MmuINT0077564 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000028864 | Hgf
Description
hepatocyte growth factor [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:96079]
Coordinates
chr5:16553901-16561124:+
Coord C1 exon
chr5:16553901-16554018
Coord A exon
chr5:16554019-16560958
Coord C2 exon
chr5:16560959-16561124
Length
6940 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGT
5' ss Score
10.86
3' ss Seq
TTTAATTTTTGTATTGATAGAAG
3' ss Score
3.84
Exon sequences
Seq C1 exon
AGGGATCAGTCTGCTCGAACTGCAAGCATGATGTGGGGGACCAAACTTCTGCCGGTCCTGTTGCTGCAGCATGTCCTCCTGCACCTCCTCCTGCTTCATGTCGCCATCCCCTATGCAG
Seq A exon
GTAAGTTTACTTCTGCTTCATGGAGATTGGGGTTGCTTTAAGTCTCCTTCTGACCTTGCTCTTTCCTTCCAAGAAGCTCTCTGCCCTATTTCCAGCATCCTTTCTTAATTCCATGTGTGGTGTGGGCTTTCAAACCTCTCATTATGCTTTCTTTTGACATTCCTTTTCTGTTTGAAAAACATTTAAAATAATTAAAATCTCTCAGTGATACCCCCACCCCCCACCAGGCCCCACCTCATTTAGCCAAACAGTCCAAAATTATGGGATAGGAATGAAGTGCTAACACTGGCTGGAACTTTGCTGGTTTGGCCAAGTTTAAAAACGGAGACAGATTCCGAATTGAAGAGAGGAGAGTGATGGTCAATCTAACCAGGGACTCATGATTTCCCCAAAGGCGAATTTTCTGTAAGTGTCCATCCAGTCAACCTTCAGGTCCAAATTTTGACATTATGCAGGTCTTCATTTGGAGGAGACAGATTAAAGCTCTGAGTACATGCATGTTATAAAAATGAAACAGAAAGCTTTCCTTCCAAGCTCCCCTTCTGGGGGTGGGGGTGGGGGTGGGGGTGGGGTGGGGGTAGGGGATGTAAGGATGATCTCTCTTGCTGCTGCAGTGCAGGGAGGAACACTTATGTGATTTGGATTGATGCAGCAGAATTGTCCCCCTGTCTTCCTGGGATTTGCAGATCAAGGAGGAGACTCTTGGACTTGTTCGGATTTCCTGGGCATTTAGGGATCTCATCTGCTGGTGTAGGAAGTTATCTCTTATTATCAAGAGTTGAGGAAACATCTGTATTTAGTTGTATTACTATTGTAGTGGCTGGCCTGGCTTGCCAGTCTGAGAAGGCAGTGAACTTTGGGTAGACACGGAAATAAAGATTGTAATAAATGCACAGCTAGCAGATAGGTGACCTTTTAAGACTGGGAAAATAAAGAAACAGCCTCATGATTTGAGATAAGTTAACTATAATATTTATCACACCTCTGATCGAGTATCTGATGCAATACAAGAAGTAGCTAGTGCTAATAAAAATATTGAACACACCTGTTTTTCTGTGCTGGGAAGTGATTCCTTGTAGAATAAAAGACACTTTGGAAAGGGTCCTTTGAAACCATGTAGGCAAAGATTCTTGAACAAGTGGAAAATAACTTAAAGATATGTCATATCAAGGTTGATATTTACTGTGGCTTATTTAAGAGTGTCAGTCTAAGTTTTAATCTTGGTCCAGTTTGCTGGTTTCCCTTTCCAAAGATTAAAGTGCTATTCCATTGAAGTATGGTTACCTGAGCTGAGCTGAGCTGAGCTAATGTAAGATTTCAGTTCGGAAAACCCAAACAGTAGATCGACCATAGACAATGTCTATTTATTTTTTGGCGTGCGTTACACAGTTTTGGCAGGAGATATACATTTGTAATTGTATTTCACTTTGGCTAATGTTGAAATGACTGCGTTTCCTGAGTGTAGAGAGAGTGGCCTGAGAGTATGCTGGCAGGCCAGGGGAGGCCCATTGGGAATTACAGATAAATGTTATGAATAATTTCTGAAATGGATAATGCTAAAATTGTCATCAAAAGAGGGGCTGCATTTGCTGTGTTTGCAACCATGTTTTAACAGTTTTCATGTTTTAAATAACTCCCATAAAAAAGACAGGTAGCTTTCTTAGAATATGTAATGAGAGTGTGTTGTTTGAATTTTTGTTTACTATTGAACAGTTTGTTGTTATTCATATTCTTCATATAGTAAAAGAATGCTCTGTTATGCTAACAGTCATGAATAGAAGGCATTAATTATATAAATACATTGTTAGGTTTTTTTCAGAAATATTTGGTGTGAACAAGCCCAACAGTTTAAATAGTTGATCTACTATATAGTGTTATTCTCCTTTCACTCACACTAAATGTTCTAAACAAATATTAAATACTCTGCTAAATAAAATTAAGCATTAAATGACTACCTGATGTATATATAGGTCTTGAGGGATGCAAGATTGAACAAACGAGAGAGCAACCTGCACATAGTGCTAAGAGAGACGCTGGAAAGTACAATTTCCAACTTCTGATTAAGACCCACAGTTTTTGATTTATTTGACACACGAAAACTGAGGTTTGAACATCTTAATTTTATCTTTGGTACTGAACTGAATTAGTTCAGTTAATTAAGGAACAGAATTGAAAGGTTTATATCCTAAGTGAATGAATTATGTAATTTTTTTCCTTATACCGAAGCTGGCAGCAACACTGCACTCATCTTAAGCATAATTTTGAAAACTTGTTTGACTATGTTTTAATAACTAACCAACATTTTCAAGTAGCAAAACAAAACAAAATTTCAGTGTTAGAAAATGTCCATTACTGCATATTTGAGAGTTTATAAGTTGAGTGTTCAAGCCACAAAAGGCTAAGAGGTGTGAGGTACCCAAGTCAAGTTTGAGACGATTAGTCACAGCATGAGTGGCACCCTAGTCAGGAGATGGCACGTTGTCTGAAATGCAGATGTAACAAAGTTCAAGAGAAGCCCCAAGAAGATCTACAGATAGCAAGTAAAGGTCACCTTTTAGGGCTGGTTTACTGGTCCCTAGTGTCAGGAGAGACTGTGGTAAGAAAAGTAAGATGGGAGAAAATGGTAGCACTGAATGCCATGCTAAACCAAGTGGTCTCTGTAGTGAGTATTGCAGGCAGCATCTGACTGTTTTGTAGAAACAGGACACTAATAGTTCCACTCCAGGGTGGTTGCTTTCCTTGCTGTGTGGTAAAGAGTTGCAGGCAGAGAAGGAAAGAGGAGACACTGAACAGGATGGGGCATCTACAATAAGGAATTCCAGAAAAGGAAATAGAAAAGGGGAAGACTTCAAAGCTCACCATGATCAATTTATTCTATATAATATCCTAGAGAGAAAAATTATGTTGCTTCTTAGCTGCCAATACTTGATCTAAATCTACCAAGTCTCCTCTGTGTCATTGTCTTCACTTACCATGAGGTTAGCTTCTCCTAGGGGGAGTACATTACTGTCAGAGTGAAGTCTGAATCCTAGATAATAACAGTGGAAACTGCAGCATCTTTTAGGGATCCTTGTCTTTAGGGGTTAAAAATCTCCAGTCACAAACCATTGCCTCCTCCCTTCAATTACTTGTAGACTTTCATCTTAACATCTTGCCAGTTCAAACTGTTAATCACGAATCATGTGGGTAGTTTTTTCAGTTATGGGGAACCAGATTCCTGCTTTTTCCACACCGTGCAAATCCTTGCTTTGCATGAATTTCCTTTGAAGTCCATGGTTCTTCCACACAGAAGAAAATATATGAGGTACTGAGAGAAGCGAGTGTGAGGCCCAGGGACCAGAGGGAGAAATGTGTCTGTCTTCAACCACCTTGATATGTTTGACCCTGTTTTCTGTTTATAGCTTTTCACCAGAATCCTGATGGTCTCAGTTCTAAAATAGAAGACTTCAGGTTCTTCGAGAAACATAATTCCAGAATGTTTTCCTAAGCTCGAGAAGAGAAAGGAACATAATTTAAAATATTGGATAGCTAGACAAATTTACAGTGCTTTCTTACCCTTTGATTTTATTTTAATATTCTTGTTTATAAACTTGAGCTAACAAACACATTAAAAATAGTTGACACAGATCTGACCCAAACATACTTCTGATTTTTTTTTCTGCAAATTAAGATTTAATTTCTTAATTGCAGTAAAGCAAGCATCAGTTGACACTGGCTGAAGAGATAGTGAAATCTATTTTCAGCAAAAGAGTCTTTTTCAGATGCTGACTTTGAATGACTTCTATTTTGATTTTTTTTTCTCTTATTGAAGAAGTAATTAGTTTTATAGATGCATGAATTAAATGATGTATAGTAACTTTGAACATTATAGTTTTGAGTCATTAGTTACTGGTCTAGTATAAAGTACTGAGTTACAAGGGGAAGCTCACATGTCCCAGTGTGGAGGGATGCTTGGTATCTGGTTGTGATTGGTCCATATTAGCTCTGAAGTGCTGGCGTTTCTACTTACTATGCAATAAAGGGAGATTAGGGATTTATTTAATTTTCTGAATGTTTTTTGATCTTTAGTCATGGAACACTTATTAGCAAGCAAGAGTAGCTTGTTTTATGAGGCAAAACCATACATTAACACATTTCAATAGGACAACTGAGGATCTGTGAAACTAATCAGAGCCAATAACTGCAGAGGCCTCTTTCCTAGGCAACAGTTTTCACGCTCACTTTTATGGCTTTGACTGGAGGCTCTGTTTTGAATGATAATTACCAAAATGCCTTAGGAACTTAATGTTTATCATTAATAATTTTGAAATTATTTTTATGTTCTTATTTTACACTTAGACACATACAAAAACATACATAAGACCAATGCCTATTCTTAGCTGGCAGAATGGCAGAATTCATCTATCTATTTGTCTGTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCATCTATCCATCCACCCATCCATCCATCCATCTATCCATCTATGTATATATATATAATATATATACATATATGTATAAATTATATGTTTATACATATATGTATATGAATTGTATATATTGCCTATATTGTATATATACAATATTGTGTCTATACACTATGCATATATATATACAATTCATAAATGTGTTAATATTATATATGTTATACACACATTATATATATATACATATATATATATATATATATATATATATATATATATAGTCAACTTTGGATAAAGTTGTTTTAAACATAGATTTTTCTCAATGTATGCTCCTATCACAGAAAATATTTAAATTTATAAGAAATTTTCATACTGTGAAATATTTAGGAGTGCCAAGGAAGTCATGAGATAAGGTCACAGAAAGAGAAACTCATGAGAGAAATTTATATCCCTCTTTAACAAGATTTTGTGACAGTCATGCCAATCTTCAAAATATGCTTTCCTCTGTTGTAAGAAAAACAAGTTACATCAGAAGTTAAGTGATGAAACTTTAAA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Seq C2 exon
AAGGACAGAAGAAAAGAAGAAATACACTTCATGAATTTAAAAAGTCAGCAAAAACTACTCTTACCAAGGAAGACCCATTACTGAAGATTAAAACCAAAAAAGTGAACTCTGCAGATGAGTGTGCCAACAGGTGTATCAGGAACAGGGGCTTTACGTTCACTTGCAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000028864:ENSMUST00000199581:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.018
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0002421=PAN_1=PU(52.9=80.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types