GgaINT0115194 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000015850 | SCAF4
Description
splicing factor, arginine/serine-rich 15 [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001012840]
Coordinates
chr1:103988551-103997408:-
Coord C1 exon
chr1:103997220-103997408
Coord A exon
chr1:103989754-103997219
Coord C2 exon
chr1:103988551-103989753
Length
7466 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
CTTCTGTTTCTTTGCTTCAGGCA
3' ss Score
10.28
Exon sequences
Seq C1 exon
CTACAGCAGCTGGAGTAAATGAAGACACTACAAAAGATGCATCTGTAGGAAATCCCATCCCAACAGTGGTTTCTGGATCCAGAGGGAATGCTGAAACTACTGATAGTTCCAAAATATATGCGACAGTTCCACCTCCCGTAGCACCTACTAATGTACCTGCTCCTGTCACCCAAGCTATTCCGCTTCTTG
Seq A exon
GTAAGTTCATTTTGTGTATATTCTTCTGTTTTATTGTTCTTTGAATTTATACTACATTTTGATTTTGCTGCTGACTTAGTTAATAGTGAAGTAAAGCAGATTTCTTAAAACTATTGAAATTTCTGTCCTTTTTGGCTTTTAAATATTTTTAAATAGCTGATTTTACAAGAAGCAGTAAAACTTCTAGTCAAGATTTGTTTTAAAAACAAACAAAAAAGCCATAACATTTAACTTAGAAATAGAGGACAGAATGCCATGTTGTCTCCTTTAACAAATGGAGGTTTTTACGACATAGAAAATTAACTTAAAACATTTGTATGGCATATGAGCTGAGTTTTAGACTCAGCTATTACATGTATAGAGGTTACTAGAAATTTATCTTTACAGCAGAGCAGTATTTTTTTAGTGTATTTTTTTTAAATCTCTGAAAATATGGTATACTTTTTATGTATGGAATGAATGATTTTAATAAAATGGTTAAAAAAACAACAAAGAACAAGTTTTATTCAGTCCTGTAGTTCTCTAGATTTCAAAACCTTCTACCAAGTTGTTACCTTAGAAGTGTCCCTTCATGTATCACTGTCAAGAATACATACACTCAGAAAACATTTTTCTACTGAAGTTGTCCTATTTATGGTATTCTAGATCTCTAACTAAGAGCCTGACAAGCGAATGGGACATACAGTTTTAAGTGTTTTTCTGTGTAGTGCATACTGCAAAACACCAAAAAAAATTGTCTCCCTGAGTTCTTAACTGCTCTTTCACATTTGAAGACTACATTTTCCAGTTATGATTGGGGATTTTTGAATGCTTCGTGTTAGGAACCCCATGTGAGAGCTTTTAAAAGAAGAGATTTTTCAAAAACTGAAGTGCCTCTTCTCTCTGAAAATCACACCTTTAAAAGTGAATATCCCAAACTGTGATATTAGCAGTGATAGTAGCTGAATATTTATAGAGTACAGAAAGGTGATGTTTAAGAAATAAAAATAAATAAATATCTTCCCCTCTTAATGACCAAATTGATTTTTTAGCAATTGTAACACGGTATTACCAATAAGCTTCAATTATTGTTGAAGTTTTGCAGTGTCTTTGTACAGCACAACTGGAACTTCTTATCCCAAGCCAGTGTGTCTGCAATTTGCTGTATTGCTGTACACAAAACAAAAATATTTTATAAGGAAGATTGGAGTGAAGTAAATGAAATACTTGTGTCCATTACTCGGGTGGTAGCTTTCTTATTCTTACAAATTCAAGGAAGCTGAATTTGGTAAACCTGAAACTGAAGAATTTGGCTTTATTTCTGTTAGTGTTTACTGAGTAGTCGAGGTGGATAAAGCTGTCCATGGGATCAGAGTGACTTCTCCCAGCAGTCGGTCTCATAACAGGCAGATAGAAATTTTCTTCTTTTTCTGAAACTGTCTGCTCACGCATTAAGACAGACTTACAAAGTGGACTTGAGAGAATAGCTAAGAGATCTGTGTTTCTTTAAGTCAATGCATTTTTATGTTAATGAGCATCTTATTTCAAGAAGTTAGAGAATCAAGAAGTTAGGTGAAGTCCTTCCATCTTGACATTTCGGAGCTAAGGGGAGCTATTCACTATCACATATATGATACAAAAAAATAAGTTTCAGTCTTTTTTGCTTTTGAGTCTTTTCAGTAAGTTAACACCAATGAAGCACTTGTGTTAAAACCACCTCAATTCACTTAACAATGGAGTGTAACTTTGCATGTGGAAGTCCAGATGCAGTCTCCCTGTGAGCTAGAAGAAAACAGTGACAGAGGTGATGCTTACTGCTATGCATGCTGATCAGATTGCGAAGTGTCCCTTGAGCCTTGAGCTCCCCGTCATCTGAGTTCAAGAGCTGGCTAGGCTGCATCGTCATTCCTTCCTTTTCACTCTGCATCAGGCTTCACTCCTAGGGAAATCAAAGCCTGGAAAATGGAGTGTGCCAAGGCTTCACCATGTGTGTGGGTGTGAGATGCAATCTACATATGCATCCCAGCCCAGGACTGGTAGGCCTGACCATTGTAATGTGTAGCCATAGTGCAGTCTTGTACAGTCCAGAAGCAAATGACCTGGATAAAGTAAGTGAGCAGGTACAGCATCACCCTCAGTTAGCCTTGGGGAAAATGCAGGTGAGGGGAGTTATGCTTCAGACTAACTGAACTTGTGTTTGCAAGCACATGGCTTAGCAATTTGAATATACGACTGATCGTGTGACTAGTTTCTCACGGAGTCCTCTTAAACTGCTCCTTATCATGCCTGTGATGGGGCTCTCCAAGCTGAGACGAAGGTGGAAGAAAGATTTGCTTGACAGCATCATGAAGTATGTCATGAGGACTGCTTGGGGAAGTAGGGGTAAAGGGGCTTGAGTAGTTTAACAAGAAGAATGAAGAGATGGTCTTCGAATATTTGGGCAGGATAGAAGAACTTACCTCAGCAAAGCTGAATTCGAGGAATGAAGATTGCTTTGAAGAGACTCTCAAATTTAAATTCAGTAACCTTGCTTGAGAATACCTTATGTAGACTGTACAAATACAGGAACTCTTTTCTAATTTTTGTAACTTCAGAATGAAGCTTATCTATCTGTTTGGTTTTTCATATGGAAGATATGTTACAAAGTCATTCCAAATCGATGATTGTAAGATTTCATATGCTTTCTTAGTATTGTAAGTTACGTTCTGTTTCACCTCCACTAATTTAATTTGTTCCTCCAGTGTAATTCTTTCATCACTTCCAACAAAGACATGTTTGTGCTTCAGTGGGGTGATCTCTTGTGGACATTGTCTATTCTTTTTTTTTTTTTGGTGTTTATTTTTTAAAAAACAAACAAACACAAAAAAAGACCTTCGGGTTGTTTTGATTTAGTTGTATCCTTGATCATATTTACTGTTGTTAAAGCTTCTTGTTCTTGATTGGAACAAGATTATCCAGATTGTTACTGGCTTTGTGAGTGTGTCCTCATGTGTCACTTTTAAAATGATCTGCCAAGCAGATATTTTTAGACTCCTTTTACATGTACATTCTGCAGAAAGTGACAGGCTTTATATCATTTCTGATTTGCCAACTTGTTCTTCCTGTTGAGCAAATGCTGTAACATGGATCAGTAATAAATTGCTGTTGCAGATGCTGTGTTTGAAATATTCAGATTGTGATCTATTATCTTGATTAAACACACCATATTGCAGCTGGTAGGTTTTTGTCTAATGCTCTCTTTACCAAAATTTCTACAATGATAATTACATATTATCAAAGAATAATATACCATAGTTTTCAGTGAGCTTGATATTCATTTTTCTGTTAATGCACGCTGAACCACAGTTCTTTGCTCCCTTGCTGGTTTGCTATCCAGTAACCACATGGTCTTTCTGTAGTATGTATTAAATTATGAAAGACAGTGTATCGTTTTCTCTGAGCTCATCTTAATGTTATCTGTTACAAAGTGTGTACGGGGACTAAAGAGGTAGGAGCATTTTCATAATACAGGTTAGGAACAATGGTAAACCTAATATGTTTCCAATTTTCTTAGGTTTGCCCATCTTAAAAGCGTAACACTGCATGCTTGCTAGTTATATATATGAATGTTACATTTCTAATACGTATGGGAATTCAGAGGTAAGGGAACACATCAGTTCTCAAGCACCATTGGTGGAATTCATTTTTGCCTTGATGAACCCCTTGTCTTGGATCACTGTAGTGTTAATGTTGTATAAAGTGGGAATTGTAGAAATCTTAACATTGGTAATCAACACTGAACACATACATAGTTGGGCTCTTGCTTCCTTCTTAAAGCATCTTAAATGAACAGGGGCAAACTCCTGTTGGCTTCAGTGATGGGCACTAACTGCTGAAAAATGTTGGCATTTATAGCAAGCTATTTAGGGTGTGAAGCGATATTAAGACTCTTCAATTTAGGCTTCTTTACGTTCTTGAGCTGCTCTTAAAGTGTTCTTCGTGAAGCACCAGAAAAAGACGCAAGACTCAAAACATTTTGTTTGGTACCTCTTCCAAGAATTCCCTGATGGTATATGATGTTCTAGTTTTAACAGTGTTGCCGGTGGAGAATGGTGGGAGAATTAATGTGGCATGCAGAATGGCGGAACATAAGCATCAGCCTCATCCTGAAACCCTTAGTTTGATGTTCTGCTGGATTCCTAAGTTTTTGACTTTGTGTTCTCATGTGTACTTCTATCTAAGTTGACAGTTGTATATGAAGCAAGGTGTTAAATGCAGAAAATGCCATTCCTCCACTTGCTTTCCTGTAACAACACATATGAGAAGCAGTTGAACAATTGTGAGATATTGTCATCTTATGGAGCAGAGTTCAGTTTAAAGAAAAGAAAAAGCCACACAACTAATGGGATGCCACACTCCTTTCCCACGTAAGCATTTTTAATGTGTCCAGCCAGAAGAGAAGATGATCAGGAACGGGATTACAGTGCCTTGGCAATCTGGCTTTTTACCTGATTGTCAGTACAGTAAGGACATCTGCTGTGAGCTCTCTGGATCGAAAACACTCCTTCAGGACTGATGTAGTATTTGGGCTGTTCTTTATGAGTAAAGTGAAAGCAGGACAATTTTGATACTGGGTGGCTGCTCTTGCATCTGTGAGAACATTCGGGTGGTTGGGGAGGGGGTCGTCCTCAGAGGAGTTCTTCACATTAAAGGCTTCTCAAGTGCCGATGGCCTTTCCTTATGCATTACTGGTAAAAGTCACATAAAAACGTGAAAGCAATCTGTATTTTTACACATTTGAACAGAATTAACATTTAGGTGTAAGGTGAGGATGACGTATCACCAGCAATAAAAGCCATGTCTTGCAATAAGAGCCATGGTTGAGGCAGCTTAAGCAGAGGAAGCAGCCAGTGAAAGGGATGGCTGGAGTGCTGTATTCGTAAGCAAGAAGACCAGGCTGCCTACAAAACGGCTTACAAATGTGAGCCCATATATAAAACAGAGGCTCAGACAGATAATAAATTCTATCACTCGTTTGCACG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Seq C2 exon
GCACCCAAGGAGTTGCACCACCCCCTCCGGCCCCTGTTGTTGGCTTGCAGACTCCATCCACCGGCCTCCTGGGCGCCCGGCCGGGCTTGATACCGCTGCAGCGACCGCCAGGAATGCCACCGCCTCCTATGCAGCGGTTCCCCATGATGCCGCCACGACACATGCCGCCCCACATGATGCACAGAGGGCCCCCGCCGGGCCCGGGGGGCTTTGGGATGCCTCCTCCCCATGGAATGAAAACCCCCTTCCCTCCGCCGGGCCACTTTGTTAGGCCCGGAGGGATGCCGGGAAGCGGAGGGCCCAGCGGACCCGAGGAGAACAGAGACGGGAGGCAGTTCAGGAACGACAGGCAGACGTTCACCCCTAACAGAGACCAGGAGAGGTTCGGAAGGAGATCTTTTGGCAATCGGGTAGAAAACGACCGCGAGCGCTACGGCAACCGCAGTGACGACCGAGACCACGAGCGGCTTGGTAACCGTGACAGGAGAGAATGGGGGAGAAGGAGCCCCGAGCGCGATAGGCATAGGGACATGGAGGACAGAAACAGACGGTCCAGCGGACATCGAGACAGAGAGAGAGATTCTAGAGATAGGGAGTCTCGCAGAGACAAGGAAGAAAACCGAGGAAAGGAAAAACCCGAGGTGACAGACAGGGCAGACGGTGAGAAAAACCACGAATCTCACAGCAGCAAAATGGAAGACGCAGACGTTGTTTCAGAACTTCCTAAAGGAGAGTCTGAACCTTCAGGTGTAAAGCCTGAGGAGGAGTTGACATCCGAGGCTACCTCATCCGTGGAACAAGCTGAAAAGGATCTGAGCGCGGTGGCGGAGGCTCCTCGCTAGGGACTGGAATCTCAGCCGAGGACAGGGACATTTGTTGGAGTGTAGAGCTTTAGAGTTGTACAGTCTGCTGTATTATACTTGCTTCTGCTTCTATCAGCCCCTCGGTAGTTGGCGGGGAATTGTAAGCAATTTGATTGCTTCCCTTCTATTTAAAATAGCCACAACGTAACACAAAAATACTGAAGATATGATTAAAATATTACCCATTTTTGCTGTAACTTTTTTAAAGTTTTGACTTTAAAAAGTTTACAAATCAGAAGTAGAAGTGCTTTCTATTTTTTTTTTTTTTAATTTAAGAAAAGGTAACGGTGAAAGCTCCTCAAAACAATAGGGATGTGTTTTTAATAAACTCTATTTTCGT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000015850:ENSGALT00000025555:21
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Human
(hg19)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]