GgaINT0108937 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000012890 | DGKI
Description
diacylglycerol kinase, iota [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2855]
Coordinates
chr1:57687140-57694363:+
Coord C1 exon
chr1:57687140-57687256
Coord A exon
chr1:57687257-57694288
Coord C2 exon
chr1:57694289-57694363
Length
7032 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAACT
5' ss Score
8.63
3' ss Seq
TTTATTTTTTTTTAATGTAGAAC
3' ss Score
7.62
Exon sequences
Seq C1 exon
TTTCATAACAAAGTCACCTGCTTCATGCTACATCACATTGAGGAGCCATGTTCTCTGGGGGCTCACGCGGCTGTCATTGTGCCTCCCACCTGGATCATTAAGGTGAAGAAACCTCAG
Seq A exon
GTAACTGCATGCTGATGTCTGTTTCTGAAGCTGTATGGCTTCATAGAGCCAGCCTGGCTTCTGCACTCAGTACGCCTCCACTAAGGCATGCTCGTTCAACCCTGTCTCTCTCCCTGAAACCCAGCATACATCCATGGTGATTATGAACCTGTATCTTCCATCCAGCCCTTCAGTAGGTTTCCTTGTTTGGGTTGATTAGCAGCAAACATGACTTTTGTTCTGAGCAATGCAGCTCAGATGTGTTCCTCTGTGACTTCAGCTAGCGTACTGCAAGAAAACCCCTGTGCTGGAGGCAATAAAGCATGCTTCATTAAATAGAGCTGAGCAAATACAGGGAAAAACTGTTAACAAACGTTCACTTGATCTGCAGTAAGAATTCACTGTAGTTGGGCTGGCATCCCTCTGAATTTTTCACCACAGTACACTTAAACAATCATATCTTGTTCACATCAATTCTTGCTGAATGCCAACAGTAAGACCACATGCCCATTTAGTTGCAAGTAAAAGGATGAGACTTCAAAGCTTTGTAATAGATGTGATACATTTTAGTGAGGTTAATTCACTAATCATCACAACAGGGAGAGAAGCTATCCTAAAGAGAGCTGGCCAAAAATTAAAAGGGGATTCTTATCATGCACAAAGTAATTTTTGTTTTTGTTTTTTTTGAAGTCTGTTTTCACTCTAGGTTGAGCTGAAAGACACAAACACACTGAACACATAAAGGAACCAGAAATGCTGGTATAAGTTTTACTTCAGAAGGAAAGAAATGGATTCAAAAACAGGAATGCTGGTTTTACTGAACAATGTTGTGCAGTTTATATGTTAGCGTGAGAAGTGACTCAGGGCTTTCTGGCTCTGTGTCCTTGCAGCAGGAAGCAGAGAATTTCACAGCATGGGGAAGGCACTAAGACAAAATGTCCCTGTGTGGAACTAGAAAAAGGTCTGCAGTTTGGGCACTGTTCAGTCTTTAGTTCCAGTCTAGGGATATGGCTGTCATCATTGTGCATGAGCATTATTTCTAACAGGCTTGATTCTAAAGAGAGGAGGAAAATAAATAAATAGATCAGAATTTGAGTAATCAAAAAACAAAAACAAAACCAACCAAAGGGACCACAGTTTCTCCTTTAGATGTAGGGTATTCAAGGTCTCTAACCACCTCTCCTCTGAGAAAAAAAGATCTCTTTGGTATTTCTGTATTTTTCCCACACTCCTTTTCCTCTGTTAGTTTACTCTAGCCTTCTCAAGAGAAATCTCTTTCATTTCTTGTTGAATTTTGAGTCCTCAGCAGGGACTTAATCTCCTTGGCTAGTTTTCAGCACCTGTGGTATTTGGCACAAAAATGAGACTGGCTCCTTTTCTGCGCCATCAAAGAGATTGTATGGCCTATTAGTCGTAAGACTTTCGGTTGCTGGGTTTCACAGTAGAGTGCCTGGAAGTTTAGCTTTGGTCATTTAGCCAAGAAGTGGTGACTCCAAGGGTTTGGGGTCTGGATGGATCCATGAGGCAGAGATCCTCGAGCTAGGAACCATTAAGAAGAATGCCCTCGCTGTTGTAGTCCCAACCTAGAAACTGGGTACCTGTAGGGTTCTTGAGCTTTTCACCTGGAACATCTACATGAAGAAAAAAGACTAAAATGCTGACTAACTCCTACATAGGCTGAGACCAGTAATTTGGACATGACAAAAATTATTTGGATCAGAAGGCGTTTTGGACAGATTATTTTTTTAGCATAATGAGTTGCAGGAAGTTCTGATTACCTTCAGATGAGAGTCTCTTTTTTGACCAGGTGACTTCAGGTAGCTTGCGGGTGGGAAGAAGATGGATGTCTTAGAGCTGTAGGTAGGATAATTAATCTTTATCTAAAATCCTCTATTTTAAGTATGCACACAAGCATGGCCTGTGAGGAAAAGGCCAGATACCACTTGTTACTGACTGTACCTTTACTATTTAACTACACTTAACCCCATGCACATGGGAAAAAGGATATAACTGATCTGAGAACCAGTTTTATGTGGCTGGAGGTGCTACTCTCTTTGTAGGTCTCATAAGAAAATTAAAACCTTTTTTCATCCAGTACATTTCCAACGTATTTCTCTTAAATTGCTTTAAATCACCATTAAAAACAAACAAACCAAACAAAAAACAACAAAAGCACCTTTTGTGTGCCCTTTAGTCTATTTTCTTACAAAAACAGTAAGGTTCTTGAATTTGTTTGATCATTTCTGGCTTACCAAAAACCCTTTTAGTGAGCCTACACTACAGTTACTGTTATTTTTAAACAAAATGAAGAAAAGAATATTAAAAACAAGGACTCTAATAAAAAAGAAAAAAATACAAACAGAAGTATTGATTGATTGAAAAGCCTTGCCTTAATGTTCTATGCTTTTAGTTTTTAAATTTTCCCTTGATTTGGTGGTTACCTAAAGCAGAGTGTCATCCTTATAGGATTTACTCTCTTGTCTATCATTATTATTATTATTTTTTTCAGAAAGGTCAAAAGTTAATTATTGTTCATGGGAAAAATGATTTTAAATGCATGTTTTAAATGTTAGGCTTAAATGTTAACTTTAAATGTTAAATCTCTTAACTTTTTGCGCGTGGGTCATAAATGCAGAAGAAATACGTCAGTCCAATTTTCCTTCTCATCACATGTCAAGCCCTTAGAATTAATGCAAAAAAAAACCAAAAAAAACCAACCTTGAATAACTGAAGCTTTAGATAAATCATAATCCTACGCAATGCAGAGAATTGGCAAGTTTCCACAAAATTTCTGAACATCACCTGGTGCAGTGTTACTTTTGTGGAATGAACCTATTGCTGTGGGAAATATTAATACTTCAGATGCATTTTCAGATTTTTTTGACGGAAGTCTTGTTTCTTTTTCTTATGTTTCTTTAGGAGTTTTTCTCCCCTCCTGCTGTTTCTGGCCAGCTCTCCTGTGTATTGTGGCCCTCTTCACCCTATATGCCTGTTTGGTGAACACTATTGGTGCATTCAGTCCACAGAACACAAATACAATATTAAATTTTTTGTGAATTCAGATAGTAAATTAGCATATGTAAGCACCAGTTTATTTTTTACATATTTCACAATTGGTGTAAATTTGGCTACAAGCCTTTTGGTTATAAATTATTTTCTCAGCTCTAATTAACTACTCACATTGATCATGGTCAACTCCTGACATGAATTCCCTACTCATGAAGTTGATTTTAGTGGTGCCTTCATCCTTTTTATTGGTTGTTTCTTTTAGGCAAACAAGGTGGCTTTTTGTAGCAAACCCTTGCCCCAGTTTTCAATTTTTATTTCTCTTTTTATTGCTACAAAAATGCTTTTCCATGCTTATGTGCAACAAGGGTCACCACCTTTCAAATATTGTACTTGAATAAACAGCACACTCCCACTCTGAATGACAGCAATGCTGTGGTAGTAAAACATGGTTATGTAATTAAGGAAAAAATTTGTTCATGCCTTTTACATTCTAAATGGGGAGCTTTTGCTTTTTGCAAGCAATTGATTGCTACATGATGAATATTCAGAATGGTTCAATCAGCTTTGGGATAGGTGGTAGCCCTGTCTGTAATGACCCATTTACATAAATGGAAAATTCCCAGTATCTATTTCATTTTATTCATACTTCTGTAACTAGTTTACTGGTTTCCAGCGTTTCTGTACTGTATTAGCAGCACTTTGACACCATCTCTGATTTCCTGTCGTTCAAATCAATTCCATCTCCTAATTCTCCTCACTGTTGTGAAAGCAGGCCACCCTTGTTGACTGATGTTGTGTGAGATTTGGTAGCCCAAGTGGTTTTGTGCTAGGAATGGACTTGCTATGCTTATGTTGTGGGAGGAAAGTTAACAATGAGGAGGAGTACATCTAGCTGATGTACCTACTGATTCAGTCTGTCATCTTCTGTTTGGGAAGGCAAAGACAGTAAGTGTAAAATTCCATTCTATTTTATTAATATTTTATATTTTTCTTTTCAAGGTGAGTAAACATGGCATTTTCTCCTTCTCCTCCTCCTTCAAGGGACTTCGAAAAGTGCTAGTAATCTTTATACTTCTGGGCTAATTTCTTCCTTTCATCAGTTGCTTGCTGCAGCTGTCTTGCCTAGATGTGATTTGTGAACAACCAGAAGATGGTCAAGATTGACCTTCTCAGAGGCTGTTCATTGCTTACATCATTTGATGTCCATCATGTTAAAAGCCTTTGAAAATAAAGACTGAAATGTTGCAAAGGAAAAGGTGGAAAAGTTTCATTAGATCTGTTTAGTCTGTGGCCCTTACACCAGCCGACACCATAAAAGGGCTCCGATTCTTTTGTTCATTTAGCTAAGCTTGCTTAGAACTACAGCGATGATGCAATAATACCAAACATCTCTCTTTGAAGATGACCAAACTGACATCCACAAAGGAGAGGTTACCTCTCTAGATGCAAGTTAGAATTTACATATGGTGCACAGTAAAGGTATGCTTTACTATCAAGTATTTTGCTGAATAACATTATCTGTTTGTAAAAATACTCATCACCTTGTTTTGTGGACAAGGTAATACACATTCATTTCTTCAGTTTCATGTGCAAAGACTAATGATTACTTCTGTCTGTTATTCTTCTGCATGTTTGCAAGCAGAACTTGTGTATGTTTTATCAGCTTTTTTGCCTTTCATCTGCTATAGACGTGCAGTCGTTATCATTGTAGCAAAGATTTAGGTTGTCTTAACACTACAGATGTAAGTATGCTTTAAAAATAAGAAAGTGAAATAACATAGTTGTGACGTAGCATATCATACTGTCTTTCAGAGGGTAGAAATTAAGGAAAAAAAAGTAATGGTGGAGCCGTAGACTAAAACTCTTTCACTAGTATGCTTATATGCATCTTCCCACCACGTTCACAGCCAGGAAAGGAGCCATGCTATAATGGGATTTAATAACAACTACACTTTAATGGTCTTTCATTTATTATTTTATTATTTTTTAAATTAGGCAGTATTTTCTTTTTC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Seq C2 exon
AACTCATTAAAGACTTCAACACGGCGAAAGAAGAGGACATCTTTTAAAAGAAAAGCCAGCAAAAGAGGCAATGAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000012890:ENSGALT00000021020:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.026 A=NA C2=0.800
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0013017=C1_1=PD(28.3=43.6)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]