GgaINT1001332 @ galGal4
Intron Retention
Description
NA
Coordinates
chr17:613585-622214:-
Coord C1 exon
chr17:622167-622214
Coord A exon
chr17:613638-622166
Coord C2 exon
chr17:613585-613637
Length
8529 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGC
5' ss Score
10.22
3' ss Seq
TTTTTACAATTCTTTTTAAGGAA
3' ss Score
9.13
Exon sequences
Seq C1 exon
CCACTGACGATATTGTTAAAGTTGAAGTATGGGATGTAGTTGACAAAG
Seq A exon
GTAAGCTTTATAAGTTCCTTTCTATTGGAGATTCATTGTTTGTTGTTGTTTTTTTTCCCCTTGTAGTTTTAATTAAGAACTTGCCTGGAATCAGATGTATCTGTTTACTTCTCTTTTCTTTAAAAAAGGCGTGTATTTGTTTTATTCAGCTACATGACTATTAATTCCTAGGGAAATATCGAAGGGTGAGAGGAGTCTTGTGTGCTAGAGCCCACTGTTTGCAGTCTGAACTTGAGATCAAACCCAGTATTTGGAAGTAGATGTTTCATGTCCTGTGCAGCAGATGAGAGCCTGCTGCTGAGTTATTCAGCTTCTCTGAACTCTACTATAAACTTCATCTTCTCTCCTTTATACTTTTAGACAGATACTGCACTTTGCATTTTGTTTATAAAATGTTTGCCAAGCTGCTTTTCAAAGAAGTGATATTGGTAAATGATAAAATGTTACCTGCTGTGAATAATGTATGCGGGAGGGAAGGATGAAAGAGAAGCCAATTACTTCAATCTTTCTTAAGTGCTTACCAACAGAAGCTTTAAGATGTATAAATAGTTTTTCAGTAGTTTTCAGTTTTTGCCAGGATGTAAAGTTCTGTTTTCTTACATAAATAAGATAGACATACTCGAAGGTACAACCTGAATGCCATCCAATGTGTTACTAGAACAGGTGGAGGGCTTGGATGCAGATTGTAACAGCCCGTTCCATAGCCCCACAAGCATGTTCTTTGGCTTTTAAGAGGTGTTTTGTACCAGACAGACTTCTATCAGGAAAGCAGTTTTGCAAGTGAACATGTCATGCTCTGCAGGTGTGTGTGCTTCTCTCACTCAGATTTGTTGACCACAGTAAGTGAAACATAACCTTCTATGGTTTGCCTGTTGACACGTTGCCTCTGAAGTGCACTGCCTACAGCACACCACATGTGCAGCTTACACAGGCGTTGATGCCAAACAATAAGAAGATGGGAGAAAGGGAGGAGGTGAATCTTTCATATTAGCTACGTCATGTGTAAAATAATCAAAATTGAACATTTAGGTAAAGATAACACCTGTGGTTCAGATAAGGGAGCCTCTAGGTTAAACTTGAACCTGTAACTGCAGGTGAAAATCGTGGGTGCTTTATCTTTTCATTGTTTTAAACCCCAGTGTTATGCAGCATAGGCAAAACCCTGCTTAGGTCAGAGTTACTGCTGAAGTCAGACTGGTCACAGTTTGACTTTCAGACCCTGGGATAACATGCACAGGGATAGAATCTGAGCAGAACATCTGTTTTCTCTCCGCCTTGCAACTTTGGTATGAATAGATAGACATTTAATTTGGGGATCATGTGGTTCCAGCATTTATTTCTGTGAATAGCTTCTCTGAGCACAGTCATCTTCTAAACTAGAGACTTGTCATTTTTTTGGCAAAGTGGATTGGATTTGATATGAGCAGATGTTGTTAACAGCTCTTCTGCTACTGCCTTCATTACTGGCAGTGGAACATGTATTAGAAGTCTGAAGGGACGCTTTATCTCCGCTTTATATTCAAGATGAAACTCATTCTGTTAAGATCCCTACTCATGGACCACGAATGTGTATTTTTATATAGTTAAATGTATTCGATCAATGTAGCGTCAAAATTCACTTTACCACCATTTAACAAAATCAAATCCTTTCCCATTGCCATAGCATTGCAGATTCTTGATAAATGCAACTTTAGGAAAATGCACAAATTACCTTGATTGTCTTTAAGGTTAACATTATTTCATGACGTTTTTGTTCTTCCTTCTGTATGCTTAGGACAAAAAATCCTCCTGCGCGATGCTTTTGGTGAGAGCGGCACCAATCTAGGCAGTAGACTTTGAGTAGTGAAGCATTCAGTGCTGCTGCAGCAGAGTGCTGATGAAACCTGATCCTTCTTTTTTTCCCCTGACCTACAAGATCCTGGCTGATGTGCCCGTTTAGATTTGTGCAGTATGCTGCTTTTAGCAGGCTGGATTTGGACCTGCCAGAAATGCATGTTCTGAATGTGCACTTCGATGTACACTGTTTTCCAGGCTAAATTTCTTTAGCGAATGTTTCCCCATCGTGGAGCAATTGTTCCTTGTTAGAGAAAATTAAGAGACATCTGCTTAAAATTAGAAAACCCATCTTGAAAAGAAACCCTCTGATGTAGGTATGTTGCTGCTAAAGGATGTAAAGTTGAACTGCAGTGTTCAACTTTAGTCTTCTAAAGCAGCTTCAACCACTTTTCTGTCATGCAGCACTGCCGTTCTTTGTATCTCGGTGTGAAAATGCACAGGAGATTATGGAGAACCTCAGTAACCTGCCCCCTGAAAAGCTTCACGTACATTTTTGCACTGAGTTAAATGTGGTTTGGCCAAGTCGTGTTTTGCCTAGCGCTTAGCATTGTGCCTCCCTGTCCCTGTTGGCTCAGCAGCGTGCTTGGATTTTGCTCTCCAGACTGTTAGGAAGACAGGAAGCAGCATTGTTGGCCCTGCCTGACTGATGAGTGGTGAATTGGTGCCATTTGTTTAGCATAAAGATGTTAATTTAGAAGTAAGGGGGAAAGGGCTGTTGGGAAAGCTTGGAGACTGTGGGTCAGGTTAGTGCACAGAGCTGAAGGGAATGGCAACTGTTACACTGTGCTGCTCCTCTTACCTATTTCTTGACTCTTTGGAATATTTTTTTTTTAGGTGTAGACTCACTGGAGTGGGCTGATCTGCAGCCTGCTGGGTTTTCCCTGGGCCTGCTCAGAGAGCTCCTTTGTGTAATGATGCCGTTTGTTAAACTCTTAGCAAGTAAAGCTTGCCCCCAGCTATGGATTGTATTGAATTTTATCTAATAATGTACTAAGTACAGCCTCCTTTGCTGCCCTTGAACTAAAAGAACATAGAAGAGATAGCTATCAGCAGAAGTCACAGTCCTGACTCATCTTTCTGGCTTTGCTGCTCGTTGTGTAACTGCTGCAGGTCGTGGAGCTGTAACAGATCCTGAATGCAAAGAAGCTGCTTGAAATTCAGATGATCTCCTATCTTTTCCTAGTTAGGTTCCTGCACCTTTTTCATACACAAACTGAAGGGATCAAGTCATATGTTGTTTTTCTGTGGCCCCTGGAATAGCATAAGCCCTTTTTGCTGTGCTGGAGATTGATTTCTTTTCCTGTCACTCTTCTCCCTCTCAGAGATTTGTTGTAAGAATGGGGAAAGATCAGAATGAATACTTCTGTTACCTTCTAACGCCAAAAGTTAGGTGACCTGGGGGAGACAAATGGTTTGGAAATGTGTAGTTTGGTATGAGGTGCAGAAGTGTTTCTCTCGGACTGTGGACAGCATTTGCTGGCAAGCTTTACCGAATCCTTGCTATCCTGCAACACGTGATAGTTTGCAGAGCCTGTCAGGTGCTGGCCATGAATGCTGTCTTTGGGTGTCCAGAGGAACTGTCCTATAGTCCTTGAGGTGCCGCTAGGAGGTTATATTGTTCTGTGTTTCACCTTTGTTTTCTAATTGAGGCTCCTAGATCACGTGTCTCTACAACCTTAAACACAGGACTTGTAATCACACAGTTATCTTTGCACACTTGCCTTTACAGCCTGATCTGTACCTTTTCACTACATATGTCTTTATCTGGCTCATCTTGCAGCTTTTGTTCCAGAAATAGACATTGCACACGAATGTACACACACATGCACTTTTTAGCTGCTACTCCTCTGTAGACGACCTCCTTTGTAGCCATCAGGAGCATCACATCAGAGTGTTACTAATTCCTCTTAGTATGCACCTAAAGCCATTAGTAGGGAGAGGTGTGCAAGTCCTATCCTGTCTCATGCAGCAGTTGTAGATATGTCCAGGATAGAAAGACAGCTTGTTCAGGACAAGAGATGTTTGTGATCTATGAAGAGTTTTGGATGAGTGTTTGTAGCTACCTGGGTTTCTGTTTTACCATTAGAAATTCGGGCCAGCAGAATTTAGCAGTAATTAAAGAAATGGTGTCATTTTGACATTCGGAAGAGCCATGTTATTTCCACTGACTTGAAATTAATTCAAGTGGGGAAAGGTGTGCGCATCCTAGCCATCCCACAACTTCAGTTGCACTGAGTAAAATCAGAGCACATTGAGGGAGATGAATTGCAAGAACAGAGAAAGACCGGGATTAATATTTCTACTCTTTTCAAATGACAAAATAAATGACACCAGTGCAGTGAATATTTTAGAAATACCTGCATTTTGCTCTGGTGTACAGAAGCATCTGCCAGATGTGCTGTCAAGGTGTTGAGGCTACTTCTGCAGCCTAGAGCACTTGCAGAGCTGATTCTCAAGGCCTGCTGAATGTTTTTCCCACAGCTCTTTCCGTTCAGAGGATGCCCCAAACTCTTGTTTCCATAGCTGACACTAATTGCTTGGCAGCTAACAGGTGGTATAGTTGACAGAAATTTACCAAATGTAGCCTGCAGAGTTGTGCAAGAGAAGCGTAGCAAACTTCTTAATTAGTGCTACCAGCCAACATAGCTTTCAGCAGCCTACGGCTGAATTCACAGGGGATGTATGTGATATCTGTGCACATTTCCTATAATAGAGTGTTAGATGGGTGATTTCTCTAATGCAATTTTTCTTCATTTAAGTAGGGAAGCACCTCAGAAATAAATCTTTCAGAAATAACTTTGTATTTCGTAACTAACCTTTACCTGCATGTCAGAAGAATGAAACACTTTGTTTTCCCCAGTGTCATGTGCAGAACCACAAATTTCACAAGTAATCACTTGATGTTCGTCAGCTGTTTCTGTCCCATGTTGCAGACTCTTAGAAGAGTCAACAGGGGTGGCTTTGTGGGTGCATCTGAGCTGCCAAACATCTTGCATTGTCAATGACAGGGTGAATTTCTAGAAATTATGAGAAGGAATTCCAAGTCTCTGTGATGCCATTTTTACTTAGTTAACTCACCACTGTTTAGACTGGAACAAAGTTGATTTAGAAGTACAGTTCTTGATTGCTCTCCATAACATCTGGAAGATATTTGATATCTGCAG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Seq C2 exon
GAAAATGCAAAAAACGAGGAGATGGTTTGAAACTGGAAAACGACCCTCAGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000008984:ENSGALT00000014614:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.611
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF084778=Miro=FE(11.9=100),PF0465211=DUF605=PU(3.9=82.4)
A:
NA
C2:
PF084778=Miro=FE(12.6=100),PF0465211=DUF605=FE(4.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]