GgaINT0137826 @ galGal4
Intron Retention
Description
Uncharacterized protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:E1C245]
Coordinates
chr23:5293424-5316049:+
Coord C1 exon
chr23:5293424-5293643
Coord A exon
chr23:5293644-5315987
Coord C2 exon
chr23:5315988-5316049
Length
22344 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAACG
5' ss Score
10.52
3' ss Seq
CCTTTGTGTTCTTTTCACAGATG
3' ss Score
11.79
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGTCGTCCTCCGACGAGGAGACCCTCAGCGAGCGGTCGTGCCGGAGCGAGAGGTCGTGCCGGAGCGAGCGGTCGTACCGCAGCGAGCGCTCGGGCAGCCTCTCCCCGTGCCCCCCCGGGGACACCCTGCCCTGGAATCTGCCCCTGCACGAGCAGAAGAAGCGGAAGAGCCAGGACTCGGTGCTGGACCCGGCCGAGAGGGCGGTCGTCAGAGTTGCAG
Seq A exon
GTAACGCAGCGCCCGGGGTGGGGTCTCCCAGCGGTGGTGGAGGTGACGGCAGCGGCCGTCCCCCGTAGAGCCGCAGCGCGGGGTGCCCACGTTTGGAGCTCCGTGGCGCTGGGGAGAATACGGCCAGGGTGACCCTGGCGTGGTGGCCATCAGCTGCCATAGGCTGTTGGTTGGCACGGGTTGGGGTGGCCCTTGTTGGGTGTGTTTGTGCCCAGAGGTTGGGAACGGTGCTCACAAGTGAGCGGGGAGGACAGCCCGGCACAGGGCAGGGGGATGTGGCCTTTGGTGGTGGTGAGGTTTGGCTCCGTGGCGGCTTTGGGCACGGCTGCGGTTCAGGTCCTGCTCTCAGCTGATGATGGGTCACCCCCGGAGCTCGTTGGGTGACGTTAGGAGGCCTCATTAAGGGCTGAGTGGCTCCTTGCTGGAGCAGTGCCCCTGGCCAGACTCAGGCAGGAATTCGCCCTGAGAGGTTTGGGGTTTCCTCCCGGCTTTGGCTGTGTGCCGGGGCTGCTCCTTCACCCCGATGGCTTCTGGGGGCAGCCGGTGCCACACCGAAGGGCCACGCTGAGCCCTGACTGTGCTGGTGGCATGGGGACACCGAGTTCCCCCGAGGGCTCTCAGGGCGCAGCCCGTGCTGCAGGGTGGAGGAGGAGGATGCTGACAGCCATGCTGGGATGTTGGCACCTCCAGACCCCTCCAGGGAGCCCCAGGGAAACCTCAGACCCTGACTTTGGTCTGCCCACGGGAAAGCACGAGCCCCCGCCTCGCCCAGCACCGCAGTACCCATCCCCAGCACGGGCACACGGGGCTGTGTGTGCTCTCACGTGCTCAGGGCAGGAAGAACCAGTTGATTCAAATGAAGGCTATGCAAGCGCCGTCTGGGACCGGGGGGAGGCAAATGAGTAGGGTGCGGCCCGGCCCGGCCCTGCCCCACCGCCAGCGCCGCGGGCAGCGAACAGCCGCCCCGTCCCGCCCCGGTCCCGTCCCACCCGCACAGCCCCGCTGCGGGCACCGGGATGGGGACGCCGAGCAGCCATCGTCGCTCTGGGTCGATCCAACCCATGATTAAAGGCAAAGGGATGTCAGAGAATCCGGTCTCATGCGGGTTTCCCATTAAAAATAACTCGCGCGGTGCAAACAGACAGCGCCGAGCCGGGAAGAAAGGATTGGAGACAGTTTGGTGTCAGCGGTTTGCAAACGAGCTGAAATGTTGGTTCGGAGCTCTGCATTACACAACGCTCACCCCACACCCGGATGGATCCGGGTCGGGGGCAGCGGCTGCTGCGGGGCTGGGCTCTGCGAGCGCTGCGGGGACACTGCGGGCACAGCGCCGGGGTCGTGCACAGCTCTCGGCCCCTCTCAGCCCCCTCCCGTCCCCCCCGCGCTCTCTTTGCCCTGCGGGAGTGCGGTGACACCGCCGGCACAGCGCTGTCGGTGTGAGGCCGGGTGGTCACGGTGCCCTCTATGGCCACCGGAGCGAGGAAATGGGGACGTGGCGGTGTCCCACGCGGGGCAGAGCGGCTGGCAGTGGGGGCTGCCGGTCCGCGTGTCCTCCTGGGGGTGACGGCTGCGGTGGGGCGGCCGCTCTTTAAGGACCCCAAACACGTTTACCCCTCATCCTGCGGGGCAGCGCGGTCAGGGTTTGGGTTTGCTGTGTGGGTTTGGAGCGGTGCTGGGCGGTGATACCGGGCAGCGATCCGGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGGCTGCGTGGCGCGGCCGTTCTCCGCCCCTCCGCCCCGCGTCGCTTTTCTCGATGTGCCGCTGCCCTCAGCCCCGCCGCGCCGCGCTGTGCCGGCTGGAAATACCCGGCTGGGGGTGGCTGCGCCGCTGGGCTGGCGGTGAGTTTGGTCACGGGTTGCCTTCGGCGTACGGGAAATGAGTGTTTGTTGCTCGGGCACTGAGGCTTTCCTGCGCCTTCTTTCCCTTCCCAGCTCCCCTCCTTTCCAGGACTCTCGCCTTTGCTGTGAGTGCTGCATGGGAGCGATCCGTGGGGTTGTTGGGCTGCTGGATGCCGCCTCATCCCCACCGCGGGGCTCTCCTTGTCCTGCTGGGTCCCGGGTTTTCTCCCGGCTCATCCCTCCCCCACCTCATCCCTTAGGAACGGGCCTCGCGCCGGCAGCACAGGGGCGGGTGGGCTCTCGGTGCTGCCTGGGCTGGGAGCTGCAGTGTGAGCTCCCAGAAACACGGGGAGCAGCTTTCCGCACAGAGCTGCTTAATGAAAAATAGCCTTTACAGTTCAAATGAGCAGTGGGGCCTCTGCCTATGGCCGGACCAGTGGGCCCTGCTGCGGTGGGTGCCCGTTTCCCGGATGCAGATCTGTTCTCTCACTGCAGAGCAGGGGTTAAGCAGATGGCACATCCCCGTCATTTCTTTCTTTATCAGCCTCCCGGTGTAGGCAGCCGCGATGCTGAGCGTGACTGGGCTGGCAGGTAGGTGTTCTGCAGCACTGCTGCCGGACTGTGCTGCTCACAGCCGTGGGCGCCGCATGGGGCTGAGCCGTCCGACTGCACCCCGGCCCCGGGTGGGAGTGGGAATGGGGGGACGCGTGGGCTGCGGGGCTGTGAAGTGCGCTGATTGCAGCTCCCAGCGCCCTCAGTGTGTGCACACAGACTGAACTGGTCGCCTTCAGCCCCCCCTGGGGGCACAGGGGGCTCTGTGGACCTGGAAGTCAGTGGCTGAGCATCCCAGGTGCACCCCAGTGGTGTCACACCCAGGGGCTTGGTGCAGTCCCGGCCCCATTGCCTCACTGCTGGGCGGTGATGCCGGGACGTGCAGCCACGTGCTCCCAGCATCACACTGGGAGCAGTGGTGGGGCCTCTGGGGATGGCTCTGTCCTGGGATGTGCTGCTGCAGTGGACGTGGAGGGCTCTGAGCAGGAGGAAGGGGTCTGTCTGTGAGTACCAGCGCAGGGTTGGGCCCTGCTCCCATCGCACAGCCTGGCCCCACGCTTTGCCCTGCAGGAAATCACTGCTGGGATGCGGCCCCACACTGCAGGGGCTCTGCTGACTGCCCAGGTGCACCCGGTGCTGCATTTCTGTGCTCAGAGCGCTTGAACATTAATCAATCCTGGTGAAATCCTTCCTTCAAGATAATTAATGTTTCGGGGGGTCATGGGTAGAACTTCAGAGCTGCAGCATCAGCACATCCATCTCCCAGTCATTTCCCAGTCCGTCTCCTCGCCCTCCCTGCTTTCTCTCCCATCTCCGTGGTGCTGTGCATTGGGGTTGGAGCAGCAGGGGATGGGTGTCACCGCATCTGCCTGTTGTTAGGGAGGGGACAACGTGGGCCCGAAGGAGTCCTTGTGCTGTGCGGAGGGGAATAACCATGGCACGGATCTGCTGGGGCTCCTTGGGGTCCTCGTGTGGCTGGAGCTCTTTTTTCCCAATGATTTTTCTGTGCTGAGAAAGGTGGCCGCATGGCGTGTCTGGGTCTCACCTGCGCCCTGCCGGGCCGGTGGGCAGCCCCGAAGACGCAGGGATGGCAGCTGTGGCCGTTGAGCTGCCATTCCCATTCCATCCTGCAAAGATAAACATCATTCCTTGGCGGTGATGAGTGTGAGCTGCACGAGGGCTGTGCAGCCAGCGGGGCCGGGCAGCGCTGTGGAAGGAAATGCTTCTTCCTCTCAGGAGCTGCCCCTGCACGGGGCTGGGCACGGTGGCAATGGCATGGATGCCCCCTGGGGCCGCTGGCTCTGCTGCTGGGAGGCAGCGGGAGGTGCCGGCACCTCTGATACAGGCGGGCCTGGGGGTCAGGAAGGCGACGCAGCACACGGGCTGCAGCTGGCACAGCCGGACCTGTGAGCCACTGCTTTGCTGTGGTGGGACAGCAGGAGCTGCAGCCGCTGTTCCCCATGGCGGGACGCGCCCTGCCCCGCCTGCCCGGCGCTCTGCTGCCTTCGCGGTGCCGTCATCGTCTCCGTGGGACGCGGTGGGGCCTCTGGAGTGCTCCACCTGCGCGGGGCCGCGGCTGCGGGCACTGTGCCGGGCGGTGGGCGCTCCGCTGTGCCAGGAGAATGCCGACGTGCTTCAGAGAGCAAAGTGCCGGGCACTGCGGGCGGCAGCGCTGCGGTCACCGCTGGCACAGACGCGGTGCTGGTGGTACCTGGAGCGGGACAGCTTTGATCTCATTTCAGCTGTGGGTTGGGGCGGCCCGAGAGCCGCTGGCGGCACCTCCTTCTCCTTCCTTAGGTGGCACAGCGCTGTGTGGGGCTGTGCCCGGCCCTCTCCTCCCTTCCCAGGGGGGCACAGGGCTGCTGTCCCGGCTGCTGGGTGCCCGCCAGCCCCGTCCCTGGTGCTCTCCTTTGTGTCTGTGGGCTCAGAGCAGAGGGAGGGGATCACCCCGACCTCCCGGGGGGAACCATGTAAAAGGGATTTTTTTTCCTTTGCTGATTCCTGGAAGCGTTCTGACGGCATTGTTTGAATACCAAGGGTGATGAATCCCTTCATAGGCACCTAAAACAAACCCCTGACTGCGGTTCACCATTCCTGCCATCCCTGCAGGAGCTCCCGTGGGCTCTGCTCTGGTCCGGGTGCGGTCTGTGACCTCCGGCACCGAATCAGCTCTGGTTGTGTGGGGCTGAGCCGACGCTGTCAGCTCAAATCCATCGCATCTCCAGGAAGGAGCTGTGCGCACCGACCGCCGCTCGGTGGGGAGCAGCGGGCAGAGCCGGGTGGCACTGCAGGGCTGTGGGGCTCACCTCACCTTGCTGAGCTGAGCTCTGTGCCGGGGCTGCATCCCAGCTGTGTTTTCCATGGAGGATGAGGCAAGCGGTGCTGCAGGGCAAGGAGGGGCGGTGGGCGCGATGACAGCGCGGTGACGACACGCCCGGCACGGGGAGCGGTGCTGCTGTAATTACAGGGCTGATCGCGGCCATCACCTGCACTGCACGTCCCTACC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Seq C2 exon
ATGAACGGGACAGAGTCCAAAAGAAAACCTTCACTAAATGGGTCAATAAACACTTGATGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000003693:ENSGALT00000005857:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.865 A=NA C2=0.024
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0030726=CH=PU(12.9=61.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]