RnoINT0070562 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000007027 | Hgf
Description
hepatocyte growth factor [Source:RGD Symbol;Acc:2794]
Coordinates
chr4:15498155-15505362:-
Coord C1 exon
chr4:15505051-15505362
Coord A exon
chr4:15498321-15505050
Coord C2 exon
chr4:15498155-15498320
Length
6730 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGT
5' ss Score
10.86
3' ss Seq
TTAATTTTTGTATTTGCTAGAAG
3' ss Score
5.24
Exon sequences
Seq C1 exon
TTGGGGGGGGGTTAAGGAAAGGAAGGGGCTGGAAGAGAGTAAAGGGCTGTTGTTAAACAGTTTCTTACCGTAAGAGGGAGTTTAGTCCTAGATCTTTCCAGTTAATCACACAACAAACTTAGCTCATCGCAATAAAAGCAGCTCAGAACCGACCGGCTTGCAACAGGATTCTTTCAGCCCGGCATCTCCTGCAGAGGGATCAGCCTGCTCGAACTGCAAGCATGATGTGGGGGACCAAACTTCTGCCGGTCCTGTTGCTGCAGCATGTCCTGCTGCACCTCCTCCTGCTTCCTGTCACCATCCCCTATGCAG
Seq A exon
GTAAGTTTACTTCTGCTTCATGGAGATTGTGGTTGCTTTAAGTCTCCTTCTGACCTTGCGCTTTCCTTCCAAGAAGCTCTCTACCCTATTTCCAGCATCTTTTCTTAATTCCAAGGGTGGTGTGGGGCTTCCAAACCTCTCATTTTGATTTCTTTGGACATTCCTTTTCTGTTTGAGAAACATTTAAAAACAATTAACATCTCTCAATGATACCCCCATCCCCCCACCAGGCCCCACCTCATTTAGCCAAGCAATCCAAAATTATGGGATAGGAATGAAGTGCTAACACTGGCTGGAACTTTGCTGGTTTGGCCAAGTTTTAAAAACGAAGACAGATTCTGAATTGAAGAGAGGAGAGTGATGGTCAATTTAACCAGGGACTCATTTCCCAAAGGAGAATTTCCGATAAGGGTCCATCCACTCACCCCTCGGGTCCAAATTTTGACATTATGCAGGTCTTCACTTGGAGAAGGTGGATTAAGTTCTGAGTACAATGAATGTTATAAAAATGAAACAGAAAGCTTTCCTCTCCAAGCTCCCCTTCTGGGGATGGGGGTGGGGGTGTAGGCATGATCGCTCCTGATGCTGCAGTGCAGGGAGGAACACTAATGTGACTTGGATTGATGCAGTGGAATTGTCCCTGTCTTACTCTGATTTGCAGAATGAGGAGGAGACTCTGGGACCTGTTCAGATTTCCTGGGCATTTAGGGATCTCATCTGCTGGTATAGGAAGTTATCTCTTATTATCAAGAGCAGAGGAAGCATCTGCATTTGGTTGTGTTATTATTGTAGTGGCTTGCCTGGGTTGCCAGCCGGAGAAGGCAGTGAACTTTAGGGTAGGCACAGGGAAATAAAGGCTGTAAGAAATGCACAGCCAACAACAGATAGGTGACCTTTTAAAACTGAGAAAACAAAGAAACAGCCTCATAATTTGAGATAAGTGCACTATGACATTCATCACACCTCTAATCTAGTATCCAATGCAATACAAGACGAAGCTAGTGCTAATAAAAAAATATTGAACCCACCTGTTTTTTCTGCACTGGGGAGAGATTCCTTGTGGGAAAAAAAGATACTTTGGAAAGGGGCCTTTGAAACTGTGTAGGCAAAGTTTCTTGATCAAGAGGGAAAGAACTTAAAGATGTGTCACATTAAGGTTGATCTTTAGAACGTTGCTTATTTATGGGTGTTAACCTAAGTTTTAACCTTGGTCCAGTTTACCAGTTTCCCTTTTCGACGATTAAAATGCTATTCCCTGGAAGTATGATTACCTGAGCTGAGCTGAGCTAATGCAAGATTTCAGTTTGGAAAACCCAAACAGTAGATCGACCATAGACAATGTCTATTTGTTTCTGGCGTGCATCACACAGTTTTGGCAGGAGACATACATTTGTAATTATACTTCACTTTGGCTAATGTTGAAATGACTGTGTTTCCTGAGTGTAGAGAGAGTGGCCTGAGAGTATGTTGGCAGGCCAGGGGAGGCCCATTGGGAATTACAGATATATGTTATGAATAATTTCTGAAATGGATAATGCTAAAATTGTCATCAAAAGAGGCGCCACATTTGCTGTGTTTGCAACCTTGTTTTAACAGTTTCCATGTTTTAAATAACTTCCATAAAGGAGGCAGTTAGCTTTCTTAGAATATGTAATGAGAGTTTTTTGTTTGATTTTTTTTGTTTAATATTGGACAGTTAGTTTGTTGTTATTTGCATGGCTATTCTTCATATAGTTAAAAAAAGCTCTATTATGCTGATAGGCAGTCATGAATAGAAGGTCTTATGTAAACACATTATTAAGTTTTTGAGAAATATTTGATGTGGATGGTCCAAGCAGTTTTGATAGTTGATCTGCCACATAGTATTACTCTCTATTCACTTACACTAAATACTCTAAAGAAATATTGAATACTCTCTAAAAAAAATTAAACATTAAATGACAACCTTATGTATAAGAGTCTCAAGGAATACAAAGTTGAACAAGTGGGAGAGCAATCTGTATATAGTTCTAAGGGATAAGCTTAAAATTTAATTATTTAAAGTAAAATTTAATAATTTAAAGTAAAATTTCCTAGTTCTGGTAAGACCTGCATTTTTTTGATTTATTTGACACATGAAAATTGAGGTTTAAACATCTTAATTTTATCTTTGGTACTGCACTAAATTAGTTCAGTTAATTAAGGAACTGGATTGAAAGCTCTAAATTCTAAGTGAATGAAATACATTATTTTTTTTTCTTATACCGAAGCCAGGAGCCCAGCAGTCATCTTAAGCACAGCTTTGAAAACTCATTTAGCTAACTAGCCAACATGATCAAACAGTGAAACAAAACAAAATTTCAGTGGTAAAAATGTCATTACAGCATATTTGAGAGTTCATTAGTTTAGTGTTCAAGCCAGGGCTAAGAGGTGTGTGGTACCCAAGTCAAGTATGAGAAGATGAGTCACGGCCACCTAGTCAGGAGATTGCAAGTTGCCTGAAATGCAGATGTAAGAAAATACAAAAGACGTTCCTAGAAGATCTACAGATAGCAAGTGAAGGTCGCCTTTTAGGATGGGTGTCCTGGGTCACTAGTGGGAGTAGAGCCTGTGGTTAGAAAAGTACGATGGGAGAAAATGGTAGCGCTGGATGTCATGCTGAACCAAGTGGTTTCTGCAGTGAATGTTGGAGGCAGGGGCTGACTACATTTGCAGAAACAGAACATTAACAGTTCCATTTCAATGTGGCTGCTCTCCTTCCTGTGTGGAAGAGTGTTGCAGGTGGAGAAGGAGAGTGGAGACAGAGAACAGGATGGAATATCTACAATAAGGAATTCCAGAAAAGAAAGTAGAAAAGGGAGAAACTTCAAAACTCACCATGACCAATTCATTCTACACGTGTCCTAGAGAGAGATACCATGTTGCTTCTTAGCTACCAGTACTTGATCTAAATCTGCCAAGGCTTCCTCCTCACTGTCTTTATTTACCAGGAGGCTAGCTTCTCCCAAAAGGGGGCAGGCGGTACTGTCAGAGAGTGGTCTGAATCCTAGATGGTAACAGTGGAAACTGGGACATCTTTTAGGGATGCTTGTCTCTAGGAGTTAAAATTCTCCAGTCACAAACCACTGCCTCTGCCCATCAATTACTTGTAGACTTTCAACTTAAGGTCTTGCCAGTTCAAACTGTTAATCACTAATCATGGGGGGGGCAGTTTTTTCAGTTATGGGGAGCCAGATTCCTGCTCTTTCCACACCATGCAAATCCTTGCTTTGCATGACTTTCCTTTGAAGTCCATGGTTCTTCCATACAGAAGAAAATATATGAGGTACTGAGAGAAGCGAGTGTGAGGCCCAGGGACCAGTGGGAGAAATGTGTCTGTCTTCAACCACCTTGGTATGCTTGACCCTGTTTTCTGTTTATAGCTTTTCACCAGGATCCTGATGGTCTCAGTTCTAAAACAGAGACTTCAGGTTCTTCCAGAAACATAACTTCCAGAATATTTCCCTAAGCTGGAAGAAGAGAAAGGAGCATAATTTAAAATATGGGAAAGCTTGACAGATTTGCAGTGTTCTCTTACCCTTTGATTTCATTTTAATATTCTTGTTTATACACTTGTACTAACAAACACATTAAAATAAGAGACACAAATGTAGCCCAAACACATTTTTTATTTTTTTCCTGAAAATTAGACTCAATTTCTTAATTGTTTGCAGTAAAACAAGGATCAGTTGATACAGGCTGAAGAGATAGTGAAATCTATTTTCAGCAAAGGAATCTTCTTTCTTCAGATGCTGATTGGATGACTTCCATTTTGACTTTTTTCTCTTATTGAAGAAATAATTAGTTTTATAGATACATGAATTAAATGATCTATAGGCACTTTGAACATCATAGTTTTGAGTAATTAGTTACTGATCTAGTATATAGGACTGAGTTACAAGGGGAAGTTCACATGTCCCAGTGTGCAGGATTCTTAGTATCTGGTTGTGCTTGGTCCATATTAGCACTGAAGTGCTGGCGTTTCTACTTACTGTGCAATAAAGGGAGATTAGGGATTTATTTATTTTTCTGAATGCTTTTTGATCTTTAGTCATGGAACACTTACTAGCAAGCAAGGGTAGCTTGTTTTATGAGGGAAAACCATACATTAACACATTTCAATAGGACAACTGAGGATCTGTGAAACTAATCAGAGCCAATAACTGCAGAGGCCTCTTTCTTACAGAACAGTCTTCATGCTCCCTTTTATTGGCATTGACCCGAGGCTCTGTTTTGAAAGATAATTACTTAAATGCCTTAGGAACTCAATGCTTATCATTAGTAATTTTGAAATTATATTTTTGTTCTTATTTTACACTTAGACACATACAAAACCACATTGTACATAAGACCAATGCCATATTCTTAGCTGGCAGAATGGCAGAATTCATATATATATACATGTATATATGATGGATTATATATAATATTATATCTATACAATATACATATATACAACCCATACCCATATATATGTATTTATATATGTATATATATTTACATATATAGTAAATTTTGGATAAAGTTGTTTTTAAAATAGATTTTTCTCAATGCATACTCCTAGTCACAGAAGATATTTGTATTTACAATAAATTAAATTGTTTTCATACTGTGAAATATTTAGGAGTGCCAAGGAAGTAGTGAGATAAGGTCACAGAAAGAGAAACATGTGGCAGAAATTTATTTCTCTCTTTAACAAGATTCTGTGTCAGAAATGTCAATCTTCAAAATATCATGCCTTCTTTCATTATAAGAATAACAGTTATATCAGATGTTAAGTGATGAAACTTTAAGAATAATACCAATACTCTTTAAAAATCCATTTTATTTCAATTACTAATTGTATTTTCAATATTTCCTTAAAATTTCAAGTAACTCCTTCTTAATTGAATATTTTTATAAGTTGAACAATTGATTTCTTGAAATTCCATGTGATTAAACAAAGTTATTTGGCAACTCAGTAAAAATGTCATAATTATCTG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Seq C2 exon
AAGGACAGAAGAAGAGAAGAAATACTCTTCATGAATTCAAAAAGTCAGCAAAAACTACTCTTACCAAGGAAGACCCATTAGTGAAGATTAAAACCAAAAAAGTGAACTCTGCAGATGAGTGTGCCAACAGGTGCATCAGAAACAAGGGCTTTCCATTCACTTGCAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000007027:ENSRNOT00000009763:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.018
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0002421=PAN_1=PU(52.9=80.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]