTGATCTTCTAAGAACACCCTTTGTGCTTATTCTGTATGTTTATGTATAATCTGTAATAACCTAAAGCTAGTCAAGTCGATGCTTTTGTGGTAAGAAATGGTTTTCTTAAGTGATGCGGACTGGAGAAATGGTTCTCTATGTGCCACTTCCATGTTTTCACCCTAGCTGTGTTTTCAATAATGGTCTCGTGTTTATG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Seq C2 exon
GAGTTGTTTCTCTATTGGCTGTTCATCCCTCTACAGTAAATACACTCGGAAAACAGCTCCTGCCAAAAACATTTGGACGGTCTAATGTCAACATTGCACAACAAGTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000016823:ENSGALT00000027160:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.065
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF059717=Methyltransf_10=FE(29.3=100)
A:
NA
C2:
PF059717=Methyltransf_10=FE(46.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]