GgaINT0120880 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000008461 | F1P302_CHICK
Description
NA
Coordinates
chr1:11449553-11456292:+
Coord C1 exon
chr1:11449553-11449635
Coord A exon
chr1:11449636-11456126
Coord C2 exon
chr1:11456127-11456292
Length
6491 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTAAGT
5' ss Score
9.72
3' ss Seq
TTTCTTTGCTTCTTTCTTAGAAG
3' ss Score
7.89
Exon sequences
Seq C1 exon
CCAGGAAATTGGACATTTCTGATACTGAAACATGCATAAGGAGAAGTCAAAATAAATGAAAGCAAGTTGAAACTAAGTTAAAA
Seq A exon
GTAAGTTAAAATTATGAGTATTAATTCACGTTATCTAATTGACTCTTCTAGACTTGATTTAATAGAGAAAACTGTCTTGCGTGAATTTGTTTATAAAACTGTTTCCTAACTATTCTCATAGATAGCAATTATTTCTTGACCCAGTGATTTTGATATCAACGTGCACCAATTTTTTTTTTCACTGTTTACAGTGACCATACTTCTATACAGTAAATCACTGTTAGTGTATCATATCTGAAACCATCTTGTGACACTTACTTTCAAGTTCATTTTCTCTTAATGAAATCAGTGTATTTATGGTATTGTACTGGGGCCTGTATCAATGCACAATTTACCCTTGATGCTTTATATCCTTTGAAAAGCAGTATCCTGAAGATACACTGTTGAATTTAATTCAAAATATTTCACAAACCATATTTTATAGACAAGTTAAAGACCTCACCATATTTACATATTGTTATCCAGTCCAGCTTTGCTGAGAACTCTTGTTTTATTGCAATCTCTACTCAATGATTTTTGCTTCTACACAAGGTTTGCCATGTGCACTTCTATGCATATAATTAAGCTTTATTTTTTATTTTTATGTTATATTTTCACTATTTACACTGAGATAAAATTTAGCTTTGATATCTTTCAAAAAAAACCATTCTGTGATATTGAGATACTTGATCATTTTGCATATTTGACTTAGTATAGTTTACCAAGTTCTAAAATTTGCTTGTTTCTTTTTTCCCCCCTTTGAGATACATAGTTATGAATATATATTCTTGAGCATAACCTTGTTGTCTTTTTAAGTATAGCGTTTTTTGTTAAAAATACTGGAGACATTTACTGTGTTGAACTGTTCTTCCTTTTATGTCAGATGAAGTTAAGTTTTTTATGCCTTTTTCCTGAAGGTCTTTCGTATGATGGTAAATTTCTGATTTCCCCCCTTCCCCAAGTTCCAACATCTTCCCTCCACAAACTTCACATAAAATTCAATTCTCATATTTCTTTTTTTTTTTTTTCCTAGCTTGATGGAAAAAAAATAATAATATAAATCTGTTTACTTTTGCTTACAACAATGATTGTTCTTTAAAAAAATGGCTAATTTGACTTGATTATCTGTTATTAAAAATAATTGAATATCTTAATTATCCCATATTTTAACTACTCAAGGTCATTTCATTATAAATATGATACAGAAATAATGAACATCAGTCTGAAATTCCTGCTGATACTACAGAAAGGGAATTTATCTCTTCTCTATTTCTGAAATAACACTTTGTAAAAACATTTCACTCAAATATGTTTTAAATCTTAAATCTCTCTGAGTGTTATGGACAGTATGTGGACAAATATACCCTCTTTTCAATTTTTCTCCCATCTTATTTTGCATTTTGCTGTACTATTTGGAAGAATTGCAATTGATTCTTGAAATTTAGACATTAAGGTGTCTTCCTATTCTTGATTTTATTTTTCCTCAAAGATTTAGTTTATTTCTGACATCCAACAAACATCCAACATGAATAATGACTAGTGGCACTGCTATGGGGCTATTATTATCTTCATAACTAAAAATCGTAAACATCTTTTTTTCATCTACCAAATGAAGATCTTCATCCAACTCACTTACATCAGTAGCTATCATAATAGAAGAAACATCTTTCATTACCGTAGCCAGTTTCAAGTTTAACACAACCAAACAAATAACCACTTGGGAAATTGCTGAAGTTCTGAAAGATATAATCCAGCTCTACAAGTGTAAACAAGAAAAATAAGGAAATAAAGCTCCTTACAAAAACAAGATTTCATTAAGGATCTTGATTCAAACATAAACCTTGAATTTAAATTTATTTATCTTCTCATTTGGAAAATTCAGTCTTGAGGCATTATGTGTTTGTTCTGGTTTGTGAAGTGGGATGCAAAGGTAGAAAGAAAAGAATGAGACTTCTCACATTATTACAAGTCTCCATTATGTGGTTCTTTAATAAAGCACTTACTATTGCACAGATTAGAGTGAGACTTGGAAACCCTGAAAACTGACATGTTGAATGCATCACCAGACTTGATTAATAAAAGCTTTGTGTAGTCTATGACACGTCCATAAAAATGAAGATTTTTCAAAGGAGACAGCAGAACGTTCCAGTGCTCTGTAAAACTATAACTCCTAAGCCTAAATATACAAGTATATTTTAAAAAGTTGGTCTGGTGGAGGAAGGAGAAATTGATTACCAATGCAGTAGATGATATCAGATAATTTAACAGTATTTTCTTTCCTTTAGACAATACAAGTAGTATTTTGATCTCATTATAATGTGCAAAACTAGTCTTTAGGCCTTTTGATGTCCTATATGCTCTTGATTGTCACAACATTGGTAAAACGTGGGTGATACTAGTTTTTTACAATGAAACAACAAGTGAGAAAACAAACCCTTTTTGTGGTCAGACTAAAATCTGAGAGTCTGATACTTGACTTGCTAAAGTATTTGAGCTCTAAGTAGCCTGAAACTAAATTCAAATAAAATTTCCTGACACTCTTACAGCTTAATATCAAACTTAATACTTTCTACTAGGTGTAACATTTTCAATTGAGGTGTAAAACTTATTCACATAGTTTCAGGATTGAGTGGCATGGTGATATTTTGAGCACAAATCTCTTTTTGGTATGGGAAACAGTCAAAAGAGAAAGAATATGATTCTGCTGCAATTTTCCCACTAGTCCAGTCGTTGTGGTTAACTAGACCAATGCATAATGGTTAAATAGGTTGTAGAATACAGGTGTGACAACCACCTAGTGGGTCTTCTAAGCAATGCTGCAAAATGATAATTTTCTTTATCTCTGTTTACTTATTTGGTGTAGACTGAAACTATTCCAAGAGAAGGCATTTTTTGAAATATTTTCCTCCAGATGTAATATAGTTTGAGTAAACTCACTTAATATTTAAGATCTCAGAAGACTATATAGAAACTTCATATAGAAAAGGTAGTAAGAGAACATAAGTTTTTTTTCTTATAGCTTACAGCAACATGTCTTTCACTGTGAGAAATATTTATTTTAAAGTGGATACTTTACACAGTTTTGGATAGTGTAAGTGCTCCAGTGGGAAAACTGTGGAGATCCTAAATGAGATGACAACATATTCACCCACTGCAGCATCCTACTGGAGTCACTATGGTAGTTTCCATTTCCCTGTGCACAGGCTGAGCTATTTTTTCTGTCTGACCATGGTTTCTATCATTTCAAGAGGAAGAAAGAGGCACCGCCCCCACTTTTTTCAGTAATACTTTGAGTCAGCCAAATAAATATCTTCTGTAAAGGGTTGTTTCTGTTAAGGGGGAAAAAAAAAGTTTATATTTGAGTACATTATCTGTTATTATTTTTGAATTTAAGTGGAATGTCAGACTTCTTTACTAGTATACATACAAATACAAGAAGCATCAGAAGGCGTGGCCCACAAAGTAATGATTAATCAAAGTTCAAGAAACTCAAATAAATGTCCATCACAAATTAGGAGAACTACACAGAGAATACTACACAGTAGCCTTTAATGTAAAACATTTATGGGACATTATTCTATTTGAGATCTTAAGAATTAAAGCACCTGGTTTGAACCAATAAAAACTATTTTTTGTTTTTTTTGTTGTTGCTGTTAGAGTTGCAAAATTAATGCTTTGCATTATTCAGATGGTTCTAACAGTCACACCATGTATTTGGCACTTCGCCTTTTGGATTATAGGCAAAGTCATAGAATGTTGTTTGAAAGCTCGAGTAAATCAGGCTGTTATGAATTGCTAAATGCAAGATCAAGCCCATAATCCTCTTTGGACAACTGCTCAGGGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAGAAAGAAAGAAAGAAAAAAAATGCTTTACTGTGAACTGGGTTTTTCAAGCAGAACATTTCTTGATTTTTTCTTGGATGATGTTATTTTTGCATGCTAGCTGGTGAGTTTGAGAAGCTGTTATCATAGGGAATAAAGATAATGACACTTATCATTAGATGGGAAATGTTAGCATCAGGAACTAAAAGAAAATACTTTGATATTTCTGTACGGATTCTTACCTCCACTTGACATGAAAATCTTGGCTGAGACAATATAAGAACATCTTGTAAGAAAATAGATTGAGACATTTACCACAAAAGCTTAATGGTAGATTTGTTTTTCTGCTGTTGTCTTAAAGAACAGATGCAATTCTTATTACAGCACTTTGGCTCTTTCATAGGTACATAAAAAAAAAAAAAAAATAGAAGCAAGCAGCTTCAGTGCAGACAAAATAGTTTCCAGTAATGATGCTAATACTTAAAGACAGAGTCCTATCATAACATTTCTCTAAGCATTATGAGTCATTTGGGGTATATGTGTGCTGTGCAAATTCAAGGCTGAAAATGCTTATGACAATTGATATGGATCCCAGACACAGTACCAAAATTGTTAACATTTGAACTTTTCAACAAAAACTTTTTCCTATAAAAATAATAGGCACTGGAACAGGTTGCTCAGAGAAGTTGTGGATGTCCCATCTCTGCAGGTCAGGGTTGGATGAGGCCCTGGGCAGTCTGATCTAATAGGAGGCAACCCAGACCATGGCAAGGGCTTGGAACTGGATGATCTTTAAAGTCCCTTCTGGCTCAAGAAGTTATATGATTCTATTATTTGGAGGAAAATTAATAATTTGTTTTCTGAAAATAGTTGTGCTTAGAATTAAAATTATGAGCTATTAGGTGCAGGGGAATAGCATTGCTCACCTTCAGTGGTTCCAAAAGAAGAGTAGAATGGATGAAGGGTTTTTTTATAGATACATTGCAGCAGTGATATTATTTTACTTTGATCTTCTCTTTCTCTCTCACTTTCTCTCTTAATAACTGAACCTTGATTAAATCTACTTTAAATATCTGTTCTATTTTTAGGTGTCTTAGGGCTAACTCACCACTGAGAGGTACGATTTAACTGAATCCTGTAAAAATGTGATCCCTTAGCAATTAGAATGGAAGTTCT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Seq C2 exon
AAGGTAAAGGAAAAAGGAGAAATCCTCTTCATGACTATAAAAAAACAGGCGAGTTGATGCTCATCAAAGTAAACAAAACACTGGAAGTTAAAACCAAGCTGCTAAATACCACTGAGCAGTGTGCCAAGAGATGCAGCAGGAACAAAGGCCTTTCATTCACTTGCAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000008461:ENSGALT00000039793:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.158 A=NA C2=0.126
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0002421=PAN_1=PU(50.6=73.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]