GgaINT0137826 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000003693 | MACF1
Description
NA
Coordinates
chr23:5607851-5630008:+
Coord C1 exon
chr23:5607851-5608070
Coord A exon
chr23:5608071-5629946
Coord C2 exon
chr23:5629947-5630008
Length
21876 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAACG
5' ss Score
10.52
3' ss Seq
CCTTTGTGTTCTTTTCACAGATG
3' ss Score
11.79
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGGATTCCGGTGTGCGGGGCGGTTTGGGGCACCAGAGCCGTGCTTTGGGCGCTGGGCGAGGCGTGGAGGGCCGTGCCTGCGATGCGCCACGTCTTTCACCGCGTGCTGTTGGGTGGGGGAACCATACTGCCCTGGCAGCGCCGTGCTTCACATCACTCAGCCGGTGGGCAGCGTCCCGCAGCCCTCCCCACACCACACCAGGTGCTGTCTCTCTTCTGAGATTACGCCGTTAAACCGGGCAATCCCCTTTGGTCGGGGCTGACCGTGAGATTATGCTGAGCAGCCCTGGGAGGGGGGGCTGCCAGGTGGCCCCTCGGGCAGCACAGCACCGTTCGGAGCCCCTTTTCCCCCTTTGCTTTGTTTCTTGTATTGCTTTGTCACCCAGCACAGCAGGACAAAGCTCCCTGGTGCTGTGCAGTGTTGGCACAAAGCTCCCAGCCATCCCCCCCTGGAGGAGCCCTGCTGCCTGGACGCAGGGCTTGGGGCACCGCAGCCCACCCAGTGTGGGACCCCGGGGACAGCGCTGCGCATCCCCTGTCCGGCCGGGGCTGAGCTGTGCAATGGAAATAAGCCCTAAGTCCCGGCAATCCAATGAACCAAAAATACATGGAGCAATAAGCTGCCAATAAGCTGTGCCCGCGCCGGGCCAGGCTGTGGCTCCCAGCACAGCCCCATCCCACGGACCCGTGGGTAAGCAGCCTCTGTTCCCGTATAGCAGCGGGATTCGGCCAGCAGCTCTGGCACCGGCAGCGGCTCCTCTGTCTCTTCCCCTCATTTGAGTTTGTGCATGAAAAACACTGACCCAGAGCTGCCTTTGTGTTCTTTTCACAG
Seq C2 exon
ATGAACGGGACAGAGTCCAAAAGAAAACCTTCACTAAATGGGTCAATAAACACTTGATGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000003693:ENSGALT00000005857:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.860 A=NA C2=0.016
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0030726=CH=PU(12.9=61.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]