GgaINT0125771 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000001692 | CAMSAP1
Description
NA
Coordinates
chr17:8888081-8892276:+
Coord C1 exon
chr17:8888081-8888161
Coord A exon
chr17:8888162-8892134
Coord C2 exon
chr17:8892135-8892276
Length
3973 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAA
5' ss Score
8.38
3' ss Seq
CACTAGTTTTCTTTTTTCAGGTG
3' ss Score
8.9
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGAACCTTAAAATGAGAGAGATAACAGAGAAAGAGATTAAATTAAAACAGCAATTAATGGAAAGTCCAGGACATCAGAAG
Seq A exon
GTAAAACAGTTTTGTCTTCAGTAATAACTCTGTGCATTAGTGATTAATGGCTTTGGGTATAAACATCTCAATGTTTTCTTTGTCAGGTTAATGTGAGGCATCCAGACCTCAAAACTCCTGTAATTTTGTGCGTGCAATTTGTTTGTGTTTCTTGGTGCCCTTCCTTTCCTTTCAATCCCTGTAGGATCTTTTGACTTTCCTTTTAGTTGGACTAAAATAACTTCTTTTAGTTTAGTAATTTCAGTAAACTTCACTCGGCTTTCACAGAACAAAATATATAATATATATTTTGAAAGCTTTTGGGGGCGTATTCATTTTGCATGAATTTATTGTCTAATTTCAATTTAGAAGCTTATTGCAGCTCTGTCTAGTGAGCATACTTTTAGTATTCGTATGTTATATGTTTGTGACTTTATTGTACCTTTTCCCTTGAAGATATATCACAATGCACTAATGCTGCAAAAACATAGTACACTTTCATTGTTGGAGAATGTAAAATAGACTTTTTTTTTTGGCAAACAGAACACACACCAGCTATCAGTGCTCCCAACGAATGGCTTAATAAAGCCTTTAGAAAAGCTCTACGCTCTTTCCTCTAGTTGGCATTGCTGTGCAAGGGGGATAAAATTATAATGTATGAACAAGGCACTGTTATTTGATTTCCACGTTGTGGCAAAGGTTTTATGTGCTTTATGTAAAATCATATCTTTTGATAATGAAGGACCTGAGAGCTGTTCAATTCACAAGTCGATGTCTGGTCCGAAGGATCCCATGTTATCAATTTGACCTACTGACTTTGGGGCCTCTTTTTTAATTTAAACTTCTCGACGGCAAACCCTCTGAATATGAAAGTGTTTCTTGCTGAAGTGCATTTAAGTATTACTGCTTATAACTTGCATTGCTGATGTTCCTTTCCTATTCCTACATTCCTTTCCTTGCTTCCTGAGCAGTCTCCTTCCAAATGGTATTGGAAATTAGTACCTGTAAGTCATTTACTTTTATGCCAGTTGTCATCTGCAAAATCATGGCTTTTTAAATTTCTTGGGATTGTTTGCTTCCATTTACAATGCTTCTTAGGCATTCTTTAAGAAATCCAACAATCTCTGTGTAAGCTTTCTGGTCATCGGGCTTAATTTTCATGACATGATTTCTGCATACTGTACAGCATATAGCATAATCACTTCACAGCACTTCAAAATTGTTCCCACAGTGCAGGAGTGAGGAATGTGGAGTAGCAGCAAAAAGCTAGAAGATTAACAGTGGTTGAAATGGTTACACTCACTATTTCTGTTGTAAATAGGCAACTGATGGCAGCACTAAGGTGATAGAAAAGCTGGTCAGTTTAAATGGTTGCTCAATCTTTGAATCCATTGTTAAGATACGTGGATGTCTGTACTAGTTCTGTATAGTGCCCTTGCATTGCCATGGTTGGTAAATCCAACCCAGAACACCGTTATTCATTGAGATGAGGTTAGAAGATTTGACAAACCAGTTTGGACCTATTGCTGTGAGGAGTGCAATTGTATGGTAAATGAAACTGAAGCTGGCATAATGGGAGGAAAGACAATATTTTTATTTTAGGGGAAGTGTGAAGATGGAAATAAAAATATATACAGGTTTTGGCTTTTTATATAGTGGAATTGATGTTGCTTGCTTTTAGTTGAGCTTCCTGGTTTTATCTGAACTTGCAGAGGTTCTCATTTGTTCCTGAGTTTCTCTTGGCCTCGATACCCTTTGTCCTCCACTTTGCTGGATGTGGTGCTTCTCATTTTCTGCCTGGGAGGATGAGAGCTGTTGTCTCAGTTGCACGTTCCCAAGAGTGGTGCAGCTGGAAAGGCAGGAGTGCTCTGGCCATCGCCTGCCCCACAGTCTGCCTTTCCACACCGAGCTCCATCTCTCCCTTCTTGCTCCTAATACTTGAAGTAGCAGTTGACAGCTCTGCCTGTGGCAGTGGGCTTGAAACTTCATGATCCTTGAGGTCCCTTCCAACCCAAGCTGTTCTATGATTCTATAATCTTGGGTTTGTTTCAACCAAATCTATGGACTGCACTGAAAACTTTAAATACCTGAAGTAAAGAGAATGGGAGAAGGGACCTGCAGGCTGATGCCAGAGCCCTGGCTGCCAGCCTCATTTAATGACTTGTGACAACGTAATGAAGTACTGACCTAGAGTTTGTCTGTCGTGTTCTGTGTGCTCAAAGGTCCCATGTCTATTGGGGGCCTACATTTGATAGCATTGCTAAGGAGCTGCAGAGGTTTACGTTGTATTTAGAGACTACTAAGTGAGAGTAGAAGAAACAGACACAGTATTGACTGTGGTTGGTTTAAATTCAATTGAAATTTCTTTCCCACTGGAAAAGAAATACGTTTCTATTTTAAATAGAGGAGGAACTAAAATACAAGACAAAATTCCTGTCGTTTCTTTTAATTTGTTTACTTCAACTAAGTGGATAAACGGTGAACCTTTTAAGCTAACCAGATCACCTTAGTGTGCACACTTGTTTTATCAGACTTAATGACCGCATTTCCAGGGCATAATGGATGTTGCTAATGCATTTGATTTGTTTCGTGTTTGAATAACCACCATCCTATATCTCGCTATTTCTTTTTGTGTAAGCCTGATCTGATGCATGCCATATCGCACTGCATGCTGGAACCAGTGGAATATGCTCGTGTGGTACAGTATGATTCACATTCCATTACATATCTGTGGAGTGCTCCAGGCTGGGGAAAAAAGATCGTTTGCACCTGGGAAAATAGCAATAGCATGTAGACATTGCTTTTAGAAATACTTACCTTTGCCAGAGAAACTTAACATGCTGTATTTATGTTTGTTCAAAGTAAATGGAACTGTTCCTTATTATTAAATTCTTATTATTAAATTGCATATGAGCAACCTTCTTTCTTTTGAATACAATTTTTCTCAGCCTGTGCCATTCTAAACTGACACGAGCGTGTGTGTGTGTGCAGAGAGCTTGCCCAGGTTATCTTGGAAAGTTTATGGTACCACTGATAAAATAAAACTTTCTTCTGCCTATTCAGGATGTTGTCTGTATAGCAATATGCTATGGCAGCACATGGATCAAAAGAGTTCAGAAGCTGTTAAGTGGTGTTAATGTACTGGTGTAAAAGGAATCTTTTCCATCACTGTAAGATCATTCTGTTGAGCTGTATGGTGTATTATTTTTTGCTTGCTGGATCATTTTGCTGCTGGGACTCGGATATAGCCCTCCAGTCCGGCACATGGATTGTTAGTAAACATCAGTGCTAAAACTTTTCTTGCAAAAATTGCTAGAAGCTCTGCCAAGACTTGTTCTTCAGATACTCATCAACTAAGCTCCAAATCATGTGAGGGTCCAGGGGTAACCAGTAGAAGTTTGATGTTGATCTGTGGTGAAATCAAGAAGAGTTGTGCCATTGATTTCAGACCTTCTCCCTCCTCTTGCAGAGCATTTTTGAGAAAAGCCATGTTTTTCCCTTTGCTATTGTGTACTGGCTTGCCTGGCATACAATGCTCTGAACCTCTCCAAGAAACCTTTGCTCTCTGGTGATATGGTGGCGAGTCTGTGTGTGGGTAACACATGAGAAATCACTAGTTCATCTTAATTTCTTTTCCCTGGAGCTTTAAATGTATACGTGTAAGTTGTCTGTTTCTCTTTCTTTGGGTCTGCTGCATTTGTGCATCTGCGTGGAAGGATTTTGACTTAAATTAGTTTGCATTAAGTTAAAATGAATCTATGAAGCTAGGAATTCAACGTGAATTGCTTCCAGATACAAGGAGAATATTTAAAAAGGAAGCAGTGTATTCTTCTGAGCTGGCTTCTATGGAGAGGAGAGTAAAACCTTATATGTTGTTTTTGACTTAGATATCTAAGTAGAATGCTATGAAGGATCCACCATAAAGAGCTTTCAGTACTTAACTACAGCTCGTGAGTTCCTTGGCATCACATGAACACTAGTTTTCTTTTTTCAG
Seq C2 exon
GTGCGTTACCGAAGAGACCATCTGTCAAGCAGGCAATTACCTTACTTCCCTTTGCTCGAGGATTTGATGAAGGATGGTAGCGACGGTGCTGCTCTGTTAGCTGTGATACACTATTATTGTCCAGAGCAAATGAAGCTAGATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000001692:ENSGALT00000002593:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.049 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0030726=CH=FE(17.8=100)
A:
NA
C2:
PF0030726=CH=FE(32.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]