GgaINT0143410 @ galGal3
Intron Retention
Description
NA
Coordinates
chr27:3877530-3883354:+
Coord C1 exon
chr27:3877530-3877640
Coord A exon
chr27:3877641-3883299
Coord C2 exon
chr27:3883300-3883354
Length
5659 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTGAGT
5' ss Score
8.95
3' ss Seq
TGTTTCTGCTTAATTTCAAGAGA
3' ss Score
4.9
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTCACGTGAATGTTTCTGCTTCCCTTGCAGCTTGCTATGGGATCGTCCAGGTTCCTACTGGGCCGTGGTTCTGTAGGAAGTGTGAATCTCAAGAGAGAGCCGCCAGGGTG
Seq A exon
GTGAGTACAGAGCCCAAGTGTTCCTATGGGGAGCAGACCTGGGCAGGGCCCTTCATGCCACAGCCCTGACCGAGGGATCCCAGCCCTGCCCATACCCTGCAGTGTGACGTTAAGCACGGAATTCACCCCGAGGGACCAAATCTTTCCCTTCATTTCTTATTCGTGCAACAGGAGGAATTATGTCAGAGGGTTCTCTAACCCGTCTCAATGAGAGCGCTGCCAAAGGAGCTTGTAAGCCAAGCTGACAGCGAGAAAAACGTTTGGATCTGGAGACCTCAGACGTAATGGTGCGCTTGGAAACGGCTGTGGCTGCTCTGTGCAGCTCCTCAGAAAGTTTTGCAGTGTTGGAGAGTTGCCATCACCTGAGACACTGCTGCACGGGCTGGCATTTCTATCTTGCTTGCAGCAATGGTCTCCTGCAGGAGGGGTTTGTTGCATAGAGGAAGGAAGTGCCAGGATGCTGGACCAGGGCTTTGTTTCTGCCTAAGTTGCGATTTAGCTGCACGCAACACTTTGCAAACGCTCTTAATTAATCCTGGCGTTTCCTGGTGAGGCAGAGAAGTGGAACCCATTGGGCCAGGAGTGCCCCTGAGGTCCGTCTGTGGGGCAGCTATTGGTGTGGGCTGTGAGGTTATAGCACAGCAGCTCCTTGCAGTGCCTGCCCGTGTGAGCCCTCATCAGACAGGGCTGCACCAGCTGCTGCTGAGGGCCGGGCTGTGGATCTGTGATGTGTCAGCTGGAGTGGAGACGTTGCCTCTGCTCTGCCCTAAATCCAAGGTAGTTCCCCGCTTCGCTTCCTTCCAAGTGGGTTTGGATTAAACCGTGGCCTTTCTCAGACACAGAAGGGCTCAGCTGGGATGGTCAGCACTGGCGGATGCTCACGCTGCCTTCTGAGCTGGTTCAGCTCATTTCTGGGTGAAGCCAACAGAGGGGATCCGTGCAGATGTGCGCTCCACCCCAGCTGCGCTCCGCTCCCTGCAGGACAGAAGTGTAATCTGCTCCACAGATGGGCGAAGAACTTGGCAAGGATGGGCGGATGGGGGAAGTAGGTATCTGTGCCATGCATCCTACATGGCAGTAACTCATTCCTCGTTGGAAGGGGGAGTGTAAACAAGACCAGACTTTCAGACCTGAGCTCTCCTCCCTTTGTGAGACGCCGCTTTTATGTGTGTGGCAGTAAAGAGGATCAAATGTGTCTCTGAGCAGCTTTACATCCTGCAGATCGTTTCAGAGCAAAGAAAGGAATTTGGGCTTCGTGAGCCTCCTCCCCCCCCCTCTCCCAGGCAAAGAGAAGCCCTCCAGTGGAGCATCAATGCAACCCATAGTAGTGCGTGTGCGCACAGCTCCTCCTCACCTGCGCCCATCACAAGGGTTCTCACTTTCCCTTTGTGCTTCAGGCACTTCCAACTGCTTCCAAGGTGGCAAGCAAACATCACCCCCACAGGTGGCTGCTTATTTAGCTCACCCTCACTGAAATCCGTTGGACTCTGCATGGTGGGCTTCAGTCACACCCTTCCATCCCGCAGCATTCAGCCCTGCTGCTCTGATAACCGAGTGGTGATAATCTTCCTTCCCAAGCAGAGCTGGGGGCAGCTTCCTATCCAAATCCTTCACCTTTCCAGACATGGCAACAGATGTGCAGATGGGTAAATGCATGAAAAGAGCCTTCTTTGATGTAGTGTGATCAGAGTGAAGGAAAGGAGTCAGGTCCCGGGCGATGCGCACAGCTCTGCTGCTGCGGTGCCATCGGATGCGTGCTCCGTGGTGCAGCACTGCCGTGGGTATCCCTGCATCTCTGCTGCACTGCTGCCCGCCTGCAGACACTGCCCTCAGAGGATCACTGCTTCCTGAGAGCAAAACCCACTGCCAGCAGCGGGACGAATTGAGATTTGTGTTTCCTTCATTGCAAACCCCTTTGGAAAACAGCAGCGCCTTTCTTCTCCGCCTGCCTCCGCAGATAAAGCTTGTAACCAGCTCTGAGGTTCCACAAGCGTGTGCATTGCCTAAATATTGATACCTCTGCTTTGAAAGCAAGATAGGAAGGTGCAGAGGGTGCTGCTCTTTGTGGTTTCTGTGTCTGTCCTTTAGAGGGGGTCCATCTCCTCTTTGGCTTTGGATGGAGCTCAGTGCCCTGACCACAATGGGATGCTCCCATGGCTCTGCGTCCATAGCCCTGGCGTGGGGGGGGAGCAGGGGGTGGTCAGGAGCTCCAACGTTGGTTTTAATCAGCCAACCCTGCTCTTTTCCCAGAGAATTAAAGTAAAAACCCCGAAGGCTGCACAGGTTGAGTGAAAAGAGGAGGCACCGTTAATCCCTGCCCGCATCCCGGCTCAGATGCGCGGGTCCCTAAAGGATGCAGCCGATGCTGCTTTGTGCTTACCGTAAGCAGCTCAAACCCATCCACTTTGTAATCAAATTGTCTGGCGAGCCCGGTGAGCTGCGATGGCCAGAGGGCACTCATGTGAGGGATCATGTGAAGGCTTTAGCTGTCATTTAGAGGCAGGGCTATTAAAAGTCTTGTGTGGGGCCGATGGAGCTGTTAACCCCTCTTGTTACAATCAGAGCTTTGCTAATCGCGTGGTGGGAGAGCCGCTTTGATCCGAGGGGTGGAGGGGAGAGCGGAGGGGCCTTTTCAAGTGCAAATTTCTTATTACAGTGTCTCAGTTCACCCAGTTCTTTTTTTTCCCCTGTCTTGGCTTTCCATGCTAATTGTGAGAGCCTCTCCGTCAGTCGGGACCCAAGCAGCAGCAATGTGAACCACGTGTTCCAAGCAGAGTTGCAGGGAAAGTGAGGTGGGCACTGGTTTTTGTCCCCTCATCACTTATCTGTGCGTTGTGGTGGGGATTTGAGGGCTGGGATGAGCCTCCCTGCTGCCCGCAGCACTGCAGTCCCATCGGTTGTGTCTGAACGTCAGCAGGAGGAGCAATGAGCTCCAGGAGGGTGCCCACCTCTATGGAGGGTCTTTGGGGATGGGTGCAGATGCCCACCTCTATATAAGGTGTTTGGGGATGGGTGAGGATGCTCACCTCTATGGAAGCTCTTTGGGGATGGGTGAGGGTGCCCACCTCTGTATGAGGTCTTTGGGGATGGGTGAGGGTGCCCACCTCTATATGAGGTCTTTGGGGATGGGTGAGGATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAGGATGCCCACCTCCATGGAAGGTGTTTGGGGATGAGTGAGGATGCTCACCTCTATATAAGGTGTTTGGGGATGGGTGCGGATGCCCACATCTATGGAAGGTGTTTGGGGATGGGTGAGGATGCCCACCTCTATGGAAGGTGTTTGGGGATGGGTGAAGGTGCCCACCTCTATATGAGGTCTTTGGGGATGGGTGAGGATGCTCACCTCTATGAAAGGTGTTTGGGGATGGGTGAGGATGCCCACCTCTATGGAAGGTCTTTGGGGATGGGTGCGGATGTCCACCTCTATGAAAGGTGTTTGGGGATGGGTGAGGGTGCTCACCTCTATATAAGGTGTTTGGGGATGGGTGAGGATGCTCACCTCTATATAAGGTGTTTGGGGATGGGTGAGGATGCCCACATTTGTGGGATGTGCTCAGGTGTGTCTGAGCAGCAGTACTTGTGCTGGAGGGCCGCCCTTGATGAGTGCTTCTCATGGCACAGTGCTCCTAGCAGTGCAGCCACCGTCCCTCTGCAATGCCTGGCAGCTCAGTTCAAAACTTTCTGGTGAAGCACAGAAAATAATCACCATTATTGGTTGTTTTTTTTAATAAGTATNNNNNNNNNNTGCCCACCTCTATGGAAGGTGTTTGGGGATGGGTGCGGATGCCCACATCTATGGAAGGTGTTTGGGGATGGGTGAAGGTGCCCACCTCTATATGAGGTCTTTGGGGATGGGTGAGGATGCTCACCTCTATGAAAGGTGTTTGGGGATGGGTGAGGGTGCTCACCTCTATATAAGGTGTTTGGGGATGGGTGAGGATGCCCACCTCCATGGAAGGTGTTTGGGGATGGGTGAGGATGCTCACCTCTATATAAGGTGTTTGGGGATGGGTGAGGATGCTCACCTCTATATAAGGTGTTTGGGGATGGGTGAGGATGCCCACATTTGTGGGATGTGCTCAGGTGTGTCTGAGCAGCAGTACTTGTGCTGGAGGGCCGCCCTTGATGAGTGCTTCTCATGGCACAGTGCTCCTAGCAGTGCAGCCACCATCCCTCTGCAATGCCTGGCAGTTCAGTTCAAAACTTTCTGATGAAGCACAGAAAATAATCACCATTATTGGTTGTTTTTTTTTAATAAGTATTCTTCTTTATTTTTTTTTTCTTACAAATCTGGTATTTCTGCTAAGGAAGGAGAAGGGCTGAGCATACCAGGGCTGGGGGAGGGTCCCCTGTGGGTGCCAGCGTGCCCCCAAACCAGCCCAGTGCACATCTGCATGTGGAAACAGAGGGTCCAAAGCAGGCAGCAGTGAGCAGTGCTGGGCTATGGGGCTGGGCAGTCCGTGGCCCCCAATGCCCAGCTGTTGGAAGTGTTACAACAGCCCCGGTCACGAGACTGGCTGGAAAAAAAAGAAACATATCACAAGAGAAAGAGAAAAGGAAGGAAAGAGGCAAAGATAGATAATGGCTTCTGCTTATTTGCCTTTTGCTCTCTGAGTCACAGCTTTCAGTTTTACTCCACGACCACAAGGACCAAAACTGCTTTTTAAAAAGCCCCATGAAAGTCAAGAGCTGCCTGTGGCCCCCAGGTTGGGTCTCAAACGTGTCCATGTCACACAGTCTGACACAGCTCAGTGTCTTCTTGTACCCACACCACCCTCAGCCCTCCTTCCACTTCCTCTCCTTGAAAGCAGCCCCATCTTTCAGAAGCACTTTCTGAACCAACCACCCCTCTCCCAGCCCTGTGCCCCACGGCGGTGGTGGTGGTGGGGGTCAGATTAAACTTGTTGTTTCTGCTTAATTTCAAG
Seq C2 exon
AGATGTGAACTGTGCCCCCACAAAGATGGAGCCCTGAAACGGACCGACAACGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000001574:ENSGALT00000002392:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF138311=PHD_2=WD(100=54.1),PF138321=zf-HC5HC2H_2=PU(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF138321=zf-HC5HC2H_2=FE(15.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]