GgaINT0120879 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000008461 | HGF/SF
Description
hepatocyte growth factor precursor [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001025541]
Coordinates
chr1:10471388-10484013:+
Coord C1 exon
chr1:10471388-10471692
Coord A exon
chr1:10471693-10483847
Coord C2 exon
chr1:10483848-10484013
Length
12155 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTAGT
5' ss Score
8.02
3' ss Seq
TTTCTTTGCTTCTTTCTTAGAAG
3' ss Score
7.89
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AAGGTAAAGGAAAAAGGAGAAATCCTCTTCATGACTATAAAAAAACAGGCGAGTTGATGCTCATCAAAGTAAACAAAACACTGGAAGTTAAAACCAAGCTGCTAAATACCACTGAGCAGTGTGCCAAGAGATGCAGCAGGAACAAAGGCCTTTCATTCACTTGCAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000008461:ENSGALT00000039793:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.107
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0002421=PAN_1=PU(50.6=73.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]