HsaINT0047352 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000157680 | DGKI
Description
diacylglycerol kinase iota [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2855]
Coordinates
chr7:137609535-137619940:-
Coord C1 exon
chr7:137619824-137619940
Coord A exon
chr7:137609610-137619823
Coord C2 exon
chr7:137609535-137609609
Length
10214 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAACT
5' ss Score
8.63
3' ss Seq
ATTTCTCTCTCTCCCTACAGAAC
3' ss Score
13.76
Exon sequences
Seq C1 exon
TTTCACAATAAGGTGACCTGCTTCATGCTGCATCACATTGAAGAACCCTGCTCCCTGGGGGCTCATGCTGCTGTTATTGTCCCGCCCACTTGGATCATTAAGGTGAAGAAACCTCAG
Seq A exon
GTAACTGCCAGGACTCTGGTGCTGCTGGGCCAGTGCAGAGAAAAATGAACTGCTGCTTCGTGCTTTTCTCCCCAGACTAGTCTTTGGGTTCCTATGACCTCAGTTCACTCATCCCCAAGGCCCTGTGCTTAGCTTCCTCAGTTCATCCCATTGGCCCATCTCTTTCCCACTTTGGGCTCTCTCATGGAACCAGCCTCCCCATCCTAATGAATTCAAAGTTCTAGAGCAGGAATGTTGCCTCCTCATTCATGTGCTAATGATATTCTCTTTGATAGGTGCTCTTCCAAGTTTCATTGAGTACTAGTGGTGGGTATAGCTGATGCTTATACAACTCTGTTCTCTTCCAGCCTGGGCATTCCCAGAGGGTCAGTGTGAGGGCAAACTGTTCAGGCTTCATGGTTTGGTTAAGATTCCTGCCACTTCCAACCTGGAAGGCAGACCATGAATCATGACCTTCCTGAATACACAGGCCTGCTTAGAGAGTGACATTTGTTTTTTTCTTAAGGCAAAGTAGAATTTATTCTCTTAATATCTAATCTCATTCTGTGTTCTCCCCAGTGCACTTCCTGTCCTTGTGAGTATCCACCTCAGTATTCAGGGAAACCTTAGTGGTTTCTTGACAAGGTCGTAATCTTTGAAATAAAATGTTTCTGCCTTTGTACTATACATCCTTGACAGTTAGCTTCAAGTTATGGGATGGCAGATTTTTAATGCTATGGGAAGAGAGACTATACCTCCCTTAGGGTGCAGGTACTGTAGGAAGACTTATCAAATGCAATACCTTTAAATGATATGGTGGTCCTACTTCCTGTGGTCTCCAGACTCATCATGTGATTCATTCTCATTGACTCAGGTTTATTTAAAAACTGGTGGATCAGGGATACTGTTTTGCTTTCTGTGTTTTATATAAAGTTTAGACTCTGTTGATGAGTAATGTTTACGAATAAAATTATAGTCTATGGAAGCCCTTGGGATATTTTTTTCCAGAGGCAAGTATAGTGTCTACATATTAAAAAATGAGGAGCCTAGTGCTTCATTTTATATTTTAGAACCAAATGCCAAGATATGTTAAATGAGTTACCCAAGGTGATAAAACAAATTATATATAGTATTACTATTTGAAATTCAAGTGTACTGAATTCCAGTTTTTATTTTTAAATCTCTTTAACATTTCTACTTTAAAATTTTTTTTTTCTAAAATTTGGTAATCTCTCCAAGGCTTTACATTAAACATTCATTCAGTTAAATCCACATCTTTCCATTGAAAACCTCGATTGTATCAGGAAGGCTAATAGGCATTGCGATAAAATACGTGATCCTTACTCTTAAGAGTCTTGTTATGAAGTGGGGGGGAGGGCTTCATGAAGAAGATGGGATTTGTTCTGCTTTGTAAAAATGGGTGAGATTTAGGTCTGTGGAGTAGAGAGAGAGTAGCAGGCAGGAGAATGGCACACAGGCATGAGTACTGTGTCCAAAATTATATCCGTGGAACTGTGAGTCTAGTTTGACCAAAGTGCAGGGTTTATGCAGAGGGTGTGTGGGAGATGAACATACAATTGCTCAGGCCTGACTGTGGAGGAATTTTTTTTTTTTTTAATAACCGTGAACTTTATCCTGAAGTAGCAGCAGAGTTCCTTTTAAGCAAAGGAATGATAGAGTAAAAAAAAAAAAATATATATATATATATATATATATAGTATTTTAGAAAGAAACAAGTAGCAAGAGTGTGTAAAATAGCCTAGTGGTATGGGAATTTGGAAGTCCGCAGACACACTAGTTAGGAAAATCAGGGGATAATACCAGTTTGTAGGGAAATTGCAAAGTTTACTCTTCTAAACCTTAAGAAACCCTTTTTGTTATGGAAATTTTCAAGCAAATGAAGAAAAAGGTTATAATGAATCCTCTAGCCATCAACTTTTCTGCCATTCTTTTTCATGTGTCTCCTGCTACTTCATATTTTCATTTTATGAATTACCTTTTTCTTTTGAGATTCACATGCAGCTGTGAGAAGCAATACAGAGAAATCACTTGCACCCTTCCAAAATTTCTTCTCATGGTAACATCTTGCGGTATTACAGTACAAAATCACAACCAGGATATTGACCTTGATTCAGTCAAGATACAGAACATTCCATCCCCAGGAGCATCCCTGGTGGTCCCTTGTCAGGAGTCATATCCATTTCCTCCTGGCCTCACCCCATCTACCCCATCTTCCTGGAAGTGGAATCCCCCTACTTTTTCTTTAACTAGAGTATTTTAAAACAAACATTAGACAGCATACCACTTAGTCTGTAAACACTTCATTATGCTTCTGTAAAAGATAGCATTAAAAAAATCCAAATGCCATTATCTCAGTCATGTTAATAATCCCTTAAAATTTTTTCCTGTTGTCTAAAATATATCTTTTTTTACTGTTTTTCAAGTCAGGATCCAAAGTTCACAACTGCCTTTTGTTGACGTAGTTCTTAAGCTTCCCTTAGTATAGAACAATACCCCCTGTTATTTGTCAGGCCACTTACCCGTTGATGAAATTGGGTCACTTTACCCATAGGATTTCCCATATTTTGATTTTGGCTGATTCTTACCATGTTTCCAAATTATTTCTCTTATTGCCCATATTTCTTGTAAACTAATATTTAGACCCAGAGACTCAATTATATTTAGGTTTAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTAAAAGGGATACACTGGCAGTACATTGCCATCACAGGAAGAGGATATCAGCCATTTCACTCTCAGTGATGCTAAGATCAATCAGTGGGTTCAGGAACTGTCATCCTAATCTGTCTATCATAAAGTTCACCATCAGCTTGTCATCTATTGTTATCTATCAAAGAGTTTTGCCAAAGTCTATTATTGCATTAGGGGTTGCCAAGGAGTCGTTTTCCAATTTTCACTCTTTTTAGCTATGATTTTTAGAAAAGAGACCTTTCCTTCATCCCAACAAATACATGACAAACGTTTGAGTATTTGCCTTTATTTGTAAGTTTTCAGAATAATAAGCTGATGCCTTAGCAACCCTTATAGGATGTAGTAGTGGTTGTTTTTTTGGAGAGTATCATTACGAAATTACTTAATTATGTTTTTATGTATTATGTGTTTTTCCAATACGTTGTCATCATTCTTCTTCCTATGTTTATATTGTTTCATCTCCAACCATTGGAACCTCTTCCACATGGTGTCTGTCTTCACATTTGTTATGAGCCATGAGGTTTTGAGAGCTTCCTTGGTTTTAGGAACAATACCATGTCCCAGGATCATTTAATGCATTTCCTGTCCATACCTGGAATCAGAGTCTTGGTTCTTTCTCTAGAGTCTTGGTTACTTTTAATGGGATATGGGATTTATAGCTCATAGTCTGGATGCACAGTCCAAATTCATTATTCAACATGTGCCTTTTTATTACCGTCTATGATTCAGGACAATGTAGTAATAATAATAGTAAGAAGAGCTAACATTTATATGTGTTAGGAAAGTTTTCAGTATTTTACATTCAGTATCTTATTTTATCATCATAGTATCCTATGAGCAGGTATCCTGTTATTCTTACTCTATATCTGAGGATTGTGAGGCACAGAGAAGTCAAATAAATTACCCAGGGTCATATAGTTATTAAATAGTTTGAGATGGGACTTGGACCCAGGAATTTTGATTCCAAAAAACAAGCTCTTATTGGTATGCCACACTGCCTCACTATCTTTCTGTAGCCAGCCTTGCTGAATCAGATGTTTTAAAAATTTTAGTAGTCTTTTCTTTAGTGGGCTTCAAAGCCATCAAGTAAGTTAACCAATGAACCATAGTCTATTTAAAAGCTGAGGTATGGTGAGCTTGTGGGGACAATGCAGCAGTGGTTAAGAGCTTTCTGACTTTTGAGCCAATACCACCTGGGCCCGTAATAACCTTGCTGTAGCCACGTAACTAATTTGTGTAATACCGAACAATTAAACTCTTCTATTGAAACTCTTCGACACCAATGTTAAATTCTATAGACATAAAAAAACCACGAGGAAGAAAACAAGGAGAAAAGTCATTGTGTCTCTGATCTGTTCATAGATGACAGTAAAAACTATAGTTTGTAGTGTGTGGATCATGGGTGGCAAGTTTTAGCCATGATTTGGAGGTCAATATATTAGAGAATTCATTTAAGACATTGGGAAGTGACTAACGGAAAATTTGGAACATAGGTGGAGAATAGCAGAGTAAAATGTTTTTCCAAATTTGAGGATACACACACACACACACACACACACACACACACACACACATACATACATATACACATATATGTATATGTATCTATATTCTATCATACTGCTTCAAAATAAATAATAGAGAAGATGTTCTTAATTGAATTCAGTTCATGTTAATTTAACTACATTCAGAGATGCTATTGTATACAGTAGGAGGTCCAAAGATGAATCCACCGTGATCCATTTCCACAAAGAGTATACTCAATAGTGGGGAATATAGCTAGAACTATCTAAGTCACTGGGCAGAGTGTTTGTGGATTTTGAAAAATTCAGCTGTGTGTAAATCCTTAATAAAAGAGTGCCTCCTACTATCTCGGAAGGTTTGCTTTTTGGTCAGTATGCATCTTTGGGAGAAACACACAAAGGATGGTGAGAGGAAGGGGCCAGACAGGTTGGTTGAATCAGCCATGGTCAGCATCCAAGGTGGCCTATCTATCCAAGGTGGAGAGTGGTCAGTGCTACCTAAGATGTATAAACACAGTGTGAATATGAAGCAGTACGGAGCATTTTCGGTCATGGGGATCAGGGTAAGCTAAATAGAAAATATGCCATTTGTGGTAGGCCTTAAAGGATGTAGGCAGTGTCAGTGAAACACGGGTTGAGAAGGACAGTAAAAGTTGATAGAACTAACTGAGAACAGTTAAGATGGATCTTTAAATAAAGTCAGCTTTATTTGGGATATTTGTGTCTAAACAAGTGACTCTAGAGAGGAGGAGTAAAGGA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Seq C2 exon
AACTCCCTGAAGGCTTCAAATCGGAAGAAGAAGAGAACAAGCTTTAAAAGAAAAGCCAGTAAAAGAGGGATGGAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000157680:ENST00000288490:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.024 A=NA C2=0.848
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0013017=C1_1=PD(28.3=43.6)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
No suggested primer sequences
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INCLUSION PATTERN[edit]
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- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development