GgaINT0124003 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000001797 | GPSM1
Description
NA
Coordinates
chr17:8614492-8627294:-
Coord C1 exon
chr17:8627115-8627294
Coord A exon
chr17:8614652-8627114
Coord C2 exon
chr17:8614492-8614651
Length
12463 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCGGTAGGA
5' ss Score
8.18
3' ss Seq
GTGTTTTATTGTCTTTGCAGAAG
3' ss Score
9.92
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AAGATCAACCGGACCCCTTCGGATGAGGAATGCTTCTTTGACCTGCTGAGCAAGTTCCAGAGCAACCGGATGGACGATCAGCGCTGCCCGCTGGAGGAGTGCCCGTCGGAGGCTGCGGAGGCAGCAGCCACACCAGTCCCAGCCCTGGAAGAACGGATAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000001797:ENSGALT00000002770:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.667 A=NA C2=0.574
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0218812=GoLoco=WD(100=42.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]