HsaINT0047352 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000157680 | DGKI
Description
diacylglycerol kinase, iota [Source:HGNC Symbol;Acc:2855]
Coordinates
chr7:137294281-137304686:-
Coord C1 exon
chr7:137304570-137304686
Coord A exon
chr7:137294356-137304569
Coord C2 exon
chr7:137294281-137294355
Length
10214 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAACT
5' ss Score
8.63
3' ss Seq
ATTTCTCTCTCTCCCTACAGAAC
3' ss Score
13.76
Exon sequences
Seq C1 exon
TTTCACAATAAGGTGACCTGCTTCATGCTGCATCACATTGAAGAACCCTGCTCCCTGGGGGCTCATGCTGCTGTTATTGTCCCGCCCACTTGGATCATTAAGGTGAAGAAACCTCAG
Seq A exon
GTAACTGCCAGGACTCTGGTGCTGCTGGGCCAGTGCAGAGAAAAATGAACTGCTGCTTCGTGCTTTTCTCCCCAGACTAGTCTTTGGGTTCCTATGACCTCAGTTCACTCATCCCCAAGGCCCTGTGCTTAGCTTCCTCAGTTCATCCCATTGGCCCATCTCTTTCCCACTTTGGGCTCTCTCATGGAACCAGCCTCCCCATCCTAATGAATTCAAAGTTCTAGAGCAGGAATGTTGCCTCCTCATTCATGTGCTAATGATATTCTCTTTGATAGGTGCTCTTCCAAGTTTCATTGAGTACTAGTGGTGGGTATAGCTGATGCTTATACAACTCTGTTCTCTTCCAGCCTGGGCATTCCCAGAGGGTCAGTGTGAGGGCAAACTGTTCAGGCTTCATGGTTTGGTTAAGATTCCTGCCACTTCCAACCTGGAAGGCAGACCATGAATCATGACCTTCCTGAATACACAGGCCTGCTTAGAGAGTGACATTTGTTTTTTTCTTAAGGCAAAGTAGAATTTATTCTCTTAATATCTAATCTCATTCTGTGTTCTCCCCAGTGCACTTCCTGTCCTTGTGAGTATCCACCTCAGTATTCAGGGAAACCTTAGTGGTTTCTTGACAAGGTCGTAATCTTTGAAATAAAATGTTTCTGCCTTTGTACTATACATCCTTGACAGTTAGCTTCAAGTTATGGGATGGCAGATTTTTAATGCTATGGGAAGAGAGACTATACCTCCCTTAGGGTGCAGGTACTGTAGGAAGACTTATCAAATGCAATACCTTTAAATGATATGGTGGTCCTACTTCCTGTGGTCTCCAGACTCATCATGTGATTCATTCTCATTGACTCAGGTTTATTTAAAAACTGGTGGATCAGGGATACTGTTTTGCTTTCTGTGTTTTATATAAAGTTTAGACTCTGTTGATGAGTAATGTTTACGAATAAAATTATAGTCTATGGAAGCCCTTGGGATATTTTTTTCCAGAGGCAAGTATAGTGTCTACATATTAAAAAATGAGGAGCCTAGTGCTTCATTTTATATTTTAGAACCAAATGCCAAGATATGTTAAATGAGTTACCCAAGGTGATAAAACAAATTATATATAGTATTACTATTTGAAATTCAAGTGTACTGAATTCCAGTTTTTATTTTTAAATCTCTTTAACATTTCTACTTTAAAATTTTTTTTTTCTAAAATTTGGTAATCTCTCCAAGGCTTTACATTAAACATTCATTCAGTTAAATCCACATCTTTCCATTGAAAACCTCGATTGTATCAGGAAGGCTAATAGGCATTGCGATAAAATACGTGATCCTTACTCTTAAGAGTCTTGTTATGAAGTGGGGGGGAGGGCTTCATGAAGAAGATGGGATTTGTTCTGCTTTGTAAAAATGGGTGAGATTTAGGTCTGTGGAGTAGAGAGAGAGTAGCAGGCAGGAGAATGGCACACAGGCATGAGTACTGTGTCCAAAATTATATCCGTGGAACTGTGAGTCTAGTTTGACCAAAGTGCAGGGTTTATGCAGAGGGTGTGTGGGAGATGAACATACAATTGCTCAGGCCTGACTGTGGAGGAATTTTTTTTTTTTTTAATAACCGTGAACTTTATCCTGAAGTAGCAGCAGAGTTCCTTTTAAGCAAAGGAATGATAGAGTAAAAAAAAAAAAATATATATATATATATATATATATAGTATTTTAGAAAGAAACAAGTAGCAAGAGTGTGTAAAATAGCCTAGTGGTATGGGAATTTGGAAGTCCGCAGACACACTAGTTAGGAAAATCAGGGGATAATACCAGTTTGTAGGGAAATTGCAAAGTTTACTCTTCTAAACCTTAAGAAACCCTTTTTGTTATGGAAATTTTCAAGCAAATGAAGAAAAAGGTTATAATGAATCCTCTAGCCATCAACTTTTCTGCCATTCTTTTTCATGTGTCTCCTGCTACTTCATATTTTCATTTTATGAATTACCTTTTTCTTTTGAGATTCACATGCAGCTGTGAGAAGCAATACAGAGAAATCACTTGCACCCTTCCAAAATTTCTTCTCATGGTAACATCTTGCGGTATTACAGTACAAAATCACAACCAGGATATTGACCTTGATTCAGTCAAGATACAGAACATTCCATCCCCAGGAGCATCCCTGGTGGTCCCTTGTCAGGAGTCATATCCATTTCCTCCTGGCCTCACCCCATCTACCCCATCTTCCTGGAAGTGGAATCCCCCTACTTTTTCTTTAACTAGAGTATTTTAAAACAAACATTAGACAGCATACCACTTAGTCTGTAAACACTTCATTATGCTTCTGTAAAAGATAGCATTAAAAAAATCCAAATGCCATTATCTCAGTCATGTTAATAATCCCTTAAAATTTTTTCCTGTTGTCTAAAATATATCTTTTTTTACTGTTTTTCAAGTCAGGATCCAAAGTTCACAACTGCCTTTTGTTGACGTAGTTTTTAAGCTTCCCTTAGTATAGAACAATACCCCCTGTTATTTGTCAGGCCACTTACCCGTTGATGAAATTGGGTCCCTTTACCCATAGGATTTCCCATATTTTGATTTTGGCTGATTCTTACCATGTTTCCAAATTATTTCTCTTATTGCCCATATTTCTTGTAAACTAATATTTAGACCCAGAGACTCAATTATATTTAGGTTTAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTAAAAGGGATACACTGGCAGTACATTGCCATCACAGGAAGAGGATATCAGCCATTTCACTCTCAGTGATGCTAAGATCAATCAGTGGGTTCAGGAACTGTCATCCTAATCTGTCTATCATAAAGTTCACCATCAGCTTGTCATCTATTGTTATCTATCAAAGAGTTTTGCCAAAGTCTATTATTGCATTAGGGGTTGCCAAGGAGTCGTTTTCCAATTTTCACTCTTTTTAGCTATGATTTTTAGAAAAGAGACCTTTCCTTCATCCCAACAAATACATGACAAACGTTTGAGTATTTGCCTTTATTTGTAAGTTTTCAGAATAATAAGCTGATGCCTTAGCAACCCTTATAGGATGTAGTAGTGGTTGTTTTTTTGGAGAGTATCATTACGAAATTACTTAATTATGTTTTTATGTATTATGTGTTTTTCCAATACGTTGTCATCATTCTTCTTCCTATGTTTATATTGTTTCATCTCCAACCATTGGAACCTCTTCCACATGGTGTCTGTCTTCACATTTGTTATGAGCCATGAGGTTTTGAGAGCTTCCTTGGTTTTAGGAACAATACCATGTCCCAGGATCATTTAATGCATTTCCTGTCCATACCTGGAATCAGAGTCTTGGTTCTTTCTCTAGAGTCTTGGTTACTTTTAATGGGATATGGGATTTATAGCTCATAGTCTGGATGCACAGTCCAAATTCATTATTCAACATGTGCCTTTTTATTACCGTCTATGATTCAGGACAATGTAGTAATAATAATAGTAAGAAGAGCTAACATTTATATGTGTTAGGAAAGTTTTCAGTATTTTACATTCAGTATCTTATTTTATCATCATAGTATCCTATGAGCAGGTATCCTGTTATTCTTACTCTATATCTGAGGATTGTGAGGCACAGAGAAGTCAAATAAATTACCCAGGGTCATATAGTTATTAAATAGTTTGAGATGGGACTTGGACCCAGGAATTTTGATTCCAAAAAACAAGCTCTTATTGGTATGCCACACTGCCTCACTATCTTTCTGTAGCCAGCCTTGCTGAATCAGATGTTTTAAAAATTTTAGTAGTCTTTTCTTTAGTGGGCTTCAAAGCCATCAAGTAAGTTAACCAATGAACCATAGTCTATTTAAAAGCTGAGGTATGGTGAGCTTGTGGGGACAATGCAGCAGTGGTTAAGAGCTTTCTGACTTTTGAGCCAATACCACCTGGGCCCGTAATAACCTTGCTGTAGCCACGTAACTAATTTGTGTAATACCGAACAATTAAACTCTTCTATTGAAACTCTTCGACACCAATGTTAAATTCTATAGACATAAAAAAACCACGAGGAAGAAAACAAGGAGAAAAGTCATTGTGTCTCTGATCTGTTCATAGATGACAGTAAAAACTATAGTTTGTAGTGTGTGGATCATGGGTGGCAAGTTTTAGCCATGATTTGGAGGTCAATATATTAGAGAATTCATTTAAGACATTGGGAAGTGACTAACGGAAAATTTGGAACATAGGTGGAGAATAGCAGAGTAAAATGTTTTTCCAAATTTGAGGATACACACACACACACACACACACACACACACACACACACATACATACATATACACATATATGTATATGTATCTATATTCTATCATACTGCTTCAAAATAAATAATAGAGAAGATGTTCTTAATTGAATTCAGTTCATGTTAATTTAACTACATTCAGAGATGCTATTGTATACAGTAGGAGGTCCAAAGATGAATCCACCGTGATCCATTTCCACAAAGAGTATACTCAATAGTGGGGAATATAGCTAGAACTATCTAAGTCACTGGGCAGAGTGTTTGTGGATTTTGAAAAATTCAGCTGTGTGTAAATCCTTAATAAAAGAGTGCCTCCTACTATCTCGGAAGGTTTGCTTTTTGGTCAGTATGCATCTTTGGGAGAAACACACAAAGGATGGTGAGAGGAAGGGGCCAGACAGGTTGGTTGAATCAGCCATGGTCAGCATCCAAGGTGGCCTATCTATCCAAGGTGGAGAGTGGTCAGTGCTACCTAAGATGTATAAACACAGTGTGAATATGAAGCAGTACGGAGCATTTTCGGTCATGGGGATCAGGGTAAGCTAAATAGAAAATATGCCATTTGTGGTAGGCCTTAAAGGATGTAGGCAGTGTCAGTGAAACACGGGTTGAGAAGGACAGTAAAAGTTGATAGAACTAACTGAGAACAGTTAAGATGGATCTTTAAATAAAGTCAGCTTTATTTGGGATATTTGTGTCTAAACAAGTGACTCTAGAGAGGAGGAGTAAAGGA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Seq C2 exon
AACTCCCTGAAGGCTTCAAATCGGAAGAAGAAGAGAACAAGCTTTAAAAGAAAAGCCAGTAAAAGAGGGATGGAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000157680-DGKI:NM_004717:8
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.027 A=NA C2=0.880
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0013017=C1_1=PD(28.3=43.6)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)